Геропротекторы: самая полная база данных (часть 2)
Это продолжение. Начало часть 1.
Список существующих баз данных, посвященных старению, для сравнения с Geroprotectors.org
Источник
Структура информации
Организмы, ассоциированные с экспериментами
Количество геропротекторов в базе данных
Влияние их на продолжительность жизни
Информация о структуре соединения
Информация о токсичности соединения
Связь между соединением и биомаркерами старения
AgeFactDB by Jen Age [58]
таблицы
17
91
да
нет
нет
да
Human Ageing Genomic Resources [59]
множество баз данных; различные структуры
1 - 4000 и более в зависимости от базы данных
0 - база посвящена генам, а не соединениям
нет
нет
нет
нет
Lifespan Observation database by Sageweb
таблицы
17
91
да
нет
нет
нет
Geroprotectors
таблицы
17
256
да
да
да
да
Пример использования
Работающий с круглыми червями Caenorhabditis elegans исследователь хочет изучить известные геропротективные эффекты препарата ресвератрола и посещает Geroprotectors.org для получения информации, которая поможет ему в планировании эксперимента. На домашней странице он осуществляет поиск по слову Resveratrol. Результаты поиска содержат семь ссылок на эксперименты, проведенные на четырех модельных организмах и продемонстрировавшие геропротективные эффекты ресвератрола [60-66]. Эти ссылки представлены в формате простой таблицы, количество строк в которой соответствует количеству упомянутых исследований. Колонки содержат среднее значение, медиану и максимальное увеличение продолжительности жизни в процентах для каждого из исследований, а также референсные ссылки на PubMed.
Используя, например, медиану продолжительности жизни, исследователь может мгновенно увидеть, что существуют данные, свидетельствующие о способности ресвератрола увеличивать этот показатель на 10-10,7% для C.elegans [62,63,66], на 56% - для рыб нотобранхиус фурцери (Nothobranchius furzeri) и на 13% - для плодовых мух-дрозофил (Drosophila melanogaster) [64]. На этом этапе ученый может выбрать один из двух вариантов дальнейших действий:
- перейти непосредственно к литературе, в которой можно прочитать больше про любое из перечисленных семи исследований, путем нажатия на соответствующие ссылки PubMed в последней колонке таблицы или
- узнать больше про свойства ресвератрола и данные исследования в рамках geroprotectors.org.
Заинтересованный в быстром обширном анализе свойств ресвератрола и более детальной информации об увеличении продолжительности жизни C.elegans пользователь выбирает последний вариант и остается в базе данных Geroprotectors. Нажатие на ссылку «Resveratrol» в любом ряду таблицы выдает страницу с резюме по ресвератролу. Оно включает схематичное изображение химической структуры ресвератрола, а расположенные над этим изображением ярлыки позволяют выбрать один из трех вариантов резюме препарата: информацию о соединении, биоактивность/фармакология/механизмы или эксперименты по ПЖ (продолжительности жизни), англ. Compound Info, Bioactivity/Pharm/Pathways, or LS Experiments.
Так как раздел «информация о соединении» соответствует активному ярлыку (с изображением структуры ресвератрола), исследователь начинает с него. При прокрутке страницы вниз появляются официальное название и другие варианты названия соединения, ссылка на статью препарата в Wikipedia, а также ссылки на химические базы данных и базы данных лекарственных препаратов Chemspider, DrugBank, ChEMBL, ChEBI, PubChem). В самом низу страницы указан актуальный статус ресвератрола (экспериментальный, исследуемый), а также количество проводимых клинических исследований препарата (в данном случае - 95). Для получения немедленного доступа к ним исследователь может воспользоваться ссылкой на clinicaltrials.org.
Второй ярлык «Биоактивность/Фармакология/Механизмы» помогает исследователю углубить знания о биологической активности ресвератрола. Слева представлен список более чем 30 взаимодействий, в которые вступает ресвератрол, взятых из базы данных UniProt и снабженных соответствующими ссылками. Справа исследователь может увидеть, что ресвератрол способен оказывать на организм эффекты нескольких типов, в том числе противовоспалительные, противораковые, антиатерогенные, препