Многие видные сатирики в эти годы отходят от активной работы в «Крокодиле», уходят в так называемую «большую» литературу. На страницах журнала широкое поле деятельности находят для себя лишь юмористы, всячески поощряемые «теоретиками» так называемых положительных фельетонов. С декабря 1938 г. с последней страницы «Крокодила» исчезла подпись ответственного редактора М. Е. Кольцова, подвергшегося необоснованной репрессии. Во главе журнала стала безымянная «Редколлегия». Печатается «Крокодил» по-прежнему большим тиражом (275 тыс. экз.), продолжает оставаться одним из наиболее любимых массовых изданий, однако лицо его претерпевает существенные изменения. Сатирическая программа журнала этой поры формулируется редакцией в заметке «Несколько слов о схеме», которая открывала 8-й, специальный номер «Крокодила», являвшийся откликом на отчетный доклад Сталина XVIII съезду партии. Сатирики призывались учиться мастерству у Сталина, находить в его выступлениях темы для своих обличений. Рекомендовалось прежде всего «зло издеваться» над внешним врагом (здесь же давался целый ряд тем) и как бы между прочим «смеяться» над некоторыми недостатками, имевшими еще место в жизни советского народа. Стыдливое перечисление этих недостатков (бюрократы, лежебоки, не желающие пошевелить мозгами, «узкие спецы», люди, продолжающие «дудеть в старую дуду») сопровождалось заверениями в том, что «журнал вместе со всей страной будет радоваться и весело смеяться, глядя на цветение нашей Родины». Злая, острая политическая сатира на международные темы и «радостный», «веселый» смех при обращении к темам внутренней жизни страны - вот основные принципы и установки, определявшие облик «Крокодила» предвоенной поры. Сатира, таким образом, целиком переключалась на международную тематику, юмор утверждал свое монопольное право на внутренние темы. Такая установка отразилась и на названии постоянных сатирических, отделов и рубрик. Ликвидируется отдел «Вилы в бок» и многие другие отделы и рубрики. Их заменяют «Цитаты кстати», «Особый отдел», «Доска приказов», «Бумаги на подпись». Преобладающее место заняли острый политический фельетон, памфлет, карикатура, газетнодокументальные факты международной жизни, дававшиеся с остроумными комментариями. Большую роль стал играть сатирический фотомонтаж на международные темы, представленный мастером этого жанра Б. Клинчем. Малыми жанрами на те же темы заполняются отделы и рубрики «Нам пишут из-за границы», «Музей глупости», «Дневник Крокодила», «Зарубежный юмор» и др. Заметно повышается в эти годы интерес журнала к вопросам литературы и искусства. Часто выходят тематические номера, приуроченные к юбилейным датам писателей (Маяковский, Салтыков-Щедрин, Чехов и др.). Появляются рубрики «Книги на отзыв», «Взирая на лица», заполнявшиеся литературными портретами, пародиями и эпиграммами С. Васильева и других сатириков. Преобладающую роль начинают вновь играть профессиональные литераторы. Журнал часто печатает стихотворения, прославляющие трудовые подвиги советского народа, его патриотизм, героизм. В стихах такого рода особенно часто звучит тема бдительности, боевой готовности, роста обороноспособности страны и т. п. Героическая тематика является едва ли не ведущей начиная с сентября 1939 г., когда советский народ протянул братскую руку помощи народам Западной Украины и Западной Белоруссии. Выездные бригады «Крокодила», находившиеся в частях Красной Армии, постоянно информируют читателей о событиях, активно включаются в агитационную работу, участвуют во фронтовой печати, в выпуске агитплакатов и т. п. Так, например, бригада «Крокодила» в составе В. И. Лебедева-Кумача, М. Эделя и др. налаживает в это время регулярный выпуск журнала «Крокодил на Западной Украине», печатавшегося на двух языках. Военная тематика становится главной в журнале в период советско-финской войны. С первых дней Великой Отечественной войны все содержание «Крокодила» подчинено одной задаче - борьбе с немецко-фашистскими захватчиками. Журнал изобличает планы фашистской армии, призывает к беспощадной борьбе с врагами, выражает твердую уверенность в окончательной победе над фашистскими захватчиками. Сатира «Крокодила» мобилизовала трудящихся и воинов Советской Армии на подвиги в тылу и на фронте. Наряду с политическими плакатами, «Окнами» ТАСС сатира «Крокодила» в эти годы становится большой агитационной силой. Многие сатирики «Крокодила» в годы Великой Отечественной войны сражаются в рядах Советской Армии. Из действующей армии, с передовой линии огня шлют они в свой журнал острые гневные произведения.
