Все что раньше моделировали в qpAdm - некорректно :) поздравляю "генетиков-любителей"
Новость от группы исследователей по поводу "корректности" моделей qpAdm.
Помнится об этом Флегонтов ещё год назад упоминал на одном из собраний ИА.
False discovery rates of qpAdm-based screens for genetic admixture.
Eren Yüncü, Ulaş Işıldak, Matthew P Williams, Christian D Huber, Olga Flegontova, Leonid A Vyazov, Piya Changmai, Pavel Flegontov
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.04.25.538339v2
Ниже краткое сообщение от Флегонтова (перевод с английского):
"Я считаю, что распространение в археогенетической литературе высокопроизводительных протоколов на основе qpAdm (Нарасимхан и др., 2019, Лазаридис и др., 2022, Мароти и др., 2022 и многие другие исследования) стало опасно оторванным от массового тестирования: только обширное исследование, проверяющее этот метод на смоделированных генетических данных (Harney et al., 2021), показало, что он хорошо работает в демографическом сценарии..."
" .... протоколы высокопроизводительного скрининга примесей, основанные на qpAdm, IMO, просто неприменимы в последние 2-3-4 тысячи лет в большинстве регионов мира."
"... Ключевым элементом этого исследования является классификация моделей на истинные и ложные, основанная исключительно на топологии смоделированных графических историй и смоделированных пропорциях примесей. Ложные модели - это не просто неоптимальные модели, а модели, которые могут ввести в заблуждение, если их интерпретировать с исторической точки зрения. И настоящие модели - это не те модели, которые правильно восстанавливают все аспекты демографической истории, а те, которые просто не рассказывают неправильные истории."