Симпозиум Scripps по биологии старения. День биоинформатики
После двух первых дней начался день биоинформатики. Николас Шорк - директор по биологии в институте Крейга Вентера предложил новые подходы к обработке геномных данных.
Выяснилось, что при поиске ассоциаций полиморфизмов с разными болезнями важны в первую очередь не геномные данные, а транскриптомные. Вот так.
Ведь геном всю жизнь один и тот же - и в молодости, и в старости, а транскриптом всё время меняется и определяет текущее состояние организма.
Кроме того, не все полиморфизмы в принципе способны проявляются на уровне транскриптома, и выявить их - тоже важная задача.
Но геномных данных много, а транскриптомных - почти нет.
Решение этой ситуации кажется немного парадоксальным. Николас построил модель состояния транскриптома для различных возрастов в зависимости от генома на основе имеющихся данных, а потом стал анализировать все ассоциации, исходя из этой модели, то есть анализировал предполагаемые транскриптомы, а не реальные геномы.
Парадоксально, но качество результатов подскочило в разы. По смоделированным транскриптомам он смог в дальнейшем удачно предсказывать клинические картины. Своего рода: модель на модели и моделью погоняет.
Другой математик, Алан Шульдинер, возглавляет фарм-компанию «Регенерон», которая занимается тем, что строит модели для большой фармы.
Алан удивителен тем, что сумел со всеми подружиться и обзавестись невероятно большим количеством экзомов, он получает более 2000 новых экзомов в неделю.
Проанализировав первые 50 тысяч экзомов, он определил, что любой евроамериканец в среднем гетерозиготен по 21 loss of function генам, и гомозиготен по одному.
Поразительно то, что они сумели на каждого из этих 50 тысяч людей одеть фитнес-трекеры и следить за их посещением врачей. И теперь потихоньку ждут, какими заболеваниями эти добровольцы заболеют, чтобы получить лучшую в мире предсказательную мощь. Уже сейчас говорят, что некоторые аллели гена APOE очень сильно влияют на долголетие.
Юшин Су, наоборот, закопалась в некодирующие последовательности и предложила новый механизм действия рапамицина. По видимости, он не только подавляет активность mTOR, но и ремоделирует хроматин, омолаживая его и не давая клеткам перейти в сенесцентное состояние.
Вторая важная мысль, прозвучавшая сразу в нескольких докладах: «Многие геропротекторные воздействия так или иначе стабилизируют геном. В основном это происходит за счет активации репарации». В частности, геном стабилизируется при ограничении калорийности питания - об этом говорил Ян Хоймакерс.
А Дэвид Синклер даже запустил по этому поводу 1-ю и 2-ю стадии клинических испытаний своей новой таблетки, содержащий Никатинамид Мононуклиотид (NMN).
Данное вещество является предшественником NAD+, о полезности которого у Синклера подготовлены уже десятки статей. Уже известно, что NAD+ увеличивает продолжительность жизни: он снижает уровень воспаления, увеличивает чувствительность к инсулину, защищает печень и отодвигает наступление болезни Альцгеймера. Хотя про NAD+ стали ходить плохие слухи, что он немного способствует раку, Девид ничего такого не слышал. Надо всё это проверить.
Но в добавление к этому оказалось, что одной из физиологических функций данной молекулы является усиление способность клетки к репарации повреждений ДНК, что защищает геном, в том числе и от радиации.
Эти два заявления чрезвычайно важны. Фактически речь идет о существовании физиологических методов, которые приводят к стабилизации генома.
Ученые говорят, что организм можно ввести в состояние, в котором он начинает эффективнее репарировать повреждения ДНК, или вообще не допускать их возникновения.
Часто именно неизбежность постепенного повреждения генома служила одним из оснований утверждения о невозможности лечения старения - сейчас фокус сместился на конкретные механизмы, с помощью которых геном можно стабилизировать и эффективно ремонтировать. Хотя стоит отметить, что механизм репрограммирования стволовых клеток, особенно в сочетании с генной терапией, также демонстрирует возможность избегать проблем с накоплением мутаций.
Ну и фоточка, как мы все такие сидим и ждем, когда нас жрать поведут. Вообще русских много - 15,5 человек.
Сейчас здесь ночь мы в лобби баре пишем отчет и убеждаем постояльцев отеля, что долго будет жить не скучно.
А тетка на баре, когда узнала, что вот тут люди борьбой со старением занимаются сказала: «Да ерунда какая!» Потом правда не отходила от меня с вопросом: «А что надо делать прямо сейчас?» Я ей сказал, что нужны общественные изменения, но натолкнулся на стену непонимания.
