«Геномный свидетель»: SARS-CoV-2 в Россию был завезен из Европы
2 марта 2020г. в России был зарегистрирован первый случай SARS-CoV-2 (у женщины, возвратившейся из Италии). Далее количество официально зарегистрированных случаев SARS-CoV-2/COVID-19 стало быстро расти. До 21 марта все зарегистрированные случаи были «импортированы» из Европы. Затем появились «местные» случаи, вспышки, причем, не только в Москве и Питере (на которые приходится 77% российского пассажиропотока за границу и обратно), но и в различных регионах. К 23 апреля 2020г. в России уже было зарегистрировано 62773 подтверждённых случаев SARS-CoV-2/COVID-19.
Все ли они «происходят» от вариантов вируса «импортированных» из Европы?
или
Занос SARS-CoV-2 в Россию произошел значительно раньше из Китая и инфекция распространялась «скрытно» до конца февраля-начала марта?
Ответ на этот вопрос дали исследователи из Института гриппа им. Смородинцева в сотрудничестве с исследователями из Сколтеха и некоторых других научных учреждений России. Для этого они провели филогенетический (это типа генеалогии вирусов) и филодинамический (это типа генеалогии, наложенной на временную шкалу) анализ геномов SARS-CoV-2, инфицировавших 211 россиян. 135 полных геномов SARS-CoV-2 были просеквенироны в рамках этого исследования, а остальные были «извлечены» из базы данных GISAID. Исследованные геномы «происходили» из 25 регионов России. Данные генетического анализа были сопоставлены с историей путешествий людей, от которых геномы SARS-CoV-2 был «изолированы». В результате был реконструирован наиболее вероятный сценарий начального этапа эпидемии COVID-19 в России:
1. Все вирусы SARS-CoV-2, циркулировавшие в России вплоть до 20-х чисел апреля (с высокой степенью вероятности, вплоть до настоящего времени) являются «потомками» десятков, возможно сотни-другой, «завозов» вируса из Европы (оценочное число «завозов» - 67, но оно скорее занижено). «Вклада» Китая и других азиатских стран в «импорт» вируса в РФ не обнаружено.
2. В России циркулирует 9 генетических вариантов SARS-CoV-2. Все они хорошо укладываются в «глобальную родословную» этого вируса и располагаются в «ветвях» G, GR, GH, они же В.1, В.1.1, В.1* (по номенклатурам двух основных международных баз данных геномов SARS-CoV-2 - GISAID и PANGOLIN, соответственно). Ничего необычного в этих геномах нет. Никаких свидетельств различий биологических свойств этих вариантов вируса, их контагиозности или вирулентности, найдено не было.
3. Вопреки ожиданиям, эпидемия в различных регионах России началась почти синхронно. Во всяком случае признаков этапности - занос в Москву и Питер, вспышки там и последующий «развоз» вируса по регионам - не обнаружено. В этой связи вспоминается старая шутка из советских времён об уникальности системы «дистрибьюции» товаров - «всё завозится в Москву, а оттуда сами развозят». Изменения налицо!
Подробности этой работы можно найти в препринте статьи, выложенной в MedRhiv (https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.07.14.20150979v1.external-links.html ). Но это чтение только для специалистов.
С удовлетворением хочу отметить, что это первая, по крайней мере из известных мне (если кто знает другие, подскажите), НАУЧНАЯ публикация из России по SARS-CoV-2/COVID-19, доступная ученым всего мира. Работа профессиональная. Размер и репрезентативность выборки оставляют желать лучшего. Но основные выводы, скорее всего, пересмотрены не будут.
С почином!