Иван Арсеньевич Емельянов родился в 1876 г. в селе Рыково Переславль-Залесского уезда Владимирской губернии в семье крестьянина, окончил сельскую школу, переехал в Москву. Здесь он поселился на Донской улице, стал прихожанином храма Ризоположения. Вместе с Иваном Арсеньевичем жили брат и сестра, их жизнь напоминала жизнь монашеской общины, особенно после начала гонений на Церковь. Семья поддерживала отношения с духовенством и монахами, среди них был и преподобномученик Алексий (Гаврин), почитавшийся москвичами. О посетителях святого Алексия стало известно спецслужбам. В октябре 1937 г. он был арестован, а 2 ноября убийцы пришли и за мучеником Иоанном.
На вопрос следователя, действительно ли о. Алексий (Гаврин) вел с посетителями антисоветские разговоры, Иван Арсеньевич ответил отрицательно и сказал, что к отцу Алексию приходили за советом и медицинской помощью.
- Ваше отношение к советской власти? - спросил следователь.
- Отношение мое к советской власти лояльное.
- По вашим словам, вы лояльно настроены к советской власти. В то же время вы распространяете контрреволюционные провокационные слухи о якобы имеющемся гонении на религию. Как вы расцениваете ваши действия?
- Контрреволюционных слухов я не распространял. В соответствии со своими убеждениями верю, что установление властей от человека не зависит. А поэтому мое отношение к советской власти безразличное. Для меня безразлично, какая власть будет. Была власть царя - я подчинялся ей и считал, что она установлена Богом, сейчас советская власть - я ей подчиняюсь, а если завтра будет еще какая-нибудь другая власть - и ей должен подчиниться. Человек не может укрепить существующую власть, она будет существовать столько, сколько ей положено.
- Среди окружающих вы заявляли, что советская власть - есть власть антихриста. Вы это подтверждаете?
- Не отрицаю. Действительно, я считаю, что советская власть есть власть антихриста и послана народу в наказание.
21 ноября следствие было закончено. Иван Арсеньевич был обвинен в том, что «является активным участником контрреволюционной церковно-монархической группировки». 23 ноября тройка НКВД приговорила его к расстрелу.
10 декабря 1937 г. святой мученик Иоанн был расстрелян и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово под Москвой. В 2002 г. мученик Иоанн был причислен к лику святых.