Итоги 2021-го
Пост этот я решила приурочить к своему дню рождения, который приходится на Старый Новый год. Дата у меня круглая, но все же день рождения это не трагедия, а скорее еще один повод порадоваться, что год прошел нормально.
Год этот был очень продуктивен профессионально. Раньше эта продуктивность мерилась по количеству статей, и тут мне никогда не переплюнуть 2006-й, когда у меня их вышло 6. Теперь, ура!-ура! статьи мне писать не надо, гранты тоже. Собственно, писать тексты, в том числе и научные, я люблю, однако писание статей и грантов - это в первую очередь взаимодействие с ревьюерами и экспертами. Когда-то в стародавние времена все было просто и честно, критика была по делу, и на нее получалось эффективно отвечать, так что даже можно было успешно изменить конечный результат. Сейчас академическая наука в кризисе (по крайней мере, так видится с того места, где я нахожусь), критика все чаще сводится к простому утверждению, что оппонент дурак, а статья или грант должны быть немедленно отклонены, ибо пряников сладких всегда не хватает на всех. И лучшее средство преуспеть сейчас в науке - это связи и принадлежность к сообществу людей Допущенных к Кормушке (Ф. Искандер). Среди которых, естественно, встречаются и вполне хорошие люди, и очень сильные ученые. И вообще наука все еще двигается вперед. Но участвовать в таком движении у меня нет никакого желания. И меня радует, что я окончательно завязала с академической наукой (после 30 лет пребывания в ней).
А занимаюсь я сейчас прикладной наукой. Например, основной молекулярный тест, который кормит наш Адаптив, это выявление и подсчет раковых клеток при различных лейкемиях (раке крови, связанном с лейкоцитами, белыми кровяными клетками). Делается это весьма непростым образом путем выделения ДНК из крови с последующим прочтением последовательстей уникальных рецепторов имеющихся там лейкоцитов. При лейкемии один или несколько клонов лейкоцитов бесконтрольно размножаются, и их можно отловить по резко повышенной частоте рецептора. А в результате лечения (по нынешним временам оно обычно работает, не одно, так другое), частота ракового клона резко падает. Уникальность нашего теста состоит в том, что мы еще меряем общее количество анализируемых клеток, и именно так считаем частоту: количество раковых на миллион клеток. Работает это все хорошо, но требует очень больших затрат: каждый лейкоцит несет свой собственный рецептор, прочесть их надо миллионы, и еще необходимо считать общее число клеток. Секвенирование (прочтение ДНК) сейчас достигло совершенно зашкаливающих объемов информации, за один эксперимент - около 50 миллионов рецепторов. Дело это дорогое, а цена теста изначально зафиксирована на некоем приемлемом для клиентов уровне. Ибо наши тесты оплачивают все основные американские страховки по строгому тарифу. Поэтому все лишние расходы, например, по перепроверке, если результат по первому разу не получился, берет на себя наша контора. А среди раковых больных встречаются запущенные случаи с очень сильным размножением раковых лейкоцитов. Такие образцы могут собой заполонить все секвенирование, и испортить прочтение более нормальных образцов. Что и периодически происходит, резко увеличивая расходы.
Перед нашим Р&Д была поставлена задача сделать быстрый тест для выявления проблемных образцов до того, как они успели испортить все секвенирование, чтобы их можно было анализировать отдельно. Проект свалился на нашу голову примерно полтора года назад, и сначала не на мою. Изначальная идея как мерить была совершенно неосуществимая, мне это было понятно сразу. Я осторожно поговорила с парой коллег, которых я считаю хорошими учеными, и они со мной согласились. Я попыталась поговорить и с начальством, но начальство мне ответило в духе лозунга: "если партия скажет надо... как-нибудь сделаем!". За этом "как-нибудь" я с тоской наблюдала около полгода, ибо занималась этим моя хорошая подруга. В результате, совершенно отчаявшись, подруга перешла в другой отдел. А проект свалился на меня. Я за всем этим наблюдала с несколько тошнотным чувством, как за снежной лавиной: вот сорвалась, ползет, падает, летит, сейчас накроет.
