В Workstation появился пункт меню Compact
сравнение с существующим Shrink
http://communities.vmware.com/message/1435131#1435131 как вариант освобождения места.
1. (внутри машины) sdelete -c c:
2. (снаружи машины) vmware-vdiskmanager.exe -k Vmdisk.vmdk