кластер - это такое приватное местечко на супер-пупер, с большой вычислительной мощностью компьютере, в котором через опрационную систему Линукс и через установленные программки можно с помощью команд, типа: java -jar trimmomatic-0.30.jar PE -phred33 input_forward.fq.gz input_reverse.fq.gz output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36 решать разные задачки, в частности, биоинформатические
к примеру, в данной команде от полученных расшифрованных нуклеотидных последовательностей какого-либо генома (точнее, его частей ! так как "читается" геном по частям, а не весь целиком сразу!! а потом эти части кропотливо собираются)) отрезаются участки - участки, которые по разным причинам могут быть плохи - к примеру, недостоверны: то есть машина, просканировав нуклеотид, говорит "ну, тут типа "Т", но вообще я не уверена и не знаю, чего там на самом деле" - и так несколько раз подряд "неуверена" - и вот мы такой участок срезаем, так как лучше иметь короткую часть генома, но хорошую, чем длинную, но непонятно какую)
я сама делаю первые шаги в биоинформатике такого уровня поэтому и соответствующая картинка)
java -jar trimmomatic-0.30.jar PE -phred33 input_forward.fq.gz input_reverse.fq.gz output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36
решать разные задачки, в частности, биоинформатические
к примеру, в данной команде от полученных расшифрованных нуклеотидных последовательностей какого-либо генома (точнее, его частей ! так как "читается" геном по частям, а не весь целиком сразу!! а потом эти части кропотливо собираются)) отрезаются участки - участки, которые по разным причинам могут быть плохи - к примеру, недостоверны: то есть машина, просканировав нуклеотид, говорит "ну, тут типа "Т", но вообще я не уверена и не знаю, чего там на самом деле" - и так несколько раз подряд "неуверена" - и вот мы такой участок срезаем, так как лучше иметь короткую часть генома, но хорошую, чем длинную, но непонятно какую)
я сама делаю первые шаги в биоинформатике такого уровня
поэтому и соответствующая картинка)
Reply
(The comment has been removed)
http://imgc.allpostersimages.com/images/P-473-488-90/72/7295/DZ3O100Z/posters/pasieka-nucleotide-base-matrix.jpg
Reply
Leave a comment