Аргументация на научную тему

[jescid]

Образчик.
Персонаж когда-то был забанен за подобный стиль, теперь пролез по OpenID. И что этих опустившихся людей заставляет так себя вести?…

По приведённым им ссылочкам тоже кучеряво…
Особенно вот здесь. Мадам таки расписалась в том, что толкает идеологию, а не науку

Comments

[jescid]

Да вы не переживайте так.
По ссылке выше ваших коллег (ну, раз у вас такие коллеги, что же поделать) уже и вовсе «лысенкоисты в мировом масштабе» и «мичуринская православная агробиология 2.0» атакуют :)

(терпеливо)

Конечно, до геномной аннотации было понятие того, что есть не кодирующие участки ДНК и некоторые употребляли термин non-coding genes - т.е. участки ДНК транскрибированные в РНК, которые могут наследоваться и иметь какую-то функцию: называть ли эти участки именно генами общей договорённости не было.

У вас написано, что «до сих пор в геномных аннотациях, которые я видела, под геном подразумевается исключительно кодирующуя часть» - так вот именно это и неверно.
Именно под геном в геномных аннотациях уже примерно вот столько времени, сколько указано - около 10 лет, подразумевается вовсе не только кодирующая часть.
Сама по себе типизация произошла немного раньше, со времени начала секвенирования первых геномов, но тогда ещё, судя по литературе, не было проведено полного анализа и не было общепринятого разделения генов на типы, как это есть сейчас, и под геном действительно ещё имели ввиду только кодирующую часть ДНК.

С интересом посмотрю на статьи с упоминанием «non-coding genes» раньше 90-х.
Пока нашла только одну от 1982 года.

[jescid]

(пожимая плечами)
Это вы написали, что
«до сих пор в геномных аннотациях, которые я видела, под геном подразумевается исключительно кодирующуя часть» - не я.

А «давным-давно» называли много чего много как и много кто, но вы почему-то стесняетесь уточнять год, опять же, про то, когда участки, транскрибирующие транспортные РНК, называть именно генами стало общепринято. Их точно открыли то позже 60-х. Более того, до сих пор не во всех аннотациях, тРНК однозначно ассоциированы с участками ДНК. Я вам могу привести последовательность тРНК из вполне серьёзной БД, которая вполне качественно мапится на ДНК в нескольких местах и, соответственно, они генами никак не являются.

Я биоинформатик.

[jescid]

> Кажется, вся статья написана о том, что это не так.
Вполне возможно, что сейчас вам уже что-то другое кажется :)
(терпеливо)
Вот цитата из вашей статьи
Вы не сильно удивитесь, если узнаете, что может случиться так, что там ген не «включится»? … Для животных клеток это ситуация отсутствия гена и отсутствие его продукта, следовательно, отсутствие признака

- в контексте вашей статьи и ответа оппоненту (ещё раз: «до сих пор в геномных аннотациях, которые я видела, под геном подразумевается исключительно кодирующуя часть» ) вы утверждаете буквально следующее: «нет экспрессии - нет трасляции (нет продукта) - ген отсутствует».
Вот контекст вашего оппонента - вы опять явно и лично, ссылаясь на геномные аннотации, увязываете ген с его продуктом.

Вы как-то странно ведёте дискуссию - сначала вы написали неверное утверждение про геномные аннотации, потом перепрыгнули на тРНК (причём не в геномных аннотациях, ибо речь шла строго о них, а вообще) - так я и не отрицаю то, что они транскрибируются с ДНК, хотя и не всегда однозначно (там и референс на статью есть, можете отмапить ч/з ensembl.org) - после эксперимента конкретную тРНК ещё надо обнаружить, секвенаторы выдают ошибки на выходе, алгоритмы могут допускать нечёткий маппинг, сами последовательности достаточно короткие… Да, именно, тРНК часто именно потому и является псевдогеном - но это не значит, что она перестала таковой быть (таскать РНК к рибосоме) :)

Т.е., тема тРНК вообще параллельна тому, что «до сих пор в геномных аннотациях, которые я видела, под геном подразумевается исключительно кодирующая часть», тРНК может быть транскрибироваться с участка, который вполне ген, а может быть и как псевдоген по факту маппинга, хотя в предыдущих статьях хоть какого мохнатого года те же тРНК ещё все скопом назывались как те, что производятся именно генами. Речь, ещё раз, про аннотации, где уже всё выверено анализом последовательностей.

Далее вы опять зачем-то пытаетесь с апломбом перепрыгнуть на другую тему и мои личные высказывания, не имеющие отношения к предмету обсуждения и которые как-то там интерпретируете.
Эти ваши манеры не характеризуют вас как представителя научного мира: даже если вы нобелевский лауреат, а ваш оппонент - слесарь низшего разряда, для доказательства своей правоты вовсе не надо применять приёмы «да ты сам дурак».

[jescid]

Мало ли чему вам хочется теперь меня учить… Я уже вижу, что вы вошли в роль.
> Ген называется геном только после экспериментального подтверждения его функции.
И мало ли какими практически религиозными мантрами вы удовлетворяете свои желания.
Если gene detection method вам не указ, то ради бога.

Вы только что прекрасно во всём расписались и опять попытались трясти авторитетом и опять таки лезете кого-то учить, обладая, однако, сомнительной эрудицией в профессии, и закрепив это своей статьёй, ссылка на которую приведена и по которой вы таки НЕ смогли оппонировать. А вместо этого опустились туда же, где и ваши указанные тут коллеги находятся.

> Вы разве что еще "земляным червем" меня не обозвали.
(задумчиво)
Есть такой анекдот с финалом «мама, он меня сучкой обозвал!»

Надеюсь, вы удовлетворены.
Я дам ссылку на ваше выступление, и вы можете так же дать ссылку на своё выступление у меня. Это же интересно: за одно народ углубит свои знания о генах, благодаря вам :)
Тема исчерпана и мне не хочется ругани в таком анекдотическом стиле.

[jescid]

> Все изменилось с открытием мира микроРНК. Есть РНК, которая не кодирует никаких белков, но является геном. Будет отдельный пост.

Оооооу! А слона то мы и не заметили!!! :)
Гены микроРНК были обнаружены в 1993. Вы точно помните о том, что вы тут писали сначала? :)