Ученые РАН создали программу для быстрого поиска тайн иммунитета
© Fotolia/ psdesign1
Сотрудники Института биоорганической химии РАН создали программу, позволяющую анализировать множество виртуальных геномов и анализировать свойства иммунной системы человека, что ускорит поиски методов лечения болезней, связанных с нарушением иммунитета, говорится в статье, опубликованной в журнале BMC Genomics.
«Наша программа оптимизирует работу исследователей и поможет разработать и проверить новые гипотезы о формировании и работе системы адаптивного иммунитета. Что особенно важно, анализ таких данных важен не только для теоретических исследований, но и практических задач. Например, новые знания в этой области необходимы для разработки новых методов лечения автоиммунных болезней, рака, а также аллергий», - заявил Иван Звягин из Института биоорганической химии РАН в Москве, чьи слова приводит пресс-служба института.
Программа Звягина и его коллег - VDJviz - уже доступна для скачивания и ее может получить любой пользователь сети, посетивший сайт британского журнала, в котором опубликовано ее описание.
Как объясняет ученый, такое необычное название их программного продукта обусловлено тем, что она анализирует - особые фрагменты генома человека V, D и J, которые отвечают за формирование рецепторов иммунных клеток и антител. В процессе борьбы с инфекцией эти участки случайным «перемешиваются» друг с другом, благодаря чему наш иммунитет постепенно подбирает ключ к фактически любой болезни, а также порождает аллергии и аутоиммунные заболевания, такие как рассеянный склероз, «нацеливаясь» не на патогены, а на часть организма.
Такой процесс происходит в организме множество раз при созревании каждой В- или Т-клетки, в результате чего формируется огромный набор В- и Т-клеток, каждая из которых имеет уникальную структуру рецепторов, распознающих антигены. Сегодня ученые умеют «прочитывать» эти участки ДНК иммунных клеток, однако, благодаря огромному количеству их вариантов, обработка и анализ того, за что отвечает каждая комбинация из них, является крайне длительным и трудоемким занятием.
По словам Звягина, VDJviz поможет ученым экономить время и силы, при этом не обладая особыми навыками программирования и работы с компьютерным кодом. Команда ученых из ИБХ РАН подготовила как онлайн-, так и офлайн-версию этой системы анализа ДНК, что позволит ученым пользоваться ей наиболее удобным способом. Как надеются биологи, их разработка поможет нам раскрыть секреты работы адаптивного иммунитета человека и понять, что вызывает тяжелые болезни, связанные со сбоями в его работе.
http://ria.ru/science/20160722/1472582075.html