Жанна была единственной дочерью и наследницей Маргариты Ангулемской и Генриха II д'Альбре.
В детстве жила в долине Луары, отдельно от родителей. Получила прекрасное образование, под влиянием матери была убежденной протестанткой. Отмечают, что уже в детстве Жанна была упряма, своевольна и высокомерна.
В тринадцать лет ее выдали замуж за герцога Вильгельма Клевского, но четыре года спустя этот политический брак был расторгнут. Вторично она вышла замуж за Антуана Бурбона, герцога Вандомского, первого принца крови и родила в 1553 г. cына Генриха (будущего короля Генриха IV) и в 1559 г. дочь Екатерину. В 1555 г. Жанна и Антуан Бурбон унаследовали от Генриха д'Альбре суверенные королевство Наварра, герцогство Беарн и несколько владений в Гиени.
Антуан де Бурбон
По приглашению Антуана Бурбона из Женевы приехал пастор, который возглавил протестантскую церковную иерархию. На праздник Рождества 1560 г. Жанна д'Альбре и ее муж официально отреклись от католической веры, провозгласив себя приверженцами кальвинизма. Однако Антуан Бурбон, претендовавший как принц крови на регентство при малолетних королях Франциске II и Карле IX, вскоре после назначения генеральным наместником Французского королевства вернулся в католицизм. В августе 1561 королева Наваррская вместе с детьми, которых она воспитывала теперь в протестантском духе, прибыла в Париж к «порочному», по ее мнению, королевскому двору. Однако после смерти раненного при осаде Руана мужа (17 ноябября 1562) она вернулась в Наварру и открыто способствовала укоренению кальвинизма в своих владениях.
С 1563 Жанна д'Альбре издала ряд законов, реорганизовавших протестантскую церковь в Наварре и Беарне. Запрещалось католическое богослужение, подданные были обязаны либо принять кальвинизм, либо покинуть ее владения. Имущество католической церкви было конфисковано. Протестантам передавались все католические церкви, монастыри закрывались, иконы, распятия, богослужебная утварь и почитавшиеся реликвии уничтожались. Так, в Вандоме гугеноты разграбили усыпальницу Бурбонов, предков мужа Жанны и сожгли покоившиеся там останки.
В 1568 Жанна д'Альбре возглавила гугенотскую оппозицию, а также издала специальный манифест (Ample Déclaration), изобиловавший разного рода сплетнями и выдумками, направленными против «папистов» и их сторонников - Гизов, а также против французского королевского двора.
После подписания 8 августа 1570 г. в Сен-Жермен-ан-Ле эдикта примирения начались переговоры о браке сына Жанны д'Альбре Генриха Бурбона и сестры короля Маргариты Валуа (этот брак должен был скрепить достигнутые мирные соглашения). В ходе переговоров королева Наварры собиралась потребовать от французского короля в качестве приданого новые территории и перехода невесты в кальвинизм. В феврале 1572 г. Жанна вместе с дочерью прибыла к королевскому двору в Блуа. Переговоры продолжались 2 месяца и завершлились подписание брачного контракта.
Жанна отправилась в Париж совершить необходимые для свадьбы сына покупки, но заболела плевритом и через несколько дней скончалась. Ходили слухи, что ее отравила Екатерина Медичи, но вскрытие это не подтвердило.
Генрих Бурбон, получивший после смерти матери титул короля Наварры, не стал вносить никаких изменений в достигнутые ею договоренности с королем Карлом IX.
С 1620 бывшие владения Жанны д'Альбре окончательно вошли в состав Франции.