Обзор литературы по коронавирусу
Работаю из дома, что дает мне дополнительно два часа времени, которые можно не тратить на стояние в знаменитых Сиэтльских пробках (которых сейчас нет). Большую часть дополнительного времени я конечно буду тратить на общение с внучками, у Ланы закрыли школу, а маленькая Каська подросла и требует внимания.
Но заодно оказалось время почитать про коронавирус, ситуация меняется быстро, а с ней и политика. Сразу скажу, что наилучшая на мой взгляд подборка сведений есть вот тут: https://medium.com/@tomaspueyo/coronavirus-act-today-or-people-will-die-f4d3d9cd99ca.
Вроде как это все было переведено на русский. Но английский оригинал еще и постоянно обновляется, так что лучше читать его. Он конечно весьма специален, но в конце каждого сложного куска есть краткие выводы. Кстати, если хочется еще более специальной литературы, то вот профессиональный архив-подборка: https://cmmid.github.io/topics/covid19/
А теперь, как бывший вирусолог, и нынешний разработчик тестов, попробую рассказать о том, что мне самой кажется важным:
1. Главный способ передачи это контакт с мокротой и слюной, попавшей на поверхность, и оттуда руками перенесенной в рот. Пишут, что сохраняется живой вирус 7-9 дней (это очень долго по сравнению с прочими). Маски спасают рот от касания рук, их сейчас не купить, да и не надо. Лучше постоянно мыть и протирать руки, и делать сознательное усилие не лезть ими в рот. Добавка насчет протирки поверхностей и продуктов: до сих пор я этим не занималась. Предпочитала протирать руки после работы дома с магазинными продуктами. Плюс выбрасывание оберток, термическая обработка, или мытье (если свежее). Видимо пора вводить дома протирку кухни чем-нибудь обеззараживающим, типа хлорокса, или 80% спирта. Вирус устойчив только при нормальной температуре, любая термообработка, даже минимальная, это его конец.
2. Ранняя стадия, когда можно было остановить развитие эпидемии за счет изоляции заболевших и прекращения поездок, уже прошла, теперь вирус гуляет в обществе, и сами по себе эти меры не помогут. Они могут помочь не заболеть конкретным людям, если те никуда не поедут.
3. К сожалению, в 20-25% случаев люди делаются источниками заражения до появления симптомов. Правда на этом этапе тесты уже могут выявить вирус. Ведь передать заразу можно только, если она есть в мокроте и слюне, а значит ее можно и детектировать. Поэтому я очень надеюсь на массовое тестирование в бессимптомных популяциях. И вообще дешевые и массовые тесты. Ирония в том, что сложный тест для лабораторий сделать очень легко (недаром его сделали все, кому не лень, у каждой лабы свой тест, и большинство работает), а вот простой тест для домашнего использования сделать очень трудно. И мы даже знаем как. Но нужно желание инвесторов в это инвестировать, но они ждут, что эпидемия пройдет.
4. Необходимость социального дистанцирования: 2 м это примерно безопасное расстояние при кашле и чихе. Не надо пожимать руки, обниматься и целоваться. Можно спокойно общаться на расстоянии, лучше избегать скученности в любых помещениях. Например, общественного транспорта (при гриппе тоже хорошо помогает). Ну и совершенно не стоит болтаться по мероприятиам и музеям. У нас их все отменили, включая самое святое для Америки - спортивные игры и матчи. Народ плачет.
4. Опасность для пожилых и людей с ослабленым иммунитетом и здоровьем: судя по вспышке в доме престарелых в Кёркланде около Сиэтла, по китайским данным и по круизникам эта опасность очень велика (8-20% после 70 лет). Любыми средствами надо этих людей изолировать и заставлять держать дистанцию. Гулять можно сколько угодно, главное минимизировать контакты с людьми.
