Коронавирус «покоряет» греческий алфавит - сражение на рубеже «дельта»
Вариант дельта сейчас в эпицентре ковидных новостей. Поэтому, несмотря на незавершённость «реабилитации моей информационной экосистемы», я решил написать короткий пост об этом варианте SARS-CoV-2. Но прежде чем говорить о нём конкретно, коротко о том, откуда берутся варианты вируса, как они классифицируются и как получилось, что им предопределено покорить греческий алфавит.
Изменчивость SARS-CoV-2
В геноме SARS-CoV-2 около 30 тысяч нуклеотидов. При размножении вируса его фермент (РНК-зависимая РНК полимераза) должен наработать множество копий геномной РНК. Фермент SARS-CoV-2 достался надёжный - ошибается он довольно редко и даже умеет исправлять некоторые свои «проколы». Тем не менее очень редкие ошибки (мутации) неизбежны - ведь инфицированных хозяев миллионы и у каждого размножение вируса происходит в миллионах клеток. Пока вирус «жив», т.е. способен размножаться, иначе и быть не может. Но каждой мутации или комбинации мутаций недостаточно «появиться на свет» они должны «выжить» - т.е. стать родоначальниками жизнеспособных вариантов вируса. Некоторые мутации/комбинации мутаций сразу же отметаются потому, что вирус становится нежизнеспособным. Другие поначалу «приживаются», но затем не выдерживают конкуренции с более жизнеспособными вариантами и исчезают. Жизнеспособность различных вариантов - не константа. Меняются условия и изменяются «ранжиры приспособленности». Скажем, поначалу наиболее приспособленным был вариант Х, но со временем чувствительных к нему людей остается мало, и тогда на сцену может выйти первоначально менее приспособленный вариант Y, к которому в популяции иммунных людей почти нет. Или появляется отсутствовавший ранее фактор отбора - скажем, противовирусный препарат. Тогда начинают отбираться мутанты резистентные к этому препарату, которые в отсутствии препарата шансов стать доминирующими не имели. Взаимодействие этих двух «стихий» - непрерывной генерации генетического разнообразия и постоянно действующей проверки на жизнеспособность в меняющихся условиях и создают реальный «ландшафт» вариантов вируса. С практической точки зрения важны те варианты, у которых «зловредность» повышена (таких, кстати, немного). Это проявляется в повышенной заразности (контагиозности, трансмиссивности) или повышенной болезнетворности (вирулентности) или, хуже всего, комбинации первого и второго.
Классификация «зловредных» вариантов SARS-CoV-2 и их названия
Ныне используемая классификация таких вариантов выделяет три уровня «зловредности»:
1) Variant Of Interest (VOI) - вариант, представляющий интерес. Это типа «кандидат в члены»
2) Variant Of Concern (VOC) - вариант, вызывающий озабоченность. Сомнений в зловредности уже нет
3) Variant Of High Consequence (VOHC) - вариант с тяжелыми последствиями. Это законченный злодей
По «статье VOHC» пока ни один из вариантов не проходит. А метку VOC имеют уже несколько вариантов. До недавнего времени они были известны как британский, южноафриканский, бразильский, индийский. Кроме этого, у них были и «научные имена», причем, не одно, так как есть несколько «сводов правил» для присвоения таких имен - конкурируют, главным образом, две команды PANGO (https://cov-lineages.org/) и NEXTSTRAIN (https://nextstrain.org/). Но недавно ВОЗ решил, что давать зловредным вариантам имена, привязанные к странам, нехорошо. Было предложено называть VOI и VOC буквами греческого алфавита. У этого политкорректного решения есть и образовательный эффект - скоро все выучат греческие буквы между «альфа» и «омега». Вариантов для «вариантов» не так уж много - в греческом алфавите 24 буква. Что потом? Поживём увидим. Возвращаясь к главному герою - дельта (имя, присвоенное ВОЗ). Его прочие имена - B.1.617.2 (PANGO) и 20A/S:478K (NEXTSTRAIN).
Тем, кто хочет ознакомиться с VOI и VOC подробнее, советую заглянуть в соответствующий раздел сайта CDC (https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant-info.html). Нужно только иметь в виду, что «ранги вариантов» в разных странах могут существенно отличаться. Но, что касается варианта «дельта», он стал доминирующим во многих странах мира, включая Россию, и его шествие по миру продолжается.
О конкретных особенностях зловредности «дельта» и его «родственника» «дельта-плюс», а также о системе мониторинга вариантов, в следующем посте. А этот я завершу двумя графиками, показывающими динамику COVID-19 в Индии. Первый -зарегистрированные случаи; второй -зарегистрированные смерти.
Высокий пик справа - атака варианта «дельта». Конечно, последствия тяжёлые. Но обратите внимания на нисходящую часть кривой пика. И это в условиях, когда процент привитых ещё невысок…
Однако очень не советую слишком полагаться на естественные механизмы угасания эпидемии. Процесс этот сопряжён с большими потерями «в пути». Гарантий не оказаться одной из них нет ни у кого. Но вакцинацией можно существенно повысить свои шансы избежать самого плохого. Так стоит ли играть с огнём?
Проф_АФВ