За перо и карандаш берутся в эти годы и сатирики старшего поколения, остававшиеся в тылу и взявшие на себя хлопоты по бесперебойному выпуску журнала (Д. Заславский, В. Лебедев-Кумач, Д. Бедный, Н. Иванов-Грамен, Н. Кружков, Л. Никулин, С. Маршак, Л. Митницкий, М. Пустынин, В. Тоболяков и др., художники Л. Бродаты, Ю. Ганф, К. Елисеев, Б. Ефимов, А. Каневский, М. Черемных и др.). Трудности военного времени заметно сказываются на полиграфическом оформлении «Крокодила», его объеме, тираже, периодичности. Журнал часто печатался на обычной газетной бумаге, иногда с одноцветными иллюстрациями. Объем его сократился до 8 стр., тираж - до 135-100 тыс. экз. Редакция (с апреля 1943 г. имена редактора й членов редколлегии вновь появляются на обложке журнала: ответственный редактор - Г. Рыклин, члены редколлегии - Д. Заславский, В. Катаев, Кукрыниксы) прилагает немало усилий к тому, чтобы своевременно готовить номера к печати и выпускать в свет. Существенным, хотя вполне объяснимым и оправданным недостатком работы редакции в это время являлась слабая связь с военкоровским и рабселькоровским активом. Журнал делался силами узкого коллектива сотрудников, опирался на немногочисленные кадры сатириков, работающих в тылу. Но и эта опора была не всегда прочной, так как многие из профессиональных сатириков целиком отдавали себя работе над агитплакатами, «Окнами» ТАСС, шефской помощи воинским частям, госпиталям и т. п. Аналогичные причины не позволяли редакции установить постоянные связи со старыми крокодильцами, находившимися на фронтах Отечественной войны и работавшими в фронтовой и армейской прессе. Ведущий отдел журнала «Метким ударом» строился преимущественно на материалах фронтовых и армейских газет. Документальный материал лежал в основе таких отделов и рубрик, как «Короткая очередь», «Есть о чем поговорить» и др. Рубрика «С подлинным скверно» заполнялась вы держками из писем и показаний пленных немецких солдат и офицеров. Под рубрикой «От собственного корреспондента» печатались сатирические произведения собственных корреспондентов журнала из действующей армии (В. Катаев, М. Эдель и др.)- Остроумно строилась и пользовалась большой популярностью читателей пародийная газета «Вралише Брехобахтер», регулярно печатавшаяся на страницах журнала. Жизнь тыла страны находила отражение в отделах «Дорогой Крокодил» (письма читателей), «Таланты и поклонники», «Однажды...» и др. Интересной была рубрика «Из цикла портретов не героев нашего времени», под которой выступал со стихотворными фельетонами В. И. Лебедев-Кумач. В военные годы в журнале сотрудничали Н. Адуев, С. Алымов, Ю. Арбат, Арго, В. Ардаматский, В. Ардов, Н. Асеев, А. Безыменский, Е. Вермонт, С. Васильев, О. Вишня, Л. Галкин, В. Гранов, Е. Долматовский, В. Дыховичный, А. Жаров, М. Зощенко, Вл. Иванов, А. Исбах, В. Карбовская, Б. Кежун, С. Кирсанов, Б. Ковынев, А. Колосов, О. Колычев, Е. Копылов, Б. Котляров, Э. Кроткий, Н. Лабковский, Л. Лагин, Б. Ласкин, Л. Ленч, В. Масс, С. Михалков, И. Молчанов, С. Нариньяни, А. Недогонов, А. Прокофьев, А. Раскин, А. Резапкин, И. Рябов, Л. Славин, М. Слонимский, С. Смирнов, Ц. Солодарь, А. Твардовский, Б. Тимофеев, А. Толстой, И. Уткин, Ю. Фидлер, А. Флит, Ю. Чаплыгин, М. Червинский, С. Швецов, А. Эриванский, А. Эрлих, А. Яшин и др.