Про работу с данной связкой плат в сети написано
много разных мифов и их разоблачений. Все это происходит, по большей частью, из-за большого разнообразия конкретных реализаций этих двух плат.
Мне досталось вот что:
Видно, что на плате Arduino уже есть контакт DTR, к которому напрямую подключается DTR от USB-UART. Так же все работает, если подавать сигнал DTR на разъем RST платы Arduino через конденсатор 0.1 мкФ.
По сравнению с некоторыми отчетами в сети, на плате Arduino поменяны местами разъемы VCC и GND.