5. Выработка иммунитета: начну с того, что все, кто выздоравливает, очищают свой организм от вируса с помощью выработавшегося иммунитета. А те, кто умирает, их иммунитет не справляется. Так что переболевшие имеют к вирусу иммунитет. Так называемые повторные заражения - это скорее всего плохое тестирование. Любой тест выдает некоторое количество фальшивых позитивов и негативов. Роль играет еще и отбор образцов: у одного и того же человека два небольших образца слюны могут дать разную картину при тестировании. Другая возможная причина "повторных заражений" - это сохранение вируса в некоем неизвестном нам резервуаре в теле пациента, который мы тестом не проверяем. Так например вирус СПИД может прятаться в лимфатических узлах около кишечника, где его раньше никто не искал.
6. Альтернативный механизм - это быстрое мутирование вируса. Коронавирус имеет генетический материал в виде РНК, который размножается с помощью вирусного же фермента РНК-зависимой РНК полимеразы. Этот класс ферментов знаменит тем, что постоянно лепит ошибки, тем способствуя быстрому появлению новых мутаций. Но тут нам повезло: конкретно у КОВИД РНК полимераза умеет редактировать ошибки. Поэтому по нынешним данным, геном КОВИД из 30 тысяч нуклеотидов за месяц аккумулирует всего 1-2 мутации, что совсем немного. Правда, новые китайские данные выдвигают предположение, что уже произошла некая мутация, которая усилила распространение вируса в людях (так называемый генотип L). Но их пока смешали с дерьмом за поспешность выводов, в целом многоученое сообщество особого эффекта у мутантных вирусов пока не наблюдает. Итого - вирус будет распознан и убит, если уже есть иммунитет.
7. Иммунитет - наше спасение, и наша же проблема. Иммунология - самая сложная отрасль в биологии, и ее досконально не знает никто, ибо иммунологи обычно копают в своем углу. Эта преамбула связана с тем, что я лично не иммунолог, поэтому отнеситесь к моей писанине критически. Теперь амбула: выработка иммунитета идет по-стадийно. И то, что люди обычно называют иммунитетом, а именно - выработка антител, это обычно не первая, но ранняя стадия, которая потом продолжается в сторону оптимизации и эволюции. Клетки, производящие антитела, которые успешно связываются с вирусом, проходят через процесс быстрого мутирования своего гена-матрицы антитела, и чем лучше новая версия антитела связывает вирус, тем сильнее размножается клон таких клеток. Однако для долговременного и сильного иммунитета необходимы все последующие стадии, а не только антитела и начальный ответ. У вирусов есть масса механизмов, с помощью которых они подавляют разные аспекты иммунного ответа. Геном КОВИД большой, там масса всего может быть закодировано. Коронавирусы не сильно изучены, на исследования надо много времени и денег. Для справки: все знают кишечную палочку, любимый объект биологов. И при всей ее изученности, для примерно 20% генов неизвестны их функции. Коронавирусы привлекли к себе интерес недавно, САРС в 2003, до того ими почти не занимались. Мы не знаем, как именно они могут избегать подавления иммунной системой. Однако же этот неизвестный механизм может способствовать повторным инфекциям, несмотря на выработавшийся первичный иммунитет.
7. Другая проблема с иммунитетом - это гипер-реагирование. Масса тяжелых случаев при вирусных пневмониях связаны с так называемым синдромом цитокинового шторма (Cytokine storm syndrome), Именно от этого умерло большинство жертв гриппа-испанки в 17-19 годах прошлого века. Когда иммунная система реагирует настолько сильно, что ее хозяин умирает от отека легких и отказа органов. В наше время этот синдром умеют лечить, именно поэтому от гриппа умирают мало. Есть и быстрый и дешевый тест на ферритин в сыворотке крови: его повышение показывает развитие синдрома (массово использовали в Китае). Есть сведения, что некоторые люди генетически предрасположены к подобной реакции иммунитета (типа генетической предрасположенности к раку, астме и т.п., повышенная вероятность развития). К сожалению, все это плохо изучено по отношению к данному синдрому, так как раньше не было массовых проблем (не считая испанки, но это было давно). КОВИД в тяжелых случаях вызывает этот синдром, а возможность лечения зависит от того, в каком состоянии находится медицина, и насколько она справляется с количеством больных. Недаром в Германии смертность меньше 1%. Не будем указывать пальцами, но боюсь, что в других странах все намного хуже.