Выяснилось, что при поиске ассоциаций полиморфизмов с разными болезнями важны в первую очередь не геномные данные, а транскриптомные. Вот так.
Ведь геном всю жизнь один и тот же - и в молодости, и в старости, а транскриптом всё время меняется и определяет текущее состояние организма.
Кроме того, не все полиморфизмы в принципе способны проявляются на уровне транскриптома, и выявить их - тоже важная задача.
Но геномных данных много, а транскриптомных - почти нет.
Решение этой ситуации кажется немного парадоксальным. Николас построил модель состояния транскриптома для различных возрастов в зависимости от генома на основе имеющихся данных, а потом стал анализировать все ассоциации, исходя из этой модели, то есть анализировал предполагаемые транскриптомы, а не реальные геномы.
Парадоксально, но качество результатов подскочило в разы. По смоделированным транскриптомам он смог в дальнейшем удачно предсказывать клинические картины. Своего рода: модель на модели и моделью погоняет.
Другой математик, Алан Шульдинер, возглавляет фарм-компанию «Регенерон», которая занимается тем, что строит модели для большой фармы.
Алан удивителен тем, что сумел со всеми подружиться и обзавестись невероятно большим количеством экзомов, он получает более 2000 новых экзомов в неделю.
Проанализировав первые 50 тысяч экзомов, он определил, что любой евроамериканец в среднем гетерозиготен по 21 loss of function генам, и гомозиготен по одному.
Поразительно то, что они сумели на каждого из этих 50 тысяч людей одеть фитнес-трекеры и следить за их посещением врачей. И теперь потихоньку ждут, какими заболеваниями эти добровольцы заболеют, чтобы получить лучшую в мире предсказательную мощь. Уже сейчас говорят, что некоторые аллели гена APOE очень сильно влияют на долголетие.
Юшин Су, наоборот, закопалась в некодирующие последовательности и предложила новый механизм действия рапамицина. По видимости, он не только подавляет активность mTOR, но и ремоделирует хроматин, омолаживая его и не давая клеткам перейти в сенесцентное состояние.
Вторая важная мысль, прозвучавшая сразу в нескольких докладах: «Многие геропротекторные воздействия так или иначе стабилизируют геном. В основном это происходит за счет активации репарации». В частности, геном стабилизируется при ограничении калорийности питания - об этом говорил Ян Хоймакерс.
А Дэвид Синклер даже запустил по этому поводу 1-ю и 2-ю стадии клинических испытаний своей новой таблетки, содержащий Никатинамид Мононуклиотид (NMN).
Данное вещество является предшественником NAD+, о полезности которого у Синклера подготовлены уже десятки статей. Уже известно, что NAD+ увеличивает продолжительность жизни: он снижает уровень воспаления, увеличивает чувствительность к инсулину, защищает печень и отодвигает наступление болезни Альцгеймера. Хотя про NAD+ стали ходить плохие слухи, что он немного способствует раку, Девид ничего такого не слышал. Надо всё это проверить.
Но в добавление к этому оказалось, что одной из физиологических функций данной молекулы является усиление способность клетки к репарации повреждений ДНК, что защищает геном, в том числе и от радиации.
Эти два заявления чрезвычайно важны. Фактически речь идет о существовании физиологических методов, которые приводят к стабилизации генома.
Ученые говорят, что организм можно ввести в состояние, в котором он начинает эффективнее репарировать повреждения ДНК, или вообще не допускать их возникновения.
Часто именно неизбежность постепенного повреждения генома служила одним из оснований утверждения о невозможности лечения старения - сейчас фокус сместился на конкретные механизмы, с помощью которых геном можно стабилизировать и эффективно ремонтировать. Хотя стоит отметить, что механизм репрограммирования стволовых клеток, особенно в сочетании с генной терапией, также демонстрирует возможность избегать проблем с накоплением мутаций.
Ну и фоточка, как мы все такие сидим и ждем, когда нас жрать поведут. Вообще русских много - 15,5 человек.
Сейчас здесь ночь мы в лобби баре пишем отчет и убеждаем постояльцев отеля, что долго будет жить не скучно.
А тетка на баре, когда узнала, что вот тут люди борьбой со старением занимаются сказала: «Да ерунда какая!» Потом правда не отходила от меня с вопросом: «А что надо делать прямо сейчас?» Я ей сказал, что нужны общественные изменения, но натолкнулся на стену непонимания.