Еще немного о белках-онкомаркерах
Продолжаем разговор про Атлас Белков Человека. Кстати, я начала рассмотрение баз по онкомаркерам с этого ресурса, который не является специализированной базой именно по раку, потому что из 82 классов генов, выделенных на этом ресурсе, есть отдельный класс Потенциальные Маркеры Рака. Удобно искать.
Итак, рассмотрим теперь информацию, которую мы получаем, если нажимаем на ссылку с номером антитела в строке, посвященной рассматриваемому гену. В прошлый раз я выбрала A2M - альфа-2-макроглобулин. Ему соответствуют 2 антитела. выбираю первое из списка - ENSG00000175899. Получаем информацию об экспрессии нашего гена.
Эта страничка предоставляет аннтотации, то есть попросту объяснения, иммуногистохимического анализа для всех тканей и клеток для выбранного антитела.
Иммуногистохимия - метод анализа морфологии ткани. Берут антитело, которое связывается только с определенным антигеном - интересующим нас белком в данном случае - красят его, наносят на срез ткани. А потом рассматривают в микроскоп - если светиться в каком-то месте, то антитело образовало тут связь с белком, то есть в данном месте в ткани экспрессируется наш белок, что и требовалось доказать.
Разделы:
1. Данные о гене. Кратенько самая основная информация о гене.
2. Нормальные ткани. Аннотации сделаны в виде разноцветных кружочков и даны списком рядом с соответствующей тканью и типом клеток.
Здесь результаты иммуногистохимии для каждого типа нормальной ткани от трех различных пациентов, поэтому кружочки разбиты на 3 сектора. Цвет соответствует степени экспресии.
Причем если нажать на кружочек, то мы увидим собственно сами снимки, сделанные с помощью микроскопа. Например, вот так окрашиваются альвеолярные клетки в легких.
3. Обобщенное описание. Здесь подводится итог о паттерне окраски антитела. На картинке фото среза печени. В цитоплазме гепатоцитов довольно умеренное количество нашего белка альфа-2-макроглобулина.
4. Раковые ткани. Тут так же приведены данные об экспресии и фотографии, как и для нормальных тканей. Большинство типов рака представлено срезами ткани от 12 пациаентов, а три типа рака - от четырех пациентов.
Ну и сами фотографии на примере рака легкого.
5. Клеточные линии. Данные об экспрессии в культурах клеток.
Если щелкнуть мышкой по кружочку, то получим следующую картину.
6. Клетки. Здесь аналогичные предыдущему разделу данные, только о первичных клетках.
7. Диаграмма экспрессии в клетках. В этом разделе показана нормализованная экспрессия белка по отношению к размеру разных клеток и клеточных линий.
8. Клеточные линии - иммунофлуоресценция. Клетки из образца после окрашивания смотрят на флуоресцентном микроскопе и получают картинку, которая говорит нам в какой части клетки больше всего белка, то есть мы получаем пространственное распределение экспрессии.
Таким образом, с помощью этого ресурса можно получить довольно много информации о любом из 1052 предложенных онкомаркеров. Думаю, что все это может быть довольно полезно в следующей ситуации. Допустим, у пациента диагностирован рак. Мы смотрим по типу рака в базе какие белки могут экспрессироваться, делаем биопсию, проверяем, есть ли в ткани белки из нашего списка, а потом смотрим уже в какой-нибудь другой базе, ищем, какое вещество может ингибировать работу данного гена. Я не знаю точно, есть ли такие базы по взаимодействию белков с малыми молекулами в открытом доступе. Этот вопрос нужно изучить. Но всегда есть Пабмед, в котором тоже можно посмотреть результаты исследований.
Итак, рассмотрим теперь информацию, которую мы получаем, если нажимаем на ссылку с номером антитела в строке, посвященной рассматриваемому гену. В прошлый раз я выбрала A2M - альфа-2-макроглобулин. Ему соответствуют 2 антитела. выбираю первое из списка - ENSG00000175899. Получаем информацию об экспрессии нашего гена.
Эта страничка предоставляет аннтотации, то есть попросту объяснения, иммуногистохимического анализа для всех тканей и клеток для выбранного антитела.
Иммуногистохимия - метод анализа морфологии ткани. Берут антитело, которое связывается только с определенным антигеном - интересующим нас белком в данном случае - красят его, наносят на срез ткани. А потом рассматривают в микроскоп - если светиться в каком-то месте, то антитело образовало тут связь с белком, то есть в данном месте в ткани экспрессируется наш белок, что и требовалось доказать.
Разделы:
1. Данные о гене. Кратенько самая основная информация о гене.
2. Нормальные ткани. Аннотации сделаны в виде разноцветных кружочков и даны списком рядом с соответствующей тканью и типом клеток.
Здесь результаты иммуногистохимии для каждого типа нормальной ткани от трех различных пациентов, поэтому кружочки разбиты на 3 сектора. Цвет соответствует степени экспресии.
Причем если нажать на кружочек, то мы увидим собственно сами снимки, сделанные с помощью микроскопа. Например, вот так окрашиваются альвеолярные клетки в легких.
3. Обобщенное описание. Здесь подводится итог о паттерне окраски антитела. На картинке фото среза печени. В цитоплазме гепатоцитов довольно умеренное количество нашего белка альфа-2-макроглобулина.
4. Раковые ткани. Тут так же приведены данные об экспресии и фотографии, как и для нормальных тканей. Большинство типов рака представлено срезами ткани от 12 пациаентов, а три типа рака - от четырех пациентов.
Ну и сами фотографии на примере рака легкого.
5. Клеточные линии. Данные об экспрессии в культурах клеток.
Если щелкнуть мышкой по кружочку, то получим следующую картину.
6. Клетки. Здесь аналогичные предыдущему разделу данные, только о первичных клетках.
7. Диаграмма экспрессии в клетках. В этом разделе показана нормализованная экспрессия белка по отношению к размеру разных клеток и клеточных линий.
8. Клеточные линии - иммунофлуоресценция. Клетки из образца после окрашивания смотрят на флуоресцентном микроскопе и получают картинку, которая говорит нам в какой части клетки больше всего белка, то есть мы получаем пространственное распределение экспрессии.
Таким образом, с помощью этого ресурса можно получить довольно много информации о любом из 1052 предложенных онкомаркеров. Думаю, что все это может быть довольно полезно в следующей ситуации. Допустим, у пациента диагностирован рак. Мы смотрим по типу рака в базе какие белки могут экспрессироваться, делаем биопсию, проверяем, есть ли в ткани белки из нашего списка, а потом смотрим уже в какой-нибудь другой базе, ищем, какое вещество может ингибировать работу данного гена. Я не знаю точно, есть ли такие базы по взаимодействию белков с малыми молекулами в открытом доступе. Этот вопрос нужно изучить. Но всегда есть Пабмед, в котором тоже можно посмотреть результаты исследований.