Цезарь решил упредить приготовления Помпея и сената, успев предпринять решительные шаги еще до того, как официальное известие о решениях, направленных против него, было широко распространено. Имея в распоряжении только 5000 солдат, он перешел реку Рубикон и неожиданно захватил стратегический центр Аримин; Антоний одновременно захватил Арреций.
Послам сената Цезарь обещал к моменту сложения полномочий очистить провинцию и уйти в Иллирию (если Помпей отправится в Испанию), но продолжал набор войска. Второе посещение посланцев сената принесло предложение Цезарю триумфа и консульства, но предварительно требовалось освободить захваченные города и распустить армию. Попытка Цезаря организовать встречу с Помпеем была блокирована сенатом ввиду опасности договоренности двух полководцев, после которой власть сената оказалась бы ничтожной. Тогда Цезарь делает новый ход - захватывает Анкону и Пизавр. Помпей, не уверенный в двух своих легионах и не рассчитывающий на выучку новобранцев, покидает Рим и вместе с сенатом отправляется в Капую. Запланированное им наступление на Пицен упреждено Цезарем, который захватил город, чей гарнизон перешел на его сторону.
Поддержка населением Цезаря побуждает Помпея искать поддержки на Востоке - там, где помнили его триумфы. Но сенаторы предпочли оставить казну в Риме и отказывается следовать за Помпеем. Сенаторы обещают ему казну за поддержку гарнизона Корфинии. Но Помпей готовится к обороне за стенами Брундузия. Цезарь не заставляет себя долго ждать. Осада прекращается, после успешного маневра Помпея, который вместе с войском на кораблях покидает Италию. Рим к тому времени уже в руках сторонников Цезаря. Казна оказывается в его руках.
Стратегия Цезаря состоит в том, чтобы разбить в Испании 7 старых легионов Помпея, а не гнаться за Помпеем на восток. Цезарю также угрожали Катон в Сицилии и Вар в Африке. По пути в Испанию в Галлии Цезаря задержала Массилия, осаждать которую он оставил три легиона. У города Илерды он маневрами заставил сторонников Помпея покинуть свой укрепленный лагерь, обошел их и принудил к сдаче. На обратном пути он принял сдачу Массалии. Тем временем Курион вытеснил из Сицилии Катона и переправился в Африку, где погиб вместе со всем войском под ударами войск Помпея и поддержавшего его мавританского царя Юбы. Сам Помпей утвердился в Греции, заручившись поддержкой македонцев, фракийцев, фессалийцев и др. На его стороне была сильная конница, хорошо организованное снабжение армии и доминирование на море. В Иллирии войска Цезаря (15 когорт) принуждены были сдаться.
Цезарь предпринял внезапную экспедицию - посадил шесть своих легионов на корабли, высадился на побережье, захватил Аполлонию и Орик и двинулся к Диррахию, где хранились основные запасы армии Помпея. Первоначально Цезарь переправился только с небольшим отрядом, оставив все грузы в Италии. Из Брундизия в Диррахий он по морю отправился зимой, между вражескими кораблями, приказав войскам приказ следовать за ним. Беспокоясь о задержке переправы, он сам втайне попытался переправиться обратно на маленьком судне и чуть не утонул в поднявшемся шторме.
Флот Помпея блокировал гавань Брундизия. Он также успел привести своё войско к Диррахию, но не решался начать битву с не очень надежным (состоящим из разнородных сил) войском. Помпей рассчитывал, что голод ослабит войско Цезаря. Это промедление позволило Марку Антонию привести на подмогу Цезарю еще три легиона. Цезарь отправил часть войска против резерва Помпея в Фессалии, а сам пытался блокировать его основные силы. Но Помпей прорвал блокаду, и Цезарю с большими потерями пришлось уйти на соединение с другой частью своей армии. Помпей бросился в погоню и настиг Цезаря у Фарсала. Преимущество было на стороне Помпея, но выучка легионов Цезаря позволила разгромить превосходящие силы. Войско Помпея сдалось, а сам он бежал в Египет, где был предательски убит.
После сражения при Фарсале, отправив войско в Азию, Цезарь при переправе через Геллеспонт в лодке перевозчика натолкнулся на корабли враждебного ему Луция Кассия. Но не изменил курса, сам потребовав сдачи противника, который подчинился его воле.
Цезарь, не зная о смерти Помпея, преследовал его, и с небольшим войском прибыл в Александрию, где повел себя как монарх и вступил в связь с изгнанной царицей Клеопатрой, которой вернул трон. Александрия восстала, одновременно к ней подступило египетской войско. Цезарь был блокирован во дворце. Спасло его только прибытие подкрепления из Азии. Египетское войско было разбито. Цезарь предпочел сохранить Египту формальную независимость под собственным контролем, чем превращать его в провинцию и передавать ее управление наместнику.
Через девять месяцев пребывания в Египте Цезарь решил возвратиться в Рим через Сирию, где восстановил дворец Селевкидов в Даяне. Потом в одном единственном сражении он разбил мятежного понтийского царя Фарнака, сына Митридата Великого (позднее на триумфе появилось известное изречение: «Пришел, увидел, победил»), и только тогда отправился в Италию.
