Вскоре после гибели своего мужа, великого князя Сергея Александровича, московского генерал-губернатора, Елизавета Федоровна продала свои драгоценности (отдав в казну ту их часть, которая принадлежала династии Романовых), и на вырученные деньги купила на Большой Ордынке усадьбу с четырьмя домами и обширным садом, где и расположилась Марфо-Мариинская Обитель Милосердия (монастырь с сочетанием благотворительной и медицинской работы).
Соборный храм обители, Покровский собор, был спроектирован Алексеем Щусевым, совместно с Б. В. Фрейденбергом и Л. В. Стеженским.
При создании обители был использован как русский православный, так и европейский опыт. Сёстры, жившие в обители, приносили обеты целомудрия, нестяжания и послушания, однако, в отличие от монахинь, по истечении определенного срока могли уйти из обители, создать семью и быть свободными от данных прежде обетов. Сестры получали в обители серьёзную психологическую, методологическую, духовную и медицинскую подготовку. Им читали лекции лучшие врачи Москвы, беседы с ними проводили духовник обители о. Митрофан Сребрянский (позднее архимандрит Сергий; канонизирован Русской православной церковью) и второй священник обители о. Евгений Синадский.
По плану Елизаветы Фёдоровны, обитель должна была оказывать комплексную, духовно-просветительскую и медицинскую помощь нуждающимся, которым часто не просто давали еду и одежду, но помогали в трудоустройстве, устраивали в больницы. Нередко сестры уговаривали семьи, которые не могли дать детям нормальное воспитание (например, профессиональные нищие, пьяницы и т. д.), отдать детей в приют, где им давали образование, хороший уход и профессию.
В обители были созданы больница, отличная амбулатория, аптека, где часть лекарств выдавалась бесплатно, приют, бесплатная столовая и еще множество учреждений. В Покровском храме обители проходили просветительские лекции и беседы, заседания Императорского Православного Палестинского общества, Географического общества, духовные чтения и другие...