8. Лечение синдрома цитокинового шторма - это кортикостероиды, которые были еще не открыты во времена испанки. Они дешевы и доступны. Проблема в том, что они давят весь иммунитет. Применять их превентивно нельзя, таким образом можно уничтожить собственные шансы на выживание за счет того, что иммунитет сам справится. Их применяют только когда синдром уже пошел, и только в госпитале. Ну и другая проблема, с которой столкнулся мой папа в России - это импортозамещение. Российская версия преднизолона у него вызвала тяжелую побочку, а зарубежная - нет. Тут у меня нет цензурных слов для выражения эмоций.
9. "Иммуномодуляторы" и усилители иммунитета, включая аскорбинку, это фуфломицины, я не буду выражать дальше свою точку зрения. Памятуя про эффект плацебо: кто хочет пусть пьет.
10. Что делаем лично мы - утром встаем с мыслью: "что-то в горле сухо, может КОВИД подкрался незаметно?" Попьешь водички, вроде проходит. Работаем из дома, общаемся только с семьей, в магазины стали ходить раза в два реже. Держим в машине санитайзер для рук, моем руки по приходе домой, протираем алкоголем очки и мобильники. Гуляем на свежем воздухе, Ланчику надо побегать, а нам походить. Ездим на дачу и катаемся на лыжах. Зависает наша поездка на Гавайи в конце апреля. Так как уже за все уплачено и возврату не подлежит, не дергаемся, все равно ничего не сделаешь. Ну авиабилеты может удастся поменять со штрафом. А если ситуация не станет сильно хуже, то может еще и поедем. Главное - детишкам эта инфекция осложнениями не грозит. Стараемся принципиально не смотреть свои пенсионные планы. К счастью они у нас довольно консервативно вложены. К сожалению, посыпалось все. К счастью, моя работа держится хорошо, у наших много денег в банке, нам даже давеча бонус выплатили. К сожалению, рецессия вполне возможна и вероятна. К счастью, может наконец начнут нормально финансировать биотех, не заради прибыли, а заради выживания, ибо многие инвесторы не молоды. К сожалению, инвесторы не слишком умны, и будут как всегда финансировать не то. Ну и конечно интересно, как КОВИД повлияет на президентские выборы. Но этот пост не о политике.
Но заодно оказалось время почитать про коронавирус, ситуация меняется быстро, а с ней и политика. Сразу скажу, что наилучшая на мой взгляд подборка сведений есть вот тут: https://medium.com/@tomaspueyo/coronavirus-act-today-or-people-will-die-f4d3d9cd99ca.
Вроде как это все было переведено на русский. Но английский оригинал еще и постоянно обновляется, так что лучше читать его. Он конечно весьма специален, но в конце каждого сложного куска есть краткие выводы. Кстати, если хочется еще более специальной литературы, то вот профессиональный архив-подборка: https://cmmid.github.io/topics/covid19/
А теперь, как бывший вирусолог, и нынешний разработчик тестов, попробую рассказать о том, что мне самой кажется важным:
1. Главный способ передачи это контакт с мокротой и слюной, попавшей на поверхность, и оттуда руками перенесенной в рот. Пишут, что сохраняется живой вирус 7-9 дней (это очень долго по сравнению с прочими). Маски спасают рот от касания рук, их сейчас не купить, да и не надо. Лучше постоянно мыть и протирать руки, и делать сознательное усилие не лезть ими в рот. Добавка насчет протирки поверхностей и продуктов: до сих пор я этим не занималась. Предпочитала протирать руки после работы дома с магазинными продуктами. Плюс выбрасывание оберток, термическая обработка, или мытье (если свежее). Видимо пора вводить дома протирку кухни чем-нибудь обеззараживающим, типа хлорокса, или 80% спирта. Вирус устойчив только при нормальной температуре, любая термообработка, даже минимальная, это его конец.
2. Ранняя стадия, когда можно было остановить развитие эпидемии за счет изоляции заболевших и прекращения поездок, уже прошла, теперь вирус гуляет в обществе, и сами по себе эти меры не помогут. Они могут помочь не заболеть конкретным людям, если те никуда не поедут.
