История Международного общества сознания Кришны в России началась в 1971 году с визита в Москву Бхактиведанты Свами Прабхупады, который посетил СССР по приглашению посольства Индии. В СССР Прабхупада тайно встретился с заведующим отдела Индии и Южной Азии Института востоковедения АН СССР профессором Г. Г. Котовским и с московским студентом Анатолием Пиняевым, который принял от Прабхупады духовное посвящение, получив ведическое духовное имя Ананта-шанти Даса. После отъезда Прабхупады, Ананта-шанти начал распространять гаудия-вайшнавизм в разных городах России.
В конце 1970-х годов деятельность кришнаитов в СССР начала привлекать внимание КГБ. В 1980 году тогдашний председатель КГБ Юрий Андропов написал доклад о деятельности Движения сознания Кришны в СССР и представил его ЦК КПСС.В докладе Международное общество сознания Кришны описывалось как «самая радикальная» из всех мистических восточных групп на Западе, с конца 1970-х годов предпринимающая «попытки по распространению своих идей на территории Советского Союза». Андропов, в частности, утверждал: «Международное общество сознания Кришны» стремится путём отрицания коммунистической идеологии и социалистического государства, борьбы с ними увести своих приверженцев от участия в общественно-политической и трудовой деятельности в сторону мистики.
В 1981 году на страницах одного из номеров журнала «Коммунист» появилось высказывание тогдашнего заместителя председателя КГБ Семёна Цвигуна: Существует три величайшие угрозы советскому образу жизни: западная культура, рок-н-ролл и Харе Кришна.
Это высказывание послужило сигналом к решительным действиям со стороны советских властей. Первые российские кришнаиты подверглись репрессиям: более шестидесяти кришнаитов были брошены в тюрьмы, три человека погибли. Впоследствии эти уголовные дела были пересмотрены и признаны сфальсифицированными, а все осуждённые кришнаиты были реабилитированы в соответствии с Законом «О реабилитации жертв политических репрессий». В 1988 году Международное общество сознания Кришны было официально зарегистрировано в СССР как религиозная организация.ИСККОН стал первой религиозной организацией, зарегистрированной в советский период. В течение долгих лет Совет по делам религий при Совете Министров СССР не регистрировал никаких новых религиозных организаций.
По сегодняшний день ИСККОН в России сохраняет статус официального религиозного объединения и действует в рамках законов РФ. По данным ИСККОН на 2004 год в обществе было 106 официально зарегистрированных в Министерстве юстиции РФ центров, и приблизительно около 100 000 последователей по всей России. Из них около 25 000 тех, кого ИСККОН считает своими активными членами, и ещё около 100 000 человек так или иначе имеющих отношение к Движению сознания Кришны.