Поиск добровольцев-вирусоносителей и другие новости
Во времена моей юности в Москве популярностью пользовалось выражение: "если во мне и есть что-то положительное, то только реакция Вассермана" (то есть тест на сифилис). А сейчас в нашей конторе Adaptive появился запрос на другой тип положительности: люди, которые либо сами переболели подтвержденным КОВИД-19 с позитивными тестами на вирус, либо контактировали с подтвержденными носителями вируса.
Вот описание по-английски:
IRB Approved Email
Adaptive and Microsoft today announced the launch of their ImmuneRACE Study. This IRB-approved study is a key aspect of Adaptive and Microsoft’s partnership to study the immune response to COVID-19 and provide open data access to researchers and others worldwide. This is critically important because the immune system may be able to tell us important information about how our own bodies detect and respond to the virus that could inform better diagnostics, treatments and vaccines. LabCorp, through our Covance drug development business, will manage the collection of blood samples and nose/throat swabs from participants in the comfort and safety of their own homes.
The ImmuneRACE Study is now enrolling three groups of participants:
1. Those who have been exposed to someone who was confirmed to have COVID-19.
2. Those with an active COVID-19 infection.
3. Those who have recovered from a confirmed COVID-19 infection.
If you have friends or family who fall into those categories who live in one of our 24 participating metro areas, please feel free to share the attached eFlyer with them. Please note that the study is enrolling participants in all locations today, and the in-person sample collection service will be available in all participating locations by May 11.
У наших есть сотрудничество с ЛабКором на предмет сбора образцов по всей стране (США) в 24-х крупных городах. Образец - кровь в количестве нескольких кубиков (думаю, что больше 10 мл и меньше 50 мл). Денег пациентам никто платить не станет, участие бесплатное для всех сторон, однако все полученные данные будут выложены в открытый доступ и будут предоставляться любой коммерческой и некоммерческой организации по запросу. Сразу добавлю, что многим кажется, что они уже переболели чем-то похожим. На данном этапе требуется подтверждение инфекции тестом на САРС-КоВ-2. Скорее всего, учитывая неточность нынешних тестов на антитела, наши захотят анализировать только случаи с положительными тестами, основанные на ПЦР, то есть на детекции самого вируса по его генетическому материалу РНК. Однако если положительный результат теста когда-то с вами случился, то неважно, насколько давно. Цель проекта - найти специфические антитела и рецепторы иммунных клеток, а приобретенный иммунитет против коронавирусов похоже сохраняется по крайней мере несколько месяцев.
Вроде бы сейчас появился и хороший тест на антитела, разработанный компанией Roche. Они утверждают, что специфичность теста 99.8%, то есть всего 0.2% ложных результатов, и чувствительность 100% - то есть все 100% зараженых с подтвержденной инфекцией детектируются как положительные новым тестом. Надо заметить, что речь идет о пациентах, которые показали положительный ПЦР-тест на САРС-КоВ-2 не менее, чем за две недели до теста на антитела. Ибо иммунной системе требуется время для развития иммунного ответа, и минимальное время как раз около 2-х недель. ФДА тест уже разрешила, утверждается, что Рош уже доставили миллионы тестов по всей стране (Elecsys Anti-SARS-CoV-2). Похожие тесты сейчас выставили на рынок Abbott (99.5 и 100%) и Diasorin (Liason XL test, 97.4 и 98.5%). Эти показатели близко-похожи и хороши. Ура, наконец закончились времена китайских тестов с показателями специфичности в 40-60%. В свете вышеизложенного, наша контора может начать работать с пациентами, у которых инфекция подтверждена тестом на антитела.
Что конкретно наши будут делать с кровью пациентов? Первое и главное - выделение ДНК. Задача - это вытащить геномы из всех белых клеток крови, то есть лейкоцитов, а более конкретно - цель это лимфоциты. В-лимфоциты производят антитела против вируса, а Т-лимфоциты обеспечивают координированное уничтожение зараженых клеток. И те, и другие для распознавания инфекции вырабатывают специфические рецепторы (антитела - это рецепторы В клеток, которые они секретируют в жидкости). Рецепторы возникают в результате случайной перетасовки кусков генома и дальше подвергаются жесткой эволюции на усиление связывания и распознавания инфекционного агента. Кто плохо связывается, долго не живет. Зато возникшие в результате эволюции клетки, несущие высокоспецифические рецепторы, потом могут жить практически вечно, образуя иммунную память. За счет этого работают вакцины. Насколько долго сохраняется иммунный ответ и рецепторы на нынешний вирус - мы пока не знаем. Но даже если и недолго, полгода-год, уже неплохо, можно почаще вакцинироваться. Пока все данные указывают на то, что иммунитет развивается, а значит вакцины с неплохой эффективностью вполне возможны.
