Вирусы, человеческий геном, и страшилки про вакцины, которые изменят нашу ДНК

Jun 14, 2021 15:33

1. Вирусы это потрясающее проявление эволюции формально неживых органических систем в постоянном взаимодействии с живыми организмами своих хозяев. ( Read more... )

science-biology

Leave a comment

agasfer June 15 2021, 00:44:19 UTC
Хотелось бы уточнить, что значит "непостоянство генома" и кто его экспериментально подтвердил? Берем младенца, делаем полный сиквенс его генома. Берем его же через 20 лет, делаем полный сиквенс его же генома, сколько отличий мы найдем? Другой вариант: берем у одного индивида образцы клеток из крови, слизистой носа, спинного мозга и, допустим, печени. Делаем полный сиквес и увидим ли мы разницу?

Reply

mary_spiri June 15 2021, 00:57:11 UTC

Ну если эту аргументацию продолжить, то надо взять каждую клетку по отдельности и все их проверить. Речь ведь идёт про непостоянство генома в отдельных соматических клетках.

Насчёт экспериментальных подтверждений: существует много сиквенсов генома раковых клеток. Отличий бывает очень много, включая анеуплоидию, транслокации кусков хромосом и т.п. Есть много исследований, которые сравнивают геномы опухолей и соседних тканей, или разнообразие внутри опухоли.
Постоянство генома хорошо сохраняется в половых клетках, это так. Но даже там бывают мутации. Дауны рождаются у обычных людей.

Reply

agasfer June 15 2021, 01:06:34 UTC
Я и спрашиваю, проверял кто-нибудь реально или нет. А даун, это просто лишняя 21-я хромосома. В большинстве случаев, ошибка при делении клеток на ранней стадии развития плода.

Reply

mary_spiri June 15 2021, 01:40:12 UTC

Даун это очевидный пример. Полно неочевидных - например, люди с разным цветом глаз, классическая соматическая мутация.
А эксперименты, вроде предложенного, ставить непросто. У моей дочки есть друг, который представляет собой химеру. Человек, у которого две разные группы крови. Ему предложили на год отдаться в руки учёных. Заплатить пообещали 60 штук. Он сломался, когда в списке процедур увидел биопсию головного мозга. Почему-то ему не захотелось. Сейчас, 10 лет спустя, парнишка стал миллионером на компьютерных играх.

Reply

agasfer June 15 2021, 02:10:58 UTC
Пример чего? Ошибка в числе хромосом никакого отношения к вирусам и транспозонам не имеет и не является соматической мутацией.

У гетерохромии могут быть самые разные причины. Классические соматические мутации, это образование раковых клеток. Что давно известно, но уже значительно после Вавилова с Лысенкой.

Химеры же не являются примером "непостоянства генома"; это смешивание двух разных геномов в одном индивиде.

Reply

mary_spiri June 15 2021, 02:44:57 UTC

Химера это был пример того, почему эксперименты такого рода трудно ставить. Люди не хотят.

Ошибка в числе хромосом это конечно не транспозоны, и не SNP, но показатель того, что много чего случается даже с сильно защищёнными половыми клетками.

Наличие мутаций в соматических клетках хорошо иллюстрируется single cell genomics, таких работ сейчас полно. И не надо ждать от юности до старости, можно просто посмотреть по горизонтальному срезу ткани, где есть клеточное размножение.

Reply

agasfer June 15 2021, 11:46:26 UTC
Я за одноклеточной геномикой особо не слежу, но в моем представлении там упор на изучение дифференциации клеток через метилирование ДНК, нет? Тогда, если считать метилирование частью генома, то "непостоянство генома" сводится к регуляции метилированием.

"И не надо ждать от юности до старости, можно просто посмотреть по горизонтальному срезу ткани, где есть клеточное размножение."

Ну так я эти два варианта и предположил в самом начале. Мой вопрос был, кто-то реально это проделал, показал разницу в последовательностях и расчитал скорость мутаций?

Reply

mary_spiri June 15 2021, 13:48:23 UTC

Я за литературой в этой области не слежу. Я просто занималась проектами по детекции точечных мутаций в опухолях и при разных заболеваниях. Были проекты по сравнению опухоли с окружающими тканями, геном в опухолях сильно бывает изменён.
Заодно наши пытались заниматься геномикой отдельных клеток именно с точки зрения мутаций, а не метилирования. Так что такие работы ведутся. Но там полно своих методических проблем, для такой геномики требуется, чтобы клетки сохраняли жизнеспособность в суспензии, а таких типов клеток в нашем организме немного, большинство дохнет.

Reply

agasfer June 15 2021, 13:59:21 UTC
Я когда-то пробовал смотреть СНИПы в культурах раковых клеток, благо их легко найти. Там черт ногу сломит. Некоторые хромосомы или их участки пропали, т е вообще не дают сигнала, накоторые наоборот, присутствуют в 3 экземплярах, а не в 2, и т п. В общем, ДНК в культурах раковых клеток сильно изуродована. "Непостоянством генома" я бы это не назвал. В этом смысле геном Е коли, в который запихали искусственную плазмиду, тоже не постоянен.

Reply

mary_spiri June 15 2021, 16:32:00 UTC
Раковые клетки в культуре сильно эволюционируют, те же HeLa уже вообще на человеческие непохожи, это отдельный организм. Я имела в виду исследования реальных опухолей и тканей вокруг них. Там изменений сильно меньше, и они гораздо более таргетные, вышибающие контроль клеточного деления. Особенно если смотреть ранние стадии (а это сейчас больше всего интересует, чтобы понять триггеры и раннюю диагностику). Есть еще исследования на гистологических срезах, но я их в деталях не читала. Надо бы, тема интересная, но всех не перевешаешь.

Reply

levyi_botinok June 16 2021, 15:16:40 UTC
Я не в теме. Но вот что-то мимо пролетало. Это не оно?
Polθ reverse transcribes RNA and promotes RNA-templated DNA repair

Reply

mary_spiri June 16 2021, 16:24:55 UTC
Да, оно самое. Вполне хорошая статья.

Reply


Leave a comment

Up