Мутанты SARS-CoV-2. Основания для опасений есть, но насколько «нарыв» созрел пока не ясно
Тема мутантов, «обезоруживающих» вакцины против COVID-19, остаётся одной из наиболее горячих в ковидосфере. Очередное повышение её градуса началось после обнаружения «британского мутанта» (см. https://prof-afv.livejournal.com/59125.html ). Вскоре «плохая компания» пополнилась южно-американским, бразильским и калифорнийским мутантами. Поскольку возникновение мутаций это неотъемлемая часть процесса репликации (размножения) вируса, появление новых мутантов будет продолжаться. Правда, у этого процесса есть ограничитель - лишь немногие из генерируемых мутантов жизнеспособны. В циркуляции остаются только «успешные» варианты, прорвавшиеся через сито «дарвиновского» отбора. Как правило, в геномах таких вирусов имеется комбинация мутаций. Естественный отбор это штука многофакторная и динамичная. Изменяются условия и варианты, которые были наиболее приспособлены, теряют свои преимущества, а на сцену выходят новые. Массовая иммунизация, помимо прочего, это внесение нового фактора в отбор. Предсказания будущего - штука ненадёжная, но есть исключения. Практически неизбежно, что со временем отберутся варианты вируса, резистентные к «поражающим элементам» иммунной системы, запускаемым нынешними вакцинами. Большой вопрос - как долго это займёт!? Этого не знает никто. Что же можно и нужно делать?
Для начала такие потенциально опасные варианты надо обнаружить, и чем быстрее, тем лучше. Для этого необходима постоянно работающая система мониторинга, что в практическом плане означает огромный объём секвенирования и биоинформатической обработки геномных данных. Лучше других эта работа поставлена в Великобритании (можно ознакомиться здесь: https://www.cogconsortium.uk/data/). Но и там степень покрытия геномным мониторингом не слишком высока.
2. После обнаружения подозрительного варианта необходимо как можно скорее переходить от теоретических оценок (которые, в лучшем случае, дают основания для подозрений) к реальному определению степени чувствительности этих вариантов вируса к антителам, индуцированным вакцинами. Такие исследования, уже проведены для вакцин Pfizer-BNT и Moderna, хотя их объём пока невелик, особенно по Moderna. Пока все они опубликованы только как препринты, не прошедшие формального научного рецензирования. О первой из этих статей я уже писал (см. https://prof-afv.livejournal.com/61650.html). С тех пор появился ещё один препринт с похожими результатами (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.01.18.426984v1). В этой работе показано, что нейтрализующие антитела, индуцированные вакциной Pfizer-BNT, работают не только против варианта с «изолированной» мутацией 501Y (N501Y), но и со всем набором мутаций в «британском варианте».
Кстати, в названиях мутаций присутствует, мягко сказано, неразбериха. В весьма респектабельном журнале Nature ситуация охарактеризована как «bloody mess». По этому поводу BOЗ провёл недавно специальную встречу экспертов, которая, увы, ничем не закончилась, кроме рекомендации не привязывать наименования мутантов к «локациям» (страна, регион и т.д.). Сейчас, чаще всего «британский вариант» обозначается как «линия (lineage) В.1.1.7” Другие обозначения - линия 20I/501Y.V1 и VOC 202012/01 (Variant of Concern 202012/01). Первоначальное название VUI 202012/01 (Variant Under Investigation 202012/01) из употребления вышло.
Нет согласия и в том, называть ли эти мутанты (на самом деле «созвездия» мутаций) линиями, вариантами или штаммами. Я предпочитаю обозначение вариант. Линия это термин, понятный в контексте филогенетического анализа, в котором разбираются немногие. Штамм, по классическому определению, это лабораторный вариант микроорганизма, у которого есть характерные воспроизводимые свойства, отличающие его от других микроорганизмов того же вида. Тоже не очень подходит. Но, к сожалению, терминологическая «неряшливость» широко распространена и де факто эти термины (в обсуждаемой области) употребляются как взаимозаменяемые синонимы.
Помимо хороших новостей описанных выше есть и не очень хорошие - накапливаются данные о том, что «новые» варианты могут ускользать от антительного ответа, выработавшегося на инфекцию «старыми» вариантами SARS-CoV-2, как природного, так и в ответ на вакцинацию (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.01.18.427166v1; https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.01.15.426911v1). В детали вдаваться не буду, отмечу лишь, что этих работах оценивалась только активность вируснейтрализующих антител, которая, по отношению к новым вариантам существенно понизилась. Между тем протекция, как в результате, перенесённого заболевания, так и в результате вакцинации не сводиться только к антительной защите. Есть ещё Т-клеточные ответы. И если антитела не срабатывают, это ещё не значит, что протекция исчезла. Так что даже в этом случае, надежда остаётся. Не говоря уже о том, что как «перенастраивать» вакцины на новые варианты, по крайней мере, теоретически известно.
(с) Проф_АФВ