Чувствительность и специфичность оригинальной тест-системы на SARS-CoV-2 - "нюх собаки"

[prof_afv]

Диагностическая чувствительность и специфичность это важнейшие (но не единственные) характеристики качества любого метода диагностики. Об этом у меня был пост, который я даже повторил «год спустя» ( https://prof-afv.livejournal.com/76366.html ), так как понимание этих характеристик действительно очень важно. Коротко напомню главное (для краткости

Comments

[tan_y]

Простите, не совсем понятно - а что издает запах, который чуяли собаки?

[prof_afv]

Samples of breath odours were collected through participants wearing a single-use protective
disposable face mask (Fisher Scientific, UK) for 3 h. Skin odours were collected through
participants wearing a pair of nylon ankle socks (Retail Premium Grade Try-on Socks, Blue
Box Socks, UK) and (t-)shirts, made from natural and synthetic materials, for 12 h. After
collection, the odour samples were individually wrapped in aluminium foil and packaged in
separate labelled polythene bags by the participant. At the point of return, collected samples
were stored frozen ≥ -20oC.

Я всегда даю ссылку на оригинал. Там можно найти ответы на многие вопросы.

[tan_y]

да, хотела было сэкономить время и не читать статью, извините. Из цитаты мне не ясно, что именно придает запах коже и дыханию. Но ничего, все равно большое вам спасибо за ваши обзоры, они очень нужны.

[prof_afv]

Если Вас интересует химия этого вопроса, то сенсоры "искусственного носа" были chosen to be sensitive to the VOCs most likely associated with SARS-CoV-2, in this case, ketone and aldehyde compounds. Больше информации в статье.

[torquelimach]

Интересно, какова доля ложноположительных результатов среди людей, больных чем-то еще.

[prof_afv]

Описание исследованных групп - стр 13-14 статьи. Прицельно лиц с другими заболеваниями не смотрели, но людей старше 50 было 35-40%. Наверняка не все их них абсолютно здоровы. Но это первая нормальная научная работа на эту тему. Конечно, вопросов остаётся много.

[katyat]

Отличить с такой чувствительностью и специфичностью сопливого от здорового можно и без собаки. Или с собакой. Что надо - отличать чихающего (или нет) от насморка и чихающего (или нет) от ковида.

Во Франции была история с самолетами, "вынюхивающими" месторождения нефти (wiki: Great Oil Sniffer Hoax). Причем при блестящем интеллектуально Жискар-д Эстене. Что сейчас могут изобрести даже вообразить трудно...

[ext_1196611]

Проблема таких "тест-систем" - стабильность, из часа в час, изо дня в день. Точнее, ее отсутствие.

[prof_afv]

Это далеко не единственная проблема...
Кстати, если мне не изменяет память, есть неопубликованные, но квазинаучные французские данные, что при оптимизированных режимах работы стабильность довольно высокая. Но эффективность "тестеров" резко падает при приближении времени кормёжки.

[ext_1196611]

Не единственная - но одна из основных.

В этом смысле животные попроще показывали себя лучше (например, голуби на сортировке шариков для подшипников).

[larado]

На первый взгляд, очень крутая идея. Можно таких собачек отмасштабировать и в людных местах с ними ходить. Выцеплять ковидников и нашивать на них жёлтую звезду помечать их, чтобы обычные люди были в курсе. Например, выпустить для них какой-нибудь специфичный дизайн маски*, и обязать носить - тогда распространение инфекции будет сильно замедлено.

* Интересно, как быстро народ научится абьюзить такие маски?

[oleg_canada]

Все хорошо, но опять-таки, читаем стр. 13, Symptoms at enrolment. У всех тестируемых было симптомы. То есть, в отличие от PCR, этот тест не годистся для выявления бессимптомных носителей, например, при посадке в самолет и пр.

[prof_afv]

Читаем статью (стр. 8 ):
There was no evidence for an association between sensitivity and virus quantity in samples, measured by Ct value as a proxy of viral load (p=0•801, Figure 3A). The range of observed Ct values was 20•9 to 35•4. T. Это означает, что «нюх собаки», с достаточно высокой вероятностью, способен различить инфицирован человек SARS-CoV-2 или нет, в широком диапазоне вирусных нагрузок (содержания вируса в организме инфицированного). В наиболее опасную, с эпидемиологической точки зрения, фазу бессимптомной инфекции (1-2 дня до развития симптомов) вирусная нагрузка выше, чем после появления симптомов. Следовательно, исходя из результатов этой работы, по крайней мере, такие случаи, нюхом собаки будут выявляться. Как, впрочем, и многие другие случаи бессимптомной инфекции, при которых вирусная нагрузка находится в обозначенном выше диапазоне (а таких большинство

[oleg_canada]

ИМХО, дело не в вирусной нагрузке как таковой, а в реакции организма на оную. Собаки чувствуют, вероятно, изменения состава пота больных людей, например, из-за изменения метаболизма в результате кислородного голодания, а не вирусную нагрузку как таковую. Конечно, это только предположение. Известно, например, что собаки способны довольно точно определять диабет, например.

[prof_afv]

Да, конечно, обоняние собак улавливает не запах вирусной РНК, а метаболиты, индуцируемые инфекцией. Но, с точки зрения решения инфицирован или нет, набор этих "индикаторных" метаболитов один и тот же в широком диапазоне вирусных нагрузок. Судя по результатам в части "искусственного носа" об их химической природе уже немало известно. Но это очень далеко от области моей компетенции.