Путин. Работа в Москве
За три года Владимир Путин прошёл путь от заместителя управляющего делами президента до секретаря Совета безопасности.
Директор Федеральной службы безопасности РФ Владимир Путин. 1998 год.
С августа 1996 года, после поражения Анатолия Собчака на губернаторских выборах, приглашён на работу в Москву в должности заместителя управляющего делами президента Российской Федерации Павла Бородина. В управделами Президента России Путин курировал Юридическое управление и Управление российской загрансобственностью.
26 марта 1997 года назначен заместителем руководителя Администрации президента России - начальником Главного контрольного управления президента Российской Федерации, сменив на этом посту Алексея Кудрина.
По словам Путина, результаты проведённой Главным контрольным управлением проверки, связанной с выполнением оборонного заказа, стали одной из причин отставки министра обороны России Игоря Родионова в мае 1997 года.
В 1997 году Путин как глава Главного контрольного управления поручил особой комиссии осуществить проверку эффективности работы российского рыболовства. В результате работы комиссии выяснилось: «Вылов в 1997 году 6500 т нерки японскими судами дрифтерным способом (запрещен Резолюцией Генеральной ассамблеи ООН с 1991 года) и 3300 т этого вида рыбы российскими судами, работающими по научным программам, привел к перелову озерновской нерки и фактически поставил на грань банкротства береговые предприятия Камчатской области, эксплуатирующие её запасы». После завершения работы комиссии в соответствии с её выводами границы у районов рыбного промысла была изменены и за следующее десятилетие вылов нерки вырос в несколько раз - с 2500 до 20000 тонн.
25 мая 1998 года назначен первым заместителем руководителя Администрации президента Российской Федерации, ответственным за работу с регионами. К моменту назначения считался одной из самых влиятельных фигур в Кремле.
С 25 июля 1998 года - директор Федеральной службы безопасности Российской Федерации. Своими заместителями Путин назначил генералов Николая Патрушева, Виктора Черкесова и Сергея Иванова, с которыми был знаком по работе в КГБ и в Санкт-Петербурге. Осенью 1998 года Путин провел реорганизацию в ФСБ. За время нахождения Путина на посту главы ФСБ он упразднил управления ФСБ по экономической контрразведке и по контрразведывательному обеспечению стратегических объектов, создал вместо них шесть новых управлений ФСБ. Добился бесперебойного финансирования ФСБ, а также повышения зарплаты сотрудников ФСБ (в этом отношении они были приравнены к сотрудникам СВР и ФАПСИ).
С 26 марта 1999 года Путин был назначен секретарем Совета безопасности Российской Федерации, сохранив за собой пост главы ФСБ.
К началу мая 1999 года президент Ельцин принял решение о передаче своей власти Владимиру Путину. 5 августа на встрече с Путиным Ельцин сообщил о том, что хочет назначить его премьер-министром страны.