Всё думал, что что-то у меня не так с железом. Старое. А может ещё что...
Оказалось, давно известная проблема. Для запуска из меню - уже пофиксили давно, но я, джентушник проженный, не запускал, как рекомендуют:PULSE_LATENCY_MSEC=60 skype
Теперь по отзывам - слышно меня хорошо.
P.S.: Подробности -
http://arunraghavan.net/2013/08/pulseaudio-4-0-and-skype/