Сопротивление Цезарю в Риме и провинциях продолжалось. Сторонники Помпея были сильны в Иллирике, Испании и Африке. В Италии царила смута. Полновластие Марка Антония не помогало восстановить порядок. В Африке войска Цезаря отказались повиноваться.
В 47 г. году Цезарь, появившись в Риме, быстро успокоил солдат и навел порядок. Затем переправился в Африку, где в решительной битве в конце концов разбил «партию сената» (об этой экспедиции остались отрывочные и неясные сведения). Остатки «помпеянцев» отправились в Испанию, где войско встало на их сторону. Сирия также перешла в руки противников Цезаря. В марте 45 г. до н.э. Цезарь отправился в Испанию и близ Мунды с большим трудом победил армию во главе с сыновьями Помпея. Тем самым его власть утвердилась практически во всех римских провинциях.
Из общепризнанных достоинств Цезаря известно его трезвость, крайняя неприхотливость в пище и пренебрежение суевериями. Марк Катон говорил: «Цезарь один из всех берется за государственный переворот трезвым». Когда Цезарь оступился и упал, сходя с корабля в Африке, он воскликнул: «Ты в моих руках, Африка!» Как полководец он был образцом для солдат - в походе всегда был впереди войска, чаще всего пешим. Пускаясь в путь, он делал длинные переходы в наемной повозке, а реки преодолевал вплавь. В битках, когда положение было неустойчивым, он отсылал лошадей, чтобы лишить воинов и самого себя возможности к бегству. Если войско начинало отступать, он часто лично восстанавливал порядок, иногда с риском для собственной жизни.
Цезарь требовал от войска беспрекословного повиновения и порядка и держал его в постоянной готовности к внезапному выступлению. Устрашающие слухи о мощи неприятеля он предпочитал усугублять, доводить до абсурда. В бою он ценил только мужество и никогда не награждал воинов за знатность рода или богатство. Он смело вербовал в свои легионы галлов и германцев, которые верно служили ему. Самой распространенной его наградой было красивое оружие, которое легионеры боялись потерять в бою. Он обращался к ним не «воины!», а «соратники!» Когда взбунтовавшийся Х легион, потребовал увольнения, он был тут же распущен. После этого Цезарь обратился к ветеранам, назвав их «граждане». Солдаты закричали, что они - его воины и последовали за ним в Африку, несмотря на сокращение на треть обещанной доли добычи. Когда началась гражданская война, все центурионы всех легионов предложили ему снарядить по всаднику из своих сбережений, а солдаты обещали ему служить добровольно, без жалованья и пайка. Дезертиров в его армии не было, на сторону врага плененные солдаты отказывались переходить даже под страхом смерти.
Укреплению власти Цезаря всегда способствовало его великодушие. Он всегда готов был к прекращению вражды. Если Помпей объявлял своими врагами всех, кто не примкнет к нему, то Цезарь провозгласил своими друзьями, тех, кто воздержится и от участия в конфликте. В битве при Фарсале он призвал щадить жизнь римских граждан, и после победы позволил каждому из своих солдат сохранить жизнь одному из неприятелей. Когда в Илерде велись переговоры о сдаче, и солдаты противоположных сил смешались, он не последовал кровожадному примеру противника, казнившего его солдат, забредших в чужой лагерь.
Своему противнику, выступавшему с грубыми речами, он отвечал тем же, но при соискании консульства поддержал его. Автора оскорбительных эпиграмм он тут же простил, как только тот стал искать примирения. Другого поэта, оскорблявшего его, он сразу пригласил к себе на обед, как только тот принес извинения. Обнаруживая заговоры, он пресекал их, но не наказывал заговорщиков, ограничиваясь объявлением предупреждения. Казни преступников Цезарь предпочитал проводить без обычных пыток. Старые обиды он не помнил. Он позволил вернуться в Италию всем своим противникам в гражданской войне. Разбитые толпой статуи Суллы и Помпея он восстановил.
Цезарь понимал несостоятельность республиканского правления, раздиравшего Рим беспрерывными политическими схватками. Расширение провинций требовало единства государственной воли. Богатства военной добычи были сопоставимы с богатствами Рима и позволяли полководцам содержать большие армии и самостоятельно решать все вопросы управления. Республиканская модель управления Римом не могла конкурировать с военным управлением в провинции. Цезарь говорил: «республика - ничто, пустое имя без тела и облика». Поэтому он искал возможностей концентрации власти в одних руках, не нарушая при этом древние законы.
Цезарь, знакомый с восточным порядком управления, все же не хотел стать восточным владыкой. Без одобрения он встретил попытку увенчать его статую символом царской власти - лавровым венком с белой перевязью. Но наказание за это деяние, вынесенное трибунами, он воспринял как личное оскорбление. Он запрещал называть себя царем («Я Цезарь, а не царь!»), но не терпел, когда кто-то за него отказывался от этого титула.
