Система озер состоит из трех не связанных друг с другом водоемов, которые образовались из бывшего русла реки Казанки благодаря карстовому провалу. Вода в озерах не замерзает зимой, отличается абсолютной прозрачностью и эффектом линзы.
Озера полностью питаются подземными водами и стекают по притокам в Казанку. Летом вода охлаждает, а зимой согревает Казанку, что препятствует льдообразованию ниже по течению.
В минерализованной воде озёр высоко содержание калийно-кальциевых сульфитно-сульфатных солей, на их дне большими участками располагаются иловые солевые грязи голубого цвета, что и дало название озёрам. Цвет воды меняется от времени года и погоды от лазурного до чёрного. В сильные морозы вода озёр сильно парит низким туманом.
Вода и грязи используются в близлежащем санатории и населением в качестве целебных от псориаза и других кожных заболеваний. Первым краткое описание Голубых озёр дал в 1829 году казанский учёный, ректор КГУ и краевед Карл Фукс.
На одном из озер по выходным тренируются водолазы, а на новый год подводники устанавливают елку на дне озера. Температура воды в озере мало меняется от времени года и колеблется от 5-7 градусов Цельсия летом до 3-4 зимой.