Первая научная статья об ЭпиВакКороне. Часть 3
В этом посте я поделюсь своими соображениями по поводу данных о нейтрализующих антителах, сообщённых в статье. При интерпретации этих данных невозможно обойти молчанием исследование, которое организовали активисты гражданской группы ЭпиВакКорона (https://epivakorona.com), а выполнили профессор А.А. Чепурнов с сотрудниками. Но сначала о том, почему я фокусируюсь именно на нейтрализующих антителах. Такие антитела принципиально отличаются от антител, выявляемые двумя другими тестами, использованными авторами статьи (подробнее о них здесь: https://prof-afv.livejournal.com/74049.html ). Последние относятся к категории «связывающихся» (binding). Механизм теста на связывающиеся антитела чисто химический, а его результат ничего не говорит об их возможной роли в физиологических или патологических процессах. В предыдущем посте (Часть 2) я пытался объяснить, что информации, содержащейся в статье недостаточно, чтобы однозначно определить антитела какой специфичности ответственны за положительные результаты в ИФА тест-системах 1 и 2. Поэтому результаты, полученные с помощью этих тест-систем, невозможно однозначно интерпретировать с точки зрения потенциальной роли выявляемых антител в протективности, ожидаемой от вакцины.
Другое дело «нейтрализующие» антитела. Результат теста на такие антитела свидетельствует не только о связывании антигена с антителом, но и о биологически значимом последствии этого связывания - нейтрализации вируса. Правда, справедливо это только для модельной ситуации in vitro. Экстраполировать по умолчанию на ситуацию in vivo нельзя. Иными словами, выработка нейтрализующих антител в результате вакцинации не равнозначна протективности. Тем не менее, при разработке новых вакцин появление нейтрализующих антител рассматривается как наиболее информативный антительный показатель, прогнозирующий протективность.
Тест на нейтрализующие антитела это уже не чистая химия. Здесь связывание антигена с антителом происходит в контексте взаимодействия двух живых объектов - вируса и клетки. При этом и вирус, и особенно клетка, сложные объекты, каждый со своим жизненным циклом. Конечный результат их взаимодействия, в которое «вмешиваются» антитела, зависит от множества факторов. Поэтому тесты на нейтрализацию вируса, особенно осуществляемую в разных лабораториях, очень сложно стандартизовать. Исключительно важно использовать в них максимальное число контролей, дающих «встроенные» ориентиры и компенсирующих «врождённую склонность» этих тестов к разнобою результатов.
Перехожу к соответствующему разделу статьи. Ниже фрагмент таблицы 3 из статьи, относящийся к результатам по нейтрализующим антителам. Time это время после первой инъекции, когда определялись нейтрализующие антитела. Замечу, что временных точек только две - 35 дней и 42 дня (в ИФА тест-системах антитела определялись в 4 временных точках). Таблица 3 составлена так, что желания облегчить читателю понимание помещённых в ней данных явно не просматривается. Она сильно перегружена ненужной информацией. Это относится к колонкам Mean (среднее арифметическое) и SD (стандартное отклонение). Дело в том, что средний титр подсчитывают не как среднее арифметическое, а как среднее геометрическое. У такого подсчёта есть ясный смысл, который можно проиллюстрировать мысленным экспериментом: если смешать равные объёмы сывороток с известными титрами, то титр полученной смеси будет равен среднему геометрическому титров индивидуальных сывороток. Значения в колонках Min (минимальный титр), Max (максимальный), Med (медианный), Q1 (1й квартиль) , Q3 (3й квартиль) это «обратные титры» (если титры 1:10, 1: 20, 1:40 и т.д., то обратные титры это 10, 20, 40 и т.д.). N - количество сывороток, Gmean - средне геометрический обратный титр с 95% доверительным интервалом.
Бросается в глаза странность - в тексте написано «сероконверсии не было ни у кого из добровольцев в группе плацебо» (в статье: «none of placebo group volunteers had seroconversion Fig 4, Table 2»). Если заглянуть в Таблицу 2, то обнаружится, что к антителам эта таблица никакого отношения не имеет (она о нежелательных реакциях). На самом деле в тексте должна быть Таблица 3. Но это полбеды. Если посмотреть в «правильную» таблицу, то обнаруживается, что все добровольцы в группе плацебо положительны на нейтрализующие антитела (обратный титр 10, а у одного 20). Сероконверсии это когда человек был отрицательным на антитела (скажем в день начала испытания), а потом стал положительным. Но если в дни 35 и 42 все добровольцы в группе плацебо имеют нейтрализующие антитела (согласно таблице, см. строки Neutr-35-0 и Neutr-42-0), как можно утверждать, что ни у кого сероконверсия не произошла? У меня есть объяснение (гипотетическое). В тесте на нейтрализующие антитела первым разведением сывороток, которое исследовалось, было разведение 1:10 (обратный титр 10). Если сыворотки были отрицательны в этом разведении, то они должны квалифицироваться как «отрицательные, < 1:10 (обратный титр <10)». Так это будет корректно, ведь остаётся неизвестным, будут ли эти сыворотки положительны или отрицательны в разведениях меньших, чем 1:10. Если моя гипотеза верна, то все статистические характеристики, приведённые в строках Neutr-35-0 и Neutr-42-0 лишаются смысла - нельзя статистически оценивать «величину» <10. Отмечу, что одна из сывороток добровольца из группы плацебо имела титр 1:20. Это можно «дедуцировать» из данных таблицы (20 в колонке Max, строка Neutr-35-0 ) и рисунка (чёрная точка внизу слева).