Цезаря раздражали склоки в сенате, у него вызывало презрение и низкопоклонство сенаторов. Поднесение сенатских постановлений он мог принять сидя, вызывая скрытое возмущение своим поведением. Напротив, отсутствие почтения к своему статусу встречал с иронией и угрозой. Во время триумфа он заметил, что трибун Понтий Аквила не встал при его появлении. Цезарь крикнул: «Не вернуть ли тебе и республику?» И потом, вспоминая этот эпизод при принятии решений, приговаривал: «Если Понтию Аквиле это будет благоугодно».
Цезарь отверг диадему, которую на него пытался возложить консул. Но слухи о том, что он хочет приобрести царскую власть, переселиться на восток и править Италией как провинцией, стали питательной средой для заговора. Негативную роль сыграло также назначение в сенат нескольких галлов, только что получивших римское гражданство.
В непомерных почестях, воздаваемых Цезарю, многие видели претензии на царскую власть. Мало того, что Цезарь приобрел бессменное консульство и пожизненную диктатуру, он также удерживал множество других постов и приобрел имя императора - ранее лишь временный титул, которым войско прославляло победителя до празднования триумфа. Цезарь также принял золотое кресло в сенате и суде, название месяца по его имени (июль) и множество других признаков обожествления его власти.
Цезарь был убит заговорщиками, не успев осуществить свой план государственных реформ и поход на Восток. Это произошло 15 марта 44 г. до н. э. по дороге на заседание сената в курии Помпея. По легенде в заговоре участвовал Марк Юний Брут, один из его близких друзей (возможно, сын). Легенда приписывает Цезарю возглас в адрес Брута «И ты, дитя моё?», после которого он дал заговорщикам себя убить. В действительности возглас мог означать крайнюю степень удивления - не более того.
Несмотря на болезни, Цезарь был еще не старым человеком (по римским понятиям). Ему было всего 55 лет, он находился в зените славы, был полон сил и строил дальнейшие планы государственных реформ и новых походов. Он был солдатом, и защищал свою жизнь, как мог. Против вооруженных кинжалами убийц он использовал стилус - металлическую палочку для письма, воткнув ее в руку с ранившим его кинжалом. Возможно, Цезарь даже смог вырвать этот кинжал. Он умело использовал толчею противника, многим нанес раны, прикрывался тогой как щитом. Он не позволил нанести себе смертельного удара и умер от потери крови, получив 23 раны, из которых только одна была опасной для жизни.
Заговорщики собирались бросить тело Цезаря в Тибр, конфисковать его имущество и отменить введенные Цезарем законы. Но разбежались, в страхе, что им так и не удалось убить Цезаря. Из убийц никто не умер свой смертью. Вскоре одни были казнены, другие были убиты в схватках гражданской войны, третьи утонули в кораблекрушениях.
Гипотезы о том, что Цезарь, якобы, искал смерти, не желая умирать от болезней, не выдерживают критики. Высказывания Цезаря на сей счет были лишь предпочтением смерти в бою. Несостоятельна также гипотеза о том, что Цезарь, получив по пути на заседание сената записку с предупреждением о заговоре, не прочел ее. У него было достаточно времени, чтобы это сделать. Тем более что Цезарь не терпел праздности, и пока его несли на носилках, наверняка познакомился со всеми записками. Заговор он намеревался изобличить в сенате, не ожидая, что он будет таким многочисленным и что в него будут вовлечены даже те, кого он помянул в своем завещании. Он не раз в прошлом рисковал жизнью. И не только на поле боя, но и во время политических дебатов.
Похороны Цезаря вылились в беспорядки. Погребальный костер на Марсовом поле был подожжен неизвестными, и туда стали без порядка бросать погребальные приношения вплоть до личных вещей. В порыве скорби и ярости толпа по ошибке убила Гельвия Цинну, спутав его с Корнелием Цинной, который накануне произнес речь против Цезаря. Его голову носили по улицам, надев на копье. Светоний отмечает особенную скорбь иудеев, которые еще много ночей собирались на пепелище. Они были благодарны Цезарю за предоставленное право отправлять свой культ в Риме, а также за сокрушение Помпея, осквернившего Иерусалимский храм.
Цезарь был обожествлен решением сената. В курии Помпея, где он был убит, постановлено было заложить вход. В марте сенат решили больше не собирать, полагая, что эти дни «отцеубийственны».
Приходится только удивляться, как Цезарю посреди бесконечных сражений и политической борьбы удавалось создавать литературные произведения. «Записки о галльской войне» были написаны примерно в 52 г. до н.э. и стали своеобразным историческим сочинением-отчетом за 8 лет проконсульства. Цезарь прославлял не только себя, сколько своё войско и раскрывал причины своих походов. «Записки о гражданской войне» посвящены событиям с 49 г. до н.э. до начала Александрийской войны. Цезарь оправдывает Помпея и винит в междоусобице сенат. Свои собственные действия Цезарь описывает как законные и необходимые. До нас не дошли сборники речей и писем Цезаря, а также его политические памфлеты «Auticatones», в которых он оспаривает преувеличенные хвалы Катону. Не дошли до нас стихотворные сочинения Цезаря: «Похвала Геркулесу», трагедия «Эдип», поэма «Iter», где описано его путешествие из Рима в Испанию в 46 до н.э., а также грамматический трактат «De analogia».