В мае 1918 года был арестован зять протоиерея Неофита - православный миссионер Николай Юрьевич Варжанский.
13 июня отец Неофит написал письмо Ленину с просьбой освободить Николая Варжанского:
«В скорбные дни моей личной жизни имею смелость обратиться к Вам с покорнейшей просьбой. О своей личности имею долг сообщить следующее.
Я служил в Симбирске вместе с Вашим родителем.
Он был директором народных школ, а я преподавателем Мариинской женской гимназии, Кадетского корпуса и Духовной семинарии. Родитель Ваш мне хорошо известен и знаком, я с ним весьма нередко встречался в частных домах и на собраниях, где обсуждались дела педагогические. Скончался он при мне, я был молитвенником тогда, да и теперь молюсь за него... Во дни своей настоящей невзгоды я осмеливаюсь обратиться к Вам... с покорнейшей просьбой: мой сын (зять) Николай Юрьевич Варжанский совершенно случайно попал под арест: вошел в квартиру протоирея Восторгова, где в это время производился обыск, и вместе с другими был арестован и отправлен сначала в следственное предварительное заключение, а потом переправили его в Бутырскую тюрьму. И в газетах было написано, и словесно слышал от лиц, заслуживающих доверия, что за Варжанским вины, за которую следовало бы посадить в тюрьму, не найдено.
Невзгоды были в семье Вашего дорогого родителя, они касались и Вас, и Вы были дороги для своих родителей. Тяжело и мне переносить невзгоду моей дочери и своего сына (зятя). Покорнейше прошу принять участие в моем горе: благоволите отпустить моего зятя от всяких преследований и от тюрьмы или же отдать его мне на поруки. Он человек благонамеренный, советское правительство признает и подчиняется ему, каких-либо контрреволюционных выступлений нигде никогда не имел, он проповедник слова Божия - миссионер и только. Прошу Вас... ради памяти Вашего родителя, моих заслуг по отношению к Вашей родной сестре Марии Ильиничне в деле образования и воспитания помочь мне в моем горе: освободить Варжанского из тюрьмы и возвратить его в семью...»
Ответа на это письмо , естественно, не последовало. Некогда было доброму Ильичу с просителями разбираться, и память папеньки не имела для него никакого значения
21 июля 1918 года протоирей Неофит, по предложению Александра Дмитриевича Самарина, отслужил в храме панихиду по «убиенном новопреставленном бывшем царе Николае». Вечером того же дня сотрудники ВЧК арестовали священника. Протоиерей Неофит был обвинен в «агитации против советской власти», в том, что «служил панихиду по “помазаннике Божием” Николае Романове». 17 сентября 1918 года Президиум Коллегии отдела по борьбе с контрреволюцией из трех человек приговорил протоиерея Неофита к расстрелу, - и он был расстрелян. Тело его погребено на Калитниковском кладбище в могиле, ставшей ныне безвестной.