3. К сожалению, в 20-25% случаев люди делаются источниками заражения до появления симптомов. Правда на этом этапе тесты уже могут выявить вирус. Ведь передать заразу можно только, если она есть в мокроте и слюне, а значит ее можно и детектировать. Поэтому я очень надеюсь на массовое тестирование в бессимптомных популяциях. И вообще дешевые и массовые тесты. Ирония в том, что сложный тест для лабораторий сделать очень легко (недаром его сделали все, кому не лень, у каждой лабы свой тест, и большинство работает), а вот простой тест для домашнего использования сделать очень трудно. И мы даже знаем как. Но нужно желание инвесторов в это инвестировать, но они ждут, что эпидемия пройдет.
4. Необходимость социального дистанцирования: 2 м это примерно безопасное расстояние при кашле и чихе. Не надо пожимать руки, обниматься и целоваться. Можно спокойно общаться на расстоянии, лучше избегать скученности в любых помещениях. Например, общественного транспорта (при гриппе тоже хорошо помогает). Ну и совершенно не стоит болтаться по мероприятиам и музеям. У нас их все отменили, включая самое святое для Америки - спортивные игры и матчи. Народ плачет.
4. Опасность для пожилых и людей с ослабленым иммунитетом и здоровьем: судя по вспышке в доме престарелых в Кёркланде около Сиэтла, по китайским данным и по круизникам эта опасность очень велика (8-20% после 70 лет). Любыми средствами надо этих людей изолировать и заставлять держать дистанцию. Гулять можно сколько угодно, главное минимизировать контакты с людьми.
5. Выработка иммунитета: начну с того, что все, кто выздоравливает, очищают свой организм от вируса с помощью выработавшегося иммунитета. А те, кто умирает, их иммунитет не справляется. Так что переболевшие имеют к вирусу иммунитет. Так называемые повторные заражения - это скорее всего плохое тестирование. Любой тест выдает некоторое количество фальшивых позитивов и негативов. Роль играет еще и отбор образцов: у одного и того же человека два небольших образца слюны могут дать разную картину при тестировании. Другая возможная причина "повторных заражений" - это сохранение вируса в некоем неизвестном нам резервуаре в теле пациента, который мы тестом не проверяем. Так например вирус СПИД может прятаться в лимфатических узлах около кишечника, где его раньше никто не искал.
6. Альтернативный механизм - это быстрое мутирование вируса. Коронавирус имеет генетический материал в виде РНК, который размножается с помощью вирусного же фермента РНК-зависимой РНК полимеразы. Этот класс ферментов знаменит тем, что постоянно лепит ошибки, тем способствуя быстрому появлению новых мутаций. Но тут нам повезло: конкретно у КОВИД РНК полимераза умеет редактировать ошибки. Поэтому по нынешним данным, геном КОВИД из 30 тысяч нуклеотидов за месяц аккумулирует всего 1-2 мутации, что совсем немного. Правда, новые китайские данные выдвигают предположение, что уже произошла некая мутация, которая усилила распространение вируса в людях (так называемый генотип L). Но их пока смешали с дерьмом за поспешность выводов, в целом многоученое сообщество особого эффекта у мутантных вирусов пока не наблюдает. Итого - вирус будет распознан и убит, если уже есть иммунитет.
7. Иммунитет - наше спасение, и наша же проблема. Иммунология - самая сложная отрасль в биологии, и ее досконально не знает никто, ибо иммунологи обычно копают в своем углу. Эта преамбула связана с тем, что я лично не иммунолог, поэтому отнеситесь к моей писанине критически. Теперь амбула: выработка иммунитета идет по-стадийно. И то, что люди обычно называют иммунитетом, а именно - выработка антител, это обычно не первая, но ранняя стадия, которая потом продолжается в сторону оптимизации и эволюции. Клетки, производящие антитела, которые успешно связываются с вирусом, проходят через процесс быстрого мутирования своего гена-матрицы антитела, и чем лучше новая версия антитела связывает вирус, тем сильнее размножается клон таких клеток. Однако для долговременного и сильного иммунитета необходимы все последующие стадии, а не только антитела и начальный ответ. У вирусов есть масса механизмов, с помощью которых они подавляют разные аспекты иммунного ответа. Геном КОВИД большой, там масса всего может быть закодировано. Коронавирусы не сильно изучены, на исследования надо много времени и денег. Для справки: все знают кишечную палочку, любимый объект биологов. И при всей ее изученности, для примерно 20% генов неизвестны их функции. Коронавирусы привлекли к себе интерес недавно, САРС в 2003, до того ими почти не занимались. Мы не знаем, как именно они могут избегать подавления иммунной системой. Однако же этот неизвестный механизм может способствовать повторным инфекциям, несмотря на выработавшийся первичный иммунитет.
