После начала войны на Прудовскую завели уголовное дело из-за антивоенных постов. Во время расследования следователь допросил ее 9-летнюю дочь и 10-летнего приемного сына. Лидия вместе с детьми уехала из страны. В эмиграции она узнала, что ее лишили прав на приемного сына, а ребенка объявили в розыск.
На жительницу Архангельской области Лидию Прудовскую завели дело о дискредитации. В сентябре 2022 года Прудовскую оштрафовали на 35 тысяч рублей по административной статье о дискредитации ВС РФ (ст. 20.3.3 КоАП). О протоколе она узнала, когда ей позвонили из прокуратуры. Административное дело завели из-за восьми антивоенных публикаций за апрель и июнь 2022 года.