Церковь стоит на том месте,где апостол Павел восприял мученическую кончину 29 июня 67г...Апостола Павла, которого, как римского гражданина, нельзя было предать бесчестной смерти через распятие и в черте города, повели для усечения мечём за город, где содержался в особом подземелье; когда же наступило время казни, он сам преклонил свою выю под меч палача, и тот усёк ему главу. От раны истекла кровь с молоком, а усечённая глава, при падении своём, трижды ударилась о землю и на трёх местах прикосновения к земле произвела три источника, или три фонтана живой воды, которая не иссякла и поныне.
От этих трёх фонтанов, над которыми настоящая церковь выстроена, она и получила своё название.
Над каждым фонтаном внутри церкви сооружено по особому памятнику с рельефными изображениями честной главы апостола Павла...
В той же церкви хранится небольшой столб, на котором апостол Павел был усечён мечом...