Село Черниговка (прежде - Чернеевка) было основано в 1630-е годы, упоминается в переписных книгах 1646 г. как владение князя И.А. Воротынского. В 1853 году жители Черниговки совместно с крестьянами соседних селений участвовали в антикрепостнических выступлениях. Эти выступления были жестоко подавлены царскими войсками. Название - по реке Черниговке. Известно, что в X-XII веках проходило переселение славян в Подонье из Черниговской земли, о чем свидетельсвуют сходные названия Сумской и Черниговской областей и Подонья. До 1924 года село территориально входило в состав Задонского уезда Воронежской губернии.
На рубеже XIX -XX веков в штате церкви числились: священник (Александр Данилов), диакон (Феодор Ефремов) и псаломщик (Василий Землянский). Дворов в приходе в это время насчитывалось 282, в них проживало 2074 человека.
В советское время храм был закрыт. В начале 1990-х годов после дождей рухнула крыша церкви. Сейчас храм понемногу восстанавливается.
Решением облисполкома Липецкой области № 874 от 02.11.1971 г. является объектом исторического и культурного наследия (код памятника: 4800000291).