Пещера Гхар-Далам состоит из 6 слоёв. Три жилых и
три катастрофных.
Слой домашних животных (около 74 см). В этом слое обнаружены в основном животные сельскохозяйственного значения - коровы, лошади, овцы и козы. Также в слое найдены человеческие останки, кремни, керамика, другие инструменты и украшения.
Слой известняка (около 0,6 см).
Слой оленей (около 175 см). Карликовый олень, найденный в этом слое, происходит от европейского благородного оленя, Cervus elaphus. В этом же слое обнаружены немногочисленные хищники, а именно бурый медведь, красная лиса и волк, а также лебеди, гигантские черепахи и мыши-полёвки.
Слой гальки (около 35 см). Состоит исключительно из небольших окатышей и гальки, оставшихся от реки, протекавшей через пещеру. Поток был достаточно сильным, о чём свидетельствует крупный размер окатышей.
Слой гиппопотамов (около 120 см). Этот слой состоит в основном из останков Hippopotamus melitensis. Среди других животных, обнаруженных в этом слое - карликовый слон и гигантская соня, Leithia cartei.
Глиняный слой без костей (около 125 см). В этом слое костей не обнаружено, есть лишь отпечатки растений.