Первоначально МТС - акционерные предприятия, во главе которых стоял Всесоюзный центр машинно-тракторных станций («Трактороцентр», 1929-32), в 1932 они преобразованы в гос. предприятия, руководство МТС перешло к Наркомзему СССР. Для работы в МТС направлялись городские рабочие из числа членов партии и комсомольцев.
Первоначально в штате МТС числились только работники их аппарата и обслуживающий персонал, механизаторы по своему статусу являлись колхозниками, не имели оплачиваемых отпусков, больничных листов, пособий при потере трудоспособности. В 1935 в штат МТС переведены комбайнеры и машинисты молотилок (остальные механизаторы - в 1953). Взаимоотношения МТС и колхозов строились на основе договора и носили обязательный характер. Объём механизиров. работ определялся не запросами колхозов, а возможностями машинно-тракторного парка МТС. Работа МТС оплачивалась колхозами первоначально по твёрдым денежным расценкам, с 1933 введена оплата натурой в процентах от биологич. урожая с.-х. культур (был выше амбарного). 5% зерна/ шло на снабжеие рабочих и премирование трактористов. В 1938 осуществлён перевод МТС на полный гос. бюджет, однако государство получало от колхозов в оплату своих расходов по МТС 20% урожая зерна, кукурузы, подсолнечника, хлопка и льна, 17% - свёклы и 16% - картофеля. В 1954 натуроплата МТС стала начисляться по твёрдым ставкам - за каждый вид работ, при этом учитывался амбарный, а не биологич. урожай.
Финансирование всех видов капитальных вложений МТС осуществляется через сельскохозяйственный банк. Финансирование производственных, административно-правленческих и хозяйственных расходов в МТС, а также расходов на образование переходящих на следующий год запасов осуществляется через Государственный банк. На каждый из видов затрат (горючее, ремонт, заработная плата производственным рабочим, заработная плата аппарату МТС и прочие административно-хозяйственные расходы) машинно-тракторной станции открывается отдельный бюджетный счёт, средства с которого могут быть использованы только по целевому назначению.
Штаты МТС укомплектовываются специалистами в зависимости от размеров тракторного парка, специализации, зональных и др. особенностей с.-х. Производства. Кроме указанных выше работников, типовые штаты МТС предусматривают должности специалистов, в зависимости от особенностей производства в обслуживаемых колхозах. Для штатных работников МТС установлены должностные оклады. Эти оклады диференцированы в зависимости от размеров тракторного парка . Оклады всех специалистов МТС устанавливаются в зависимости от образования. В целях повышения заинтересованности и ответственности руководящих работников и специалистов МТС за выполнение и перевыполнение плановых заданий по урожайности сельскохозяйственных культур (по фактическому сбору урожая в колхозах, обслуживаемых МТС) введена специальная система премирования работников МТС. Премии выплачиваются за выполнение и перевыполнение плана урожайности важнейших сельскохозяйственных культур, за своевременное выполнение планов сенокошения и силосования кормов, за выполнение и перевыполнение планов сдачи колхозами натуроплаты, за снижение себестоимости тракторных работ. Основные кадры механизаторов для работы на машинах МТС комплектуются не в порядке обычного набора рабочих, а выделяются колхозами по договору с МТС из среды колхозников. Работникам этих категорий за выполненные ими работы колхозы начисляют трудодни на основе сдельщины и выдают на трудодни натуральные и денежные доходы наравне со всеми колхозниками. Кроме натуральных и денежных выдач по трудодням от колхоза, трактористы, бригадиры тракторных бригад, их помощники, учётчики, заправщики и машинисты сложных машин получают гарантийный денежный минимум от государства. В целях повышения производительности труда работников тракторных бригад и заинтересованности их в получении высоких урожаев сельскохозяйственых культур в колхозах, оплата труда трактористов, бригадиров тракторных бригад, их помощников, учётчиков-заправщиков и прицепщиков установлена в зависимости от выполнения плановых заданий по урожайности сельскохозяйственных культур, определяемого по фактически собранному урожаю на обрабатываемых ими участках.
В соответствии с решениями пленума ЦК КПСС (сент. 1953) на МТС возложена ответственность за развитие всех сторон колхозного производства - от планирования до учёта и распределения произведённой продукции (в связи с этим в райисполкомах ликвидированы с.-х. отделы). На баланс МТС переданы контрольно-семенные и агрохимич. лаборатории, ветеринарные участки и пункты. В 1954-57 по типовым проектам стали строиться рабочие посёлки МТС, имевшие электроснабжение и водопровод, ремонтные мастерские, адм. здания, жилые дома, объекты культурно-бытового назначения.