Юная ирландка Филомена родила сына, будучи подростком, и её, как «падшую», отправили на «перевоспитание» в католический монастырь, а младенца отдали в усыновление в американскую семью. В монастыре Филомена подвергалась неисчислимым унижениям. Затем ей удалось вырваться оттуда, и она прожила достойную жизнь, но все эти годы пыталась безуспешно найти своего сына. Её историей заинтересовался отзывчивый человек Мартин Сиксмит - опытный журналист, занимающийся расследованиями церковных проблем. Он повёз Филомену в Америку, где нашлись следы её сына.
Судьба ребёнка долгое время складывалась благополучно: он получил отличное образование и сделал хорошую политическую карьеру, был видным сотрудником президентской администрации Рейгана и Буша. Но его судьбу оборвала смерть от СПИДа. В финале фильма Филомена приходит в монастырь, где начались её злоключения, и бросает в лицо матери-настоятельнице тяжкий упрёк в лицемерии: слова Христа почему-то часто расходятся с делами, от имени Его творимыми людьми. Но даже преступление, сотворённое с нею самой именем веры, неспособно заставить её поколебаться в вере в Бога.