А когда эта лавина меня накрыла, я встала на дыбы. И прочла начальству лекцию о том, почему их подход работать не будет от слова совсем. А потом следующему и после-следующему начальству. Они меня попросили доказать экспериментально, что я сделала за три недели (ибо все было обдумано заранее). А потом мы осуществили план Би, используя совсем другой метод, который должен был работать, так и оказалось. Вот только для него надо было сделать с нуля новые тесты. К тому моменту начальство раздухарилось, решило, что я все могу, и дало мне на разработку новых тестов 2 недели. Как ни странно, получилось. Потом много еще чего было, всякие валидации, проверки, тестирование на точность и аккуратность и прочее. Работы было очень много, но расказывать я о ней не буду. Равно как и о принципе нового теста (коммерческий секрет!). В общем на данном этапе новый тест пошел в практику, наши его собираются использовать для тестирования образцов от раковых больных. Хэппи энд.
А я за последний год получила три премии: две за инновационное мышление, и одну за "наиценнейшего работника" (видимо за лекции для начальства). Начальство же меня долго мучило вопросами, а что они делали не так, и как теперь надо все делать по уму. Ну что я, блин, им могу сказать? Что если вы платите профессионалам за их мнение, то желательно его слушать и рассматривать, а не игнорировать?
Тошнотное ощущение ото всей истории несколько притупилось двумя повышениями зарплаты, за эти деньги можно и поработать. Ибо расслабиться мне теперь не дадут. Главный принцип моей жизни всегда был: когда работаешь не на себя, а на дядю, никогда не давай им понять, сколько тебе времени надо на ту или иную задачу. Собственно, я его для себя открыла еще в Японии, когда поняла, что иначе просто загнусь от переработки. В Штатах он мне служил верой и правдой, в кармане у меня всегда лежали данные и сделанные заранее эксперименты, которые в нужный момент можно было выложить начальству. И порасслабляться на досуге, пока начальство думает, что я занята тем, что было сделано еще месяц назад. Очень это помогало не перерабатывать и получать себе каникулы, когда хочется. А теперь все, в нынешней конторе мне надо пахать на всю катушку. Впрочем, появился выход. Прямо перед новым годом я так устала, что стала допускать ошибки. Нефатальные, заметные и исправимые, которые на конечные данные не влияют. Но теперь у меня есть отличный аргумент не гнать лошадей: надо работать медленно, иначе ошибок много. Итак: год зачетный.
Что же касается всего остального, то конечно главное для нас в этом году было доделать и обжить новый дом на даче. Обставили его мебелью, обсыпали гравием, обвесили красивыми фонариками, поставили детскую площадку. Ну и старый домик как следует разобрали от барахла и даже слегка отремонтировали. Но впрочем это пока начало, надо еще там пару вещей, типа новой деки. А сейчас тма все завалило 1.5 метрами снега. И надо ехать разгребать и смотреть, все ли в порядке.
За год удалось и немножко поездить. Началось все с поездки на Гавайи (Мауи) в феврале, очень здорово получилось, Лана была в полном восторге от океана.
https://mary-spiri.livejournal.com/136831.html
Старшая внучка на меня во многом похожа по характеру и склонностям, и обожает плавать и болтаться у воды. Мы ее научили сноркелеваться с маской-трубкой, а все свободное от сноркеля время она болталась в прибое, надев спасик для верности. Пару раз ее волной шибануло, но нам удалось ее научить осторожно относиться к океану. Плюс один из нас постоянно за ней следил. А вот младшая Каська океан пока боится. У Ланы тоже был такой этап, примерно в том же возрасте, так что это нормально.
Весной в конце мая мы поехали на Олимпийское побережье на 4 дня, и это было прекрасно, как всегда на океане в наших краях:
https://mary-spiri.livejournal.com/140508.html
Летом мы ездили в Йеллоустоун, народу было очень много, но все равно получилось очень хорошо. Туда я готова ездить сколько угодно раз:
https://mary-spiri.livejournal.com/143778.html
А в начале осени был наш ежегодный бэкпэк в Хребет Ветровой Реки:
https://mary-spiri.livejournal.com/144189.html
И как всегда - это было счастье: друзья, природа, горы, озера, рыба, красотища, костер, разговоры, общая любовь всех ко всем. Ради этого можно мерзнуть ночью, скрючившись лазать в палатку, таскать в горку тяжелый рюкзак и терпеть мильен страданий.
Дальше - опять работа и походы в горы около дачи. Были и грибы, и рыбалка, все как обычно. Жизнь в штате Вашингтон прекрасна, если можешь ходить в горы.
https://mary-spiri.livejournal.com/145984.html
А на День Благодарения, Рождество и Новый Год мы уезжали на дачу:
https://mary-spiri.livejournal.com/147780.html
https://mary-spiri.livejournal.com/149490.html
Где в частности удалось классно показаться на лыжах - 80 км за новогоднюю неделю.
