Город основан во 2-й половине 1 тысячелетия до н. э. По преданию город основал легендарный Мцхетос. «После смерти царя Картлоса его жена разделила земли между сыновьями. Среди них старший Мцхетос - поселился в месте стока рек Арагви и Кура (Мтквари), построил город и назвал его своим именем».
Здесь располагаются остатки укреплённых резиденций (Армазская крепость (Армазцихе)), городских кварталов, могильники, а также комплекс монастыря Самтавро (главный храм XI века) и кафедральный собор Светицховели. Близ Мцхеты находится древнейший в стране монастырский храм Джвари (VI век).