7. Другая проблема с иммунитетом - это гипер-реагирование. Масса тяжелых случаев при вирусных пневмониях связаны с так называемым синдромом цитокинового шторма (Cytokine storm syndrome), Именно от этого умерло большинство жертв гриппа-испанки в 17-19 годах прошлого века. Когда иммунная система реагирует настолько сильно, что ее хозяин умирает от отека легких и отказа органов. В наше время этот синдром умеют лечить, именно поэтому от гриппа умирают мало. Есть и быстрый и дешевый тест на ферритин в сыворотке крови: его повышение показывает развитие синдрома (массово использовали в Китае). Есть сведения, что некоторые люди генетически предрасположены к подобной реакции иммунитета (типа генетической предрасположенности к раку, астме и т.п., повышенная вероятность развития). К сожалению, все это плохо изучено по отношению к данному синдрому, так как раньше не было массовых проблем (не считая испанки, но это было давно). КОВИД в тяжелых случаях вызывает этот синдром, а возможность лечения зависит от того, в каком состоянии находится медицина, и насколько она справляется с количеством больных. Недаром в Германии смертность меньше 1%. Не будем указывать пальцами, но боюсь, что в других странах все намного хуже.
8. Лечение синдрома цитокинового шторма - это кортикостероиды, которые были еще не открыты во времена испанки. Они дешевы и доступны. Проблема в том, что они давят весь иммунитет. Применять их превентивно нельзя, таким образом можно уничтожить собственные шансы на выживание за счет того, что иммунитет сам справится. Их применяют только когда синдром уже пошел, и только в госпитале. Ну и другая проблема, с которой столкнулся мой папа в России - это импортозамещение. Российская версия преднизолона у него вызвала тяжелую побочку, а зарубежная - нет. Тут у меня нет цензурных слов для выражения эмоций.
9. "Иммуномодуляторы" и усилители иммунитета, включая аскорбинку, это фуфломицины, я не буду выражать дальше свою точку зрения. Памятуя про эффект плацебо: кто хочет пусть пьет.
10. Что делаем лично мы - утром встаем с мыслью: "что-то в горле сухо, может КОВИД подкрался незаметно?" Попьешь водички, вроде проходит. Работаем из дома, общаемся только с семьей, в магазины стали ходить раза в два реже. Держим в машине санитайзер для рук, моем руки по приходе домой, протираем алкоголем очки и мобильники. Гуляем на свежем воздухе, Ланчику надо побегать, а нам походить. Ездим на дачу и катаемся на лыжах. Зависает наша поездка на Гавайи в конце апреля. Так как уже за все уплачено и возврату не подлежит, не дергаемся, все равно ничего не сделаешь. Ну авиабилеты может удастся поменять со штрафом. А если ситуация не станет сильно хуже, то может еще и поедем. Главное - детишкам эта инфекция осложнениями не грозит. Стараемся принципиально не смотреть свои пенсионные планы. К счастью они у нас довольно консервативно вложены. К сожалению, посыпалось все. К счастью, моя работа держится хорошо, у наших много денег в банке, нам даже давеча бонус выплатили. К сожалению, рецессия вполне возможна и вероятна. К счастью, может наконец начнут нормально финансировать биотех, не заради прибыли, а заради выживания, ибо многие инвесторы не молоды. К сожалению, инвесторы не слишком умны, и будут как всегда финансировать не то. Ну и конечно интересно, как КОВИД повлияет на президентские выборы. Но этот пост не о политике.