Когда геномная ДНК выделена, дальше из образца надо вытащить все гены, кодирующие зрелые рецепторы лимфоцитов. Тут в ход идет амплификация, разработанная в нашей конторе. Делается она с помощью ПЦР с большим набором разных праймеров. И лично я занимаюсь проектами по оптимизации этой системы (конца краю тут нет). Когда гены выделили и специфически преумножили, их надо прочесть, то есть выяснить точную последовательность ДНК. К счастью, кусок, определяющий специфичность рецептора, довольно короток. Но разнообразие обычно зашкаливает, в крови одного человека вполне может быть миллион миллионов разных рецепторов (10 в 12 степени). К счастью, лимфоциты, несущие нужные на данном этапе рецепторы, резко размножаются и часто доминируют, их сразу видно. Поэтому свеже-выздоровевшие пациенты очень нужны, у них это вот клональное размножение лимфоцитов против вируса должно быть особенно выражено. Народ, если вы переболели, то ваша кровь - на вес золота. Донируйте! И вам авось воздастся, если не в этой жизни, то в следующей. Ох, нет, как раз буддисты ничего не донируют, даже кровь не положено, надо все части тела сохранять. Так что по карме вам не воздастся. Но в общем нам часто в какой-то момент нужна помощь из зала, поэтому наверно неплохо и самим помогать, если есть такая возможность.
Конечных целей две: первая - это нейтрализующире антитела, которые могут убить вирус по тому же механизму, как и иммуноглобулин переболевших. Нейтрализующие антитела можно сделать искусственно, если четко знать нужную последовательность гена. Сама наша контора будет только выяснять последовательность гена/генов, а антитела будет делать компания Амджин, которые это хорошо умеют.
Вторая цель - это рецепторы Т-лимфоцитов. Именно этот проект позволит каждому пациенту ответить на вопрос болел ли он когда-либо САРС-КоВ-2, и насколько защищен. Этот же проект позволит быстро тестировать вакцины (по наработке известных рецепторов), и он же позволит модифицировать индивидуальные Т-клетки пациента для иммунотерапии. На данном этапе иммунотерапия крайне дорогая (полмиллиона долларов), используется практически только против онкологии, и вызывает дикую побочку. Но эти проблемы потихоньку решаются.
Ну и сразу скажу, что вроде как финансово наша контора в неплохой форме, так что скорее всего деньги завершить все эти проекты найдутся. А что касается энтузиазма - то народ пашет 24/7, в три смены. Поэтому пойду поработаю еще перед сном.
Вот описание по-английски:
IRB Approved Email
Adaptive and Microsoft today announced the launch of their ImmuneRACE Study. This IRB-approved study is a key aspect of Adaptive and Microsoft’s partnership to study the immune response to COVID-19 and provide open data access to researchers and others worldwide. This is critically important because the immune system may be able to tell us important information about how our own bodies detect and respond to the virus that could inform better diagnostics, treatments and vaccines. LabCorp, through our Covance drug development business, will manage the collection of blood samples and nose/throat swabs from participants in the comfort and safety of their own homes.
The ImmuneRACE Study is now enrolling three groups of participants:
1. Those who have been exposed to someone who was confirmed to have COVID-19.
2. Those with an active COVID-19 infection.
3. Those who have recovered from a confirmed COVID-19 infection.
If you have friends or family who fall into those categories who live in one of our 24 participating metro areas, please feel free to share the attached eFlyer with them. Please note that the study is enrolling participants in all locations today, and the in-person sample collection service will be available in all participating locations by May 11.
У наших есть сотрудничество с ЛабКором на предмет сбора образцов по всей стране (США) в 24-х крупных городах. Образец - кровь в количестве нескольких кубиков (думаю, что больше 10 мл и меньше 50 мл). Денег пациентам никто платить не станет, участие бесплатное для всех сторон, однако все полученные данные будут выложены в открытый доступ и будут предоставляться любой коммерческой и некоммерческой организации по запросу. Сразу добавлю, что многим кажется, что они уже переболели чем-то похожим. На данном этапе требуется подтверждение инфекции тестом на САРС-КоВ-2. Скорее всего, учитывая неточность нынешних тестов на антитела, наши захотят анализировать только случаи с положительными тестами, основанные на ПЦР, то есть на детекции самого вируса по его генетическому материалу РНК. Однако если положительный результат теста когда-то с вами случился, то неважно, насколько давно. Цель проекта - найти специфические антитела и рецепторы иммунных клеток, а приобретенный иммунитет против коронавирусов похоже сохраняется по крайней мере несколько месяцев.