Ещё одна проблема - посмотрите на ось Y. Внизу она заканчивается обратным титром 40. Чёрная точка должна находится на уровне 20, но она явно выше. А где уровень 10? Ведь чёрная линия, обозначающая обратные «средние титры» в группах плацебо, должна находится ниже уровня 10 (если у сывороток обратный титр <10). Вообще выбор формата графика (ящик с усиками) неудачен для представления данных, в которых значения измеряемого параметра дискретны, число возможных значение мало, а распределение сильно ассиметрично (медиана в одном случае совпадает с квартилем 3, а в другом с квартилем 1). И попробуйте разглядеть, где медиана (жирная чёрная линия). Но это всё мелочи по сравнению с тем, чего ни в таблице, ни в графике нет. А нет титров сывороток «встроенных» положительных контролей (больных или переболевших COVID-19; тех, кто привит Спутником). Без таких контролей значения титров, приведённые в таблице, остаются «вещью в себе». Ведь численные значения титров нейтрализующих антител, определённые разными тестами, могут очень существенно отличаться. Включение в эксперимент подобных контролей, позволяет получить хотя и ориентировочную, но хоть какую-то шкалу для сравнительных оценок. К сожалению, в статье этого не сделано.
Перехожу к результатам тестов на нейтрализующие антитела исследования проф. А.А. Чепурнова (так буду называть это исследование для краткости, прошу других участников этой работы не обижаться). В этом исследовании вслепую были протестированы на нейтрализующие антитела сыворотки 5 человек привитых ЭпиВакКороной в рамках гражданской вакцинации (все они получили вакцину) и 13 участников клинических испытаний ЭпиВакКороны (все они имели антитела, определённые «правильным для ЭпиВакКороны» тестом Вектора, т.е. предполагается, что все они получили вакцину). Во всех случаях результат был отрицательным - в наименьшем из исследованных разведений (1:2) нейтрализующих антител обнаружено не было. А как насчёт положительных контролей, о которых я упомянул выше? Всё это было сделано. Вслепую вместе с сыворотками привитых ЭпиВакКороной были исследованы:
· 4 сыворотки привитых Спутником
· 3 сыворотки привитых Спутником /заболевших COVID-19
· 3 сывоторки больных COVID-19
· 1 сыворотка привитого ЭпиВакКороной/заболевшего COVID-19
Во всех положительных контролях (их статус был открыт после того, как организаторы исследования получили результаты) были обнаружены нейтрализующие антитела (титры от 1:16 до 1:64). Причём, титры воспроизводились в нескольких повторных экспериментах. Только в двух случаях наблюдалась вариация титров в пределах одного разведения, что находится в границах ошибки метода. Должен отметить, что подобная методическая тщательность по нынешним временам большая редкость. На мой взгляд, исследование А.А.Чепурнова выполнено безупречно. Предупреждая возможные вопросы, с профессором Чепурновым я не знаком и в своей профессиональной деятельности никогда не перекрещивался.
Итак, что мы имеем? В статье у всех привитых ЭпиВакКороной нейтрализующие антитела есть. В исследовании А.А.Чепурнова нейтрализующих антител нет. Противоречие невозможно не заметить. Кто прав?
К методической стороне экспериментов, описанных в статье, есть множество вопросов и считать доказанным, что у привитых ЭпиВакКороной вырабатываются нейтрализующие антитела нельзя. А вот результаты независимого исследования сомнений в их надёжности не вызывают. Ответ готов? Очевидно, что чаша весов склоняется явно не в пользу Вектора. Но я стараюсь оценивать эту ситуацию максимально объективно (насколько это возможно для субъекта). Чисто теоретически есть вариант когда могут быть правы и те и другие. Методы, которые были использованы в Векторе и в независимом исследовании, довольно сильно отличаются (состояние клеток на момент заражения, разные штаммы вируса, разная длительность эксперимента, разные методы детекции вируса, разные разведения сывороток). Сравнивать численные значения титров, полученные в этих тестах некорректно. Привести результаты к подобию «общего знаменателя» тоже невозможно. Этому мешает отсутствие «встроенных» положительных контролей в исследовании Вектора. Если допустить, что тест, использованный в Векторе, намного чувствительнее (т.е. способен уловить намного меньшее количество антител), то противоречие результатов объясняется. Думаю, что подобный сценарий маловероятен, но пока полностью его исключить нельзя.
Единственный способ разрешить противоречие в ту или иную сторону не на словах, а на деле это слепое параллельное исследование одним и тем же методом одних и тех же сывороток, привитых ЭпиВакКороной, с включением всех необходимых положительных контролей.
Завершая этот пост, хочу отметить, что независимо от того, есть ли у привитых ЭпиВакКороной нейтрализующие антитела или их нет, вопрос о протективной эффективности этой вакцины остаётся открытым. Ответ на него могут дать только сравнение заболеваемости COVID-19 в группах вакцина и плацебо (или в сравнимых группах вакцинированных и невакцинированных в рамках гражданской вакцинации).
Проф_АФВ
P.S. Предыдущие части этого поста: Часть 1 ( https://prof-afv.livejournal.com/73630.html) и Часть 2 ( https://prof-afv.livejournal.com/74049.html).