В сумме за год я прошла около 530 миль (860 км) с перепадом около 25 км. Не рекорд, но в целом ничего.
Год этот был очень продуктивен профессионально. Раньше эта продуктивность мерилась по количеству статей, и тут мне никогда не переплюнуть 2006-й, когда у меня их вышло 6. Теперь, ура!-ура! статьи мне писать не надо, гранты тоже. Собственно, писать тексты, в том числе и научные, я люблю, однако писание статей и грантов - это в первую очередь взаимодействие с ревьюерами и экспертами. Когда-то в стародавние времена все было просто и честно, критика была по делу, и на нее получалось эффективно отвечать, так что даже можно было успешно изменить конечный результат. Сейчас академическая наука в кризисе (по крайней мере, так видится с того места, где я нахожусь), критика все чаще сводится к простому утверждению, что оппонент дурак, а статья или грант должны быть немедленно отклонены, ибо пряников сладких всегда не хватает на всех. И лучшее средство преуспеть сейчас в науке - это связи и принадлежность к сообществу людей Допущенных к Кормушке (Ф. Искандер). Среди которых, естественно, встречаются и вполне хорошие люди, и очень сильные ученые. И вообще наука все еще двигается вперед. Но участвовать в таком движении у меня нет никакого желания. И меня радует, что я окончательно завязала с академической наукой (после 30 лет пребывания в ней).
А занимаюсь я сейчас прикладной наукой. Например, основной молекулярный тест, который кормит наш Адаптив, это выявление и подсчет раковых клеток при различных лейкемиях (раке крови, связанном с лейкоцитами, белыми кровяными клетками). Делается это весьма непростым образом путем выделения ДНК из крови с последующим прочтением последовательстей уникальных рецепторов имеющихся там лейкоцитов. При лейкемии один или несколько клонов лейкоцитов бесконтрольно размножаются, и их можно отловить по резко повышенной частоте рецептора. А в результате лечения (по нынешним временам оно обычно работает, не одно, так другое), частота ракового клона резко падает. Уникальность нашего теста состоит в том, что мы еще меряем общее количество анализируемых клеток, и именно так считаем частоту: количество раковых на миллион клеток. Работает это все хорошо, но требует очень больших затрат: каждый лейкоцит несет свой собственный рецептор, прочесть их надо миллионы, и еще необходимо считать общее число клеток. Секвенирование (прочтение ДНК) сейчас достигло совершенно зашкаливающих объемов информации, за один эксперимент - около 50 миллионов рецепторов. Дело это дорогое, а цена теста изначально зафиксирована на некоем приемлемом для клиентов уровне. Ибо наши тесты оплачивают все основные американские страховки по строгому тарифу. Поэтому все лишние расходы, например, по перепроверке, если результат по первому разу не получился, берет на себя наша контора. А среди раковых больных встречаются запущенные случаи с очень сильным размножением раковых лейкоцитов. Такие образцы могут собой заполонить все секвенирование, и испортить прочтение более нормальных образцов. Что и периодически происходит, резко увеличивая расходы.
Перед нашим Р&Д была поставлена задача сделать быстрый тест для выявления проблемных образцов до того, как они успели испортить все секвенирование, чтобы их можно было анализировать отдельно. Проект свалился на нашу голову примерно полтора года назад, и сначала не на мою. Изначальная идея как мерить была совершенно неосуществимая, мне это было понятно сразу. Я осторожно поговорила с парой коллег, которых я считаю хорошими учеными, и они со мной согласились. Я попыталась поговорить и с начальством, но начальство мне ответило в духе лозунга: "если партия скажет надо... как-нибудь сделаем!". За этом "как-нибудь" я с тоской наблюдала около полгода, ибо занималась этим моя хорошая подруга. В результате, совершенно отчаявшись, подруга перешла в другой отдел. А проект свалился на меня. Я за всем этим наблюдала с несколько тошнотным чувством, как за снежной лавиной: вот сорвалась, ползет, падает, летит, сейчас накроет.
А когда эта лавина меня накрыла, я встала на дыбы. И прочла начальству лекцию о том, почему их подход работать не будет от слова совсем. А потом следующему и после-следующему начальству. Они меня попросили доказать экспериментально, что я сделала за три недели (ибо все было обдумано заранее). А потом мы осуществили план Би, используя совсем другой метод, который должен был работать, так и оказалось. Вот только для него надо было сделать с нуля новые тесты. К тому моменту начальство раздухарилось, решило, что я все могу, и дало мне на разработку новых тестов 2 недели. Как ни странно, получилось. Потом много еще чего было, всякие валидации, проверки, тестирование на точность и аккуратность и прочее. Работы было очень много, но расказывать я о ней не буду. Равно как и о принципе нового теста (коммерческий секрет!). В общем на данном этапе новый тест пошел в практику, наши его собираются использовать для тестирования образцов от раковых больных. Хэппи энд.
