Основан в 1328-1330 годах святителем Дионисием Суздальским. Изначально располагался на месте современного района Старые Печёры на берегу Печёрской Воложки. В XVI веке монастырь достиг своего расцвета. Однако 18 июня 1597 года, в третьем часу ночи монастырь был разрушен обвалом горы.
В 1630-1640х гг. нижегородским архитектором Антипом Константиновым (Возоулиным) построен ныне существующий монастырский ансамбль.