1. Вирусы это потрясающее проявление эволюции формально неживых органических систем в постоянном взаимодействии с живыми организмами своих хозяев. ( Read more... )
Хотелось бы уточнить, что значит "непостоянство генома" и кто его экспериментально подтвердил? Берем младенца, делаем полный сиквенс его генома. Берем его же через 20 лет, делаем полный сиквенс его же генома, сколько отличий мы найдем? Другой вариант: берем у одного индивида образцы клеток из крови, слизистой носа, спинного мозга и, допустим, печени. Делаем полный сиквес и увидим ли мы разницу?
Ну если эту аргументацию продолжить, то надо взять каждую клетку по отдельности и все их проверить. Речь ведь идёт про непостоянство генома в отдельных соматических клетках.
Насчёт экспериментальных подтверждений: существует много сиквенсов генома раковых клеток. Отличий бывает очень много, включая анеуплоидию, транслокации кусков хромосом и т.п. Есть много исследований, которые сравнивают геномы опухолей и соседних тканей, или разнообразие внутри опухоли. Постоянство генома хорошо сохраняется в половых клетках, это так. Но даже там бывают мутации. Дауны рождаются у обычных людей.
Я и спрашиваю, проверял кто-нибудь реально или нет. А даун, это просто лишняя 21-я хромосома. В большинстве случаев, ошибка при делении клеток на ранней стадии развития плода.
Даун это очевидный пример. Полно неочевидных - например, люди с разным цветом глаз, классическая соматическая мутация. А эксперименты, вроде предложенного, ставить непросто. У моей дочки есть друг, который представляет собой химеру. Человек, у которого две разные группы крови. Ему предложили на год отдаться в руки учёных. Заплатить пообещали 60 штук. Он сломался, когда в списке процедур увидел биопсию головного мозга. Почему-то ему не захотелось. Сейчас, 10 лет спустя, парнишка стал миллионером на компьютерных играх.
Пример чего? Ошибка в числе хромосом никакого отношения к вирусам и транспозонам не имеет и не является соматической мутацией.
У гетерохромии могут быть самые разные причины. Классические соматические мутации, это образование раковых клеток. Что давно известно, но уже значительно после Вавилова с Лысенкой.
Химеры же не являются примером "непостоянства генома"; это смешивание двух разных геномов в одном индивиде.
Химера это был пример того, почему эксперименты такого рода трудно ставить. Люди не хотят.
Ошибка в числе хромосом это конечно не транспозоны, и не SNP, но показатель того, что много чего случается даже с сильно защищёнными половыми клетками.
Наличие мутаций в соматических клетках хорошо иллюстрируется single cell genomics, таких работ сейчас полно. И не надо ждать от юности до старости, можно просто посмотреть по горизонтальному срезу ткани, где есть клеточное размножение.
Я за одноклеточной геномикой особо не слежу, но в моем представлении там упор на изучение дифференциации клеток через метилирование ДНК, нет? Тогда, если считать метилирование частью генома, то "непостоянство генома" сводится к регуляции метилированием.
"И не надо ждать от юности до старости, можно просто посмотреть по горизонтальному срезу ткани, где есть клеточное размножение."
Ну так я эти два варианта и предположил в самом начале. Мой вопрос был, кто-то реально это проделал, показал разницу в последовательностях и расчитал скорость мутаций?
Я за литературой в этой области не слежу. Я просто занималась проектами по детекции точечных мутаций в опухолях и при разных заболеваниях. Были проекты по сравнению опухоли с окружающими тканями, геном в опухолях сильно бывает изменён. Заодно наши пытались заниматься геномикой отдельных клеток именно с точки зрения мутаций, а не метилирования. Так что такие работы ведутся. Но там полно своих методических проблем, для такой геномики требуется, чтобы клетки сохраняли жизнеспособность в суспензии, а таких типов клеток в нашем организме немного, большинство дохнет.
Я когда-то пробовал смотреть СНИПы в культурах раковых клеток, благо их легко найти. Там черт ногу сломит. Некоторые хромосомы или их участки пропали, т е вообще не дают сигнала, накоторые наоборот, присутствуют в 3 экземплярах, а не в 2, и т п. В общем, ДНК в культурах раковых клеток сильно изуродована. "Непостоянством генома" я бы это не назвал. В этом смысле геном Е коли, в который запихали искусственную плазмиду, тоже не постоянен.
Раковые клетки в культуре сильно эволюционируют, те же HeLa уже вообще на человеческие непохожи, это отдельный организм. Я имела в виду исследования реальных опухолей и тканей вокруг них. Там изменений сильно меньше, и они гораздо более таргетные, вышибающие контроль клеточного деления. Особенно если смотреть ранние стадии (а это сейчас больше всего интересует, чтобы понять триггеры и раннюю диагностику). Есть еще исследования на гистологических срезах, но я их в деталях не читала. Надо бы, тема интересная, но всех не перевешаешь.
Reply
Ну если эту аргументацию продолжить, то надо взять каждую клетку по отдельности и все их проверить. Речь ведь идёт про непостоянство генома в отдельных соматических клетках.
Насчёт экспериментальных подтверждений: существует много сиквенсов генома раковых клеток. Отличий бывает очень много, включая анеуплоидию, транслокации кусков хромосом и т.п. Есть много исследований, которые сравнивают геномы опухолей и соседних тканей, или разнообразие внутри опухоли.
Постоянство генома хорошо сохраняется в половых клетках, это так. Но даже там бывают мутации. Дауны рождаются у обычных людей.
Reply
Reply
Даун это очевидный пример. Полно неочевидных - например, люди с разным цветом глаз, классическая соматическая мутация.
А эксперименты, вроде предложенного, ставить непросто. У моей дочки есть друг, который представляет собой химеру. Человек, у которого две разные группы крови. Ему предложили на год отдаться в руки учёных. Заплатить пообещали 60 штук. Он сломался, когда в списке процедур увидел биопсию головного мозга. Почему-то ему не захотелось. Сейчас, 10 лет спустя, парнишка стал миллионером на компьютерных играх.
Reply
У гетерохромии могут быть самые разные причины. Классические соматические мутации, это образование раковых клеток. Что давно известно, но уже значительно после Вавилова с Лысенкой.
Химеры же не являются примером "непостоянства генома"; это смешивание двух разных геномов в одном индивиде.
Reply
Химера это был пример того, почему эксперименты такого рода трудно ставить. Люди не хотят.
Ошибка в числе хромосом это конечно не транспозоны, и не SNP, но показатель того, что много чего случается даже с сильно защищёнными половыми клетками.
Наличие мутаций в соматических клетках хорошо иллюстрируется single cell genomics, таких работ сейчас полно. И не надо ждать от юности до старости, можно просто посмотреть по горизонтальному срезу ткани, где есть клеточное размножение.
Reply
"И не надо ждать от юности до старости, можно просто посмотреть по горизонтальному срезу ткани, где есть клеточное размножение."
Ну так я эти два варианта и предположил в самом начале. Мой вопрос был, кто-то реально это проделал, показал разницу в последовательностях и расчитал скорость мутаций?
Reply
Я за литературой в этой области не слежу. Я просто занималась проектами по детекции точечных мутаций в опухолях и при разных заболеваниях. Были проекты по сравнению опухоли с окружающими тканями, геном в опухолях сильно бывает изменён.
Заодно наши пытались заниматься геномикой отдельных клеток именно с точки зрения мутаций, а не метилирования. Так что такие работы ведутся. Но там полно своих методических проблем, для такой геномики требуется, чтобы клетки сохраняли жизнеспособность в суспензии, а таких типов клеток в нашем организме немного, большинство дохнет.
Reply
Reply
Reply
Polθ reverse transcribes RNA and promotes RNA-templated DNA repair
Reply
Reply
Leave a comment