В возрасте 15-ти лет поступил в Королевскую военно-морскую Академию в Бресте (1756 год). В 17 лет, ещё до окончания обучения, принял участие в Семилетней войне, побывав в различных сражениях близ берегов Северной Америки.
В 18 лет, во время битвы при Кибероне между маршалом де Конфланом и адмиралом Хоуком, был ранен и взят в плен. Впоследствии провёл пять лет на островах Иль-де-Франс, где осуществлял различные поручения. В качестве капитана «Сены» совершил два плавания в Индии, во время которых встретил свою будущую жену Элеонору Бруду, креолку по происхождению.
Вернулся во Францию в 1777 году, где был возведён в чин лейтенанта и награждён Крестом Людовика Святого за спасение Маэ от нападения индейцев. В качестве офицера военно-морского флота Франции принял участие в войне за независимость Соединённых Штатов и в битвах против англичан на пространстве от Антильских островов до Лабрадора. В 1780 году был возведён в чин капитана 1-го ранга. В 1782 году, во время экспедиции в Гудзонский залив, блестяще доказал свои способности, захватив два английских форта. В 1783 году, несмотря на противодействие семьи, женился на Элеоноре Бруду, вместе с которой обосновался в Альби.
К сорока годам Лаперуз достиг вершины карьеры морского офицера. Не удивительно поэтому, что именно ему Людовик XVI поручил возглавить четырехлетнюю тихоокеанскую экспедицию, в задачи которой входило найти и присоединить к Франции все земли, ускользнувшие от зоркого глаза капитана Кука.
1 августа 1785 г. два пятисоттонных фрегата "Буссоль" и "Астролябия" вышли из Бреста по направлению к Южной Америке. В январе будущего года они обогнули мыс Горн и сделали короткую остановку в чилийском порту Вальпараисо. Отсюда Лаперуз отправился на просторы Великого Южного моря, как в то время называли Тихий океан. Следующие два года корабли несколько раз пересекли его из конца в конец. Французы побывали на острове Пасхи и на Гавайских островах, где нашел свою смерть капитан Кук. Они прошли вдоль западного побережья Северной Америки и после остановки на Филиппинах заглянули в Макао. Эта португальская колония в Азии издавна считалась надежным и единственным убежищем европейцев в Китае. Затем Лаперуз открыл пролив между островами Сахалин и Хоккайдо, названный теперь его именем.
Несмотря на тщательнейшую подготовку кампании, неудачи постоянно преследовали отважных французов. Например, 21 человек погиб во время замеров глубины дна недалеко от Аляски, а на Самоа вооруженные дубинами дикари убили 12 человек, в том числе и капитана "Астролябии" Флерио де Лангля. Но все это было цветочками по сравнению с тем, что ждало весь экипаж в будущем.
Последней точкой, до которой добрались французы, была Австралия. В конце января 1788 г. Лаперуз покинул эту английскую колонию, обещая вернуться на родину в середине 1789 г. Однако обещанного возвращения не произошло ни через год, ни через два. У французов были свои проблемы: якобинцы, революция, взятие Бастилии, гильотина и другие малоприятные вещи. До поисков пропавшей экспедиции долго не доходили руки. Первая попытка 1793 г. по разным причинам потерпела неудачу и одновременно стала последней.
Первые достоверные сведения поступили лишь в мае 1826 г. от ирландского торговца и авантюриста Питера Диллона. На островке Тикопиа архипелага Санта-Крус один из дикарей показал ему серебряную рукоять от шпаги, на которой были выгравированы четыре буквы: "JFGP". Не нужно было быть лингвистом, чтобы понять, что это значило: Жан Франсуа Галло де Ла Перуз. Дикарь рассказал, что выменял эту вещь у жителей острова Ваникоро.
Тамошние туземцы, в свою очередь, рассказали, что много лет назад во время шторма два больших корабля налетели на рифы недалеко от берега. Один сразу же затонул, унеся с собой на дно большинство экипажа, а вот другому удалось некоторое время держаться на плаву. Но что еще удивительнее, всего за пару лет до прибытия Диллона двое чужеземцев - вождь и слуга - еще жили на острове среди туземцев.
Много лет спустя со дна кораллового рифа Ваникоро были подняты якоря и пушки, ядра и предметы с названиями кораблей: "Буссоль" и "Астролябия". Не осталось никаких сомнений, что именно здесь нашла свой конец одна из самых блистательных французских исследовательских экспедиций. Но вот что произошло с ее капитаном, до сих пор остается загадкой. Судя по найденной рукояти шпаги, Лаперуз смог пережить тот ужасный шторм. Но не понятно, был ли именно он тем самым человеком, который больше тридцати лет ждал спасения от пославших его соотечественников, но так и не дождался.