WhatsApp может менять ключи end-to-end шифрования сам. Оригинальная статья в
The Guardian (в конце есть опровержения) и
перевод статьи Медузой.
Двухфакторная аутентификация в WhatsApp позволяет добавить PIN, который будет запрашиваться при любых операциях с номером. PIN привязывается к адресу электронной почты, а не к номеру телефона, что хорошо и правильно.
Telegram использует "защищенные чаты" только в мобильных клиентах. В десктопных эту дивную фичу не ввели, хотя
тикет на GitHub висит с 2015 года.
Вне защищенных чатов Telegram ничем (кроме интерфейса) не отличается от ICQ. Так что Telegram - он как колготки OMSA, знает все о ваших желаниях и сдаст при первом же шухере.
Для внутреннего использования замечательно подойдет OpenSource (и что важно, Self-Hosted) проект Rocket.Chat, тем кому не нужны понты вроде "отправить фоточку прямо из приложения" замечательно подойдет старый добрый XMPP, а желающим помимо этого секретно поболтать в стиле Skype - проект Tox. Он, в принципе, всем хорош - но отсутствие оффлайн-сообщений на текущей стадии развития несколько неудобно.