А я за последний год получила три премии: две за инновационное мышление, и одну за "наиценнейшего работника" (видимо за лекции для начальства). Начальство же меня долго мучило вопросами, а что они делали не так, и как теперь надо все делать по уму. Ну что я, блин, им могу сказать? Что если вы платите профессионалам за их мнение, то желательно его слушать и рассматривать, а не игнорировать?
Тошнотное ощущение ото всей истории несколько притупилось двумя повышениями зарплаты, за эти деньги можно и поработать. Ибо расслабиться мне теперь не дадут. Главный принцип моей жизни всегда был: когда работаешь не на себя, а на дядю, никогда не давай им понять, сколько тебе времени надо на ту или иную задачу. Собственно, я его для себя открыла еще в Японии, когда поняла, что иначе просто загнусь от переработки. В Штатах он мне служил верой и правдой, в кармане у меня всегда лежали данные и сделанные заранее эксперименты, которые в нужный момент можно было выложить начальству. И порасслабляться на досуге, пока начальство думает, что я занята тем, что было сделано еще месяц назад. Очень это помогало не перерабатывать и получать себе каникулы, когда хочется. А теперь все, в нынешней конторе мне надо пахать на всю катушку. Впрочем, появился выход. Прямо перед новым годом я так устала, что стала допускать ошибки. Нефатальные, заметные и исправимые, которые на конечные данные не влияют. Но теперь у меня есть отличный аргумент не гнать лошадей: надо работать медленно, иначе ошибок много. Итак: год зачетный.
Что же касается всего остального, то конечно главное для нас в этом году было доделать и обжить новый дом на даче. Обставили его мебелью, обсыпали гравием, обвесили красивыми фонариками, поставили детскую площадку. Ну и старый домик как следует разобрали от барахла и даже слегка отремонтировали. Но впрочем это пока начало, надо еще там пару вещей, типа новой деки. А сейчас тма все завалило 1.5 метрами снега. И надо ехать разгребать и смотреть, все ли в порядке.
За год удалось и немножко поездить. Началось все с поездки на Гавайи (Мауи) в феврале, очень здорово получилось, Лана была в полном восторге от океана.
https://mary-spiri.livejournal.com/136831.html
Старшая внучка на меня во многом похожа по характеру и склонностям, и обожает плавать и болтаться у воды. Мы ее научили сноркелеваться с маской-трубкой, а все свободное от сноркеля время она болталась в прибое, надев спасик для верности. Пару раз ее волной шибануло, но нам удалось ее научить осторожно относиться к океану. Плюс один из нас постоянно за ней следил. А вот младшая Каська океан пока боится. У Ланы тоже был такой этап, примерно в том же возрасте, так что это нормально.
Весной в конце мая мы поехали на Олимпийское побережье на 4 дня, и это было прекрасно, как всегда на океане в наших краях:
https://mary-spiri.livejournal.com/140508.html
Летом мы ездили в Йеллоустоун, народу было очень много, но все равно получилось очень хорошо. Туда я готова ездить сколько угодно раз:
https://mary-spiri.livejournal.com/143778.html
А в начале осени был наш ежегодный бэкпэк в Хребет Ветровой Реки:
https://mary-spiri.livejournal.com/144189.html
И как всегда - это было счастье: друзья, природа, горы, озера, рыба, красотища, костер, разговоры, общая любовь всех ко всем. Ради этого можно мерзнуть ночью, скрючившись лазать в палатку, таскать в горку тяжелый рюкзак и терпеть мильен страданий.
Дальше - опять работа и походы в горы около дачи. Были и грибы, и рыбалка, все как обычно. Жизнь в штате Вашингтон прекрасна, если можешь ходить в горы.
https://mary-spiri.livejournal.com/145984.html
А на День Благодарения, Рождество и Новый Год мы уезжали на дачу:
https://mary-spiri.livejournal.com/147780.html
https://mary-spiri.livejournal.com/149490.html
Где в частности удалось классно показаться на лыжах - 80 км за новогоднюю неделю.
В сумме за год я прошла около 530 миль (860 км) с перепадом около 25 км. Не рекорд, но в целом ничего.