Докопался до сути
Обнаружил багу в самописной утилите. Утилита конвертит файлы, причем большие и бинарные, что там где визуально не поймешь. На первом прогоне все норм, а потом получается не то, хотя вроде всё что можно очищаю и сбрасываю. Можно было бы конечно пересоздавать конвертор при каждом запуске и успокоиться, но решил докопаться. И что же, оказалось что я запускал утилиту с неправильной опцией, но в коде была ошибка из-за которой при первом запуске эта опция не включалась, а работала только в следующих запусках. А пересоздание конвертора не решило бы проблему, а только спрятало.