Вроде бы сейчас появился и хороший тест на антитела, разработанный компанией Roche. Они утверждают, что специфичность теста 99.8%, то есть всего 0.2% ложных результатов, и чувствительность 100% - то есть все 100% зараженых с подтвержденной инфекцией детектируются как положительные новым тестом. Надо заметить, что речь идет о пациентах, которые показали положительный ПЦР-тест на САРС-КоВ-2 не менее, чем за две недели до теста на антитела. Ибо иммунной системе требуется время для развития иммунного ответа, и минимальное время как раз около 2-х недель. ФДА тест уже разрешила, утверждается, что Рош уже доставили миллионы тестов по всей стране (Elecsys Anti-SARS-CoV-2). Похожие тесты сейчас выставили на рынок Abbott (99.5 и 100%) и Diasorin (Liason XL test, 97.4 и 98.5%). Эти показатели близко-похожи и хороши. Ура, наконец закончились времена китайских тестов с показателями специфичности в 40-60%. В свете вышеизложенного, наша контора может начать работать с пациентами, у которых инфекция подтверждена тестом на антитела.
Что конкретно наши будут делать с кровью пациентов? Первое и главное - выделение ДНК. Задача - это вытащить геномы из всех белых клеток крови, то есть лейкоцитов, а более конкретно - цель это лимфоциты. В-лимфоциты производят антитела против вируса, а Т-лимфоциты обеспечивают координированное уничтожение зараженых клеток. И те, и другие для распознавания инфекции вырабатывают специфические рецепторы (антитела - это рецепторы В клеток, которые они секретируют в жидкости). Рецепторы возникают в результате случайной перетасовки кусков генома и дальше подвергаются жесткой эволюции на усиление связывания и распознавания инфекционного агента. Кто плохо связывается, долго не живет. Зато возникшие в результате эволюции клетки, несущие высокоспецифические рецепторы, потом могут жить практически вечно, образуя иммунную память. За счет этого работают вакцины. Насколько долго сохраняется иммунный ответ и рецепторы на нынешний вирус - мы пока не знаем. Но даже если и недолго, полгода-год, уже неплохо, можно почаще вакцинироваться. Пока все данные указывают на то, что иммунитет развивается, а значит вакцины с неплохой эффективностью вполне возможны.
Когда геномная ДНК выделена, дальше из образца надо вытащить все гены, кодирующие зрелые рецепторы лимфоцитов. Тут в ход идет амплификация, разработанная в нашей конторе. Делается она с помощью ПЦР с большим набором разных праймеров. И лично я занимаюсь проектами по оптимизации этой системы (конца краю тут нет). Когда гены выделили и специфически преумножили, их надо прочесть, то есть выяснить точную последовательность ДНК. К счастью, кусок, определяющий специфичность рецептора, довольно короток. Но разнообразие обычно зашкаливает, в крови одного человека вполне может быть миллион миллионов разных рецепторов (10 в 12 степени). К счастью, лимфоциты, несущие нужные на данном этапе рецепторы, резко размножаются и часто доминируют, их сразу видно. Поэтому свеже-выздоровевшие пациенты очень нужны, у них это вот клональное размножение лимфоцитов против вируса должно быть особенно выражено. Народ, если вы переболели, то ваша кровь - на вес золота. Донируйте! И вам авось воздастся, если не в этой жизни, то в следующей. Ох, нет, как раз буддисты ничего не донируют, даже кровь не положено, надо все части тела сохранять. Так что по карме вам не воздастся. Но в общем нам часто в какой-то момент нужна помощь из зала, поэтому наверно неплохо и самим помогать, если есть такая возможность.
Конечных целей две: первая - это нейтрализующире антитела, которые могут убить вирус по тому же механизму, как и иммуноглобулин переболевших. Нейтрализующие антитела можно сделать искусственно, если четко знать нужную последовательность гена. Сама наша контора будет только выяснять последовательность гена/генов, а антитела будет делать компания Амджин, которые это хорошо умеют.
Вторая цель - это рецепторы Т-лимфоцитов. Именно этот проект позволит каждому пациенту ответить на вопрос болел ли он когда-либо САРС-КоВ-2, и насколько защищен. Этот же проект позволит быстро тестировать вакцины (по наработке известных рецепторов), и он же позволит модифицировать индивидуальные Т-клетки пациента для иммунотерапии. На данном этапе иммунотерапия крайне дорогая (полмиллиона долларов), используется практически только против онкологии, и вызывает дикую побочку. Но эти проблемы потихоньку решаются.
Ну и сразу скажу, что вроде как финансово наша контора в неплохой форме, так что скорее всего деньги завершить все эти проекты найдутся. А что касается энтузиазма - то народ пашет 24/7, в три смены. Поэтому пойду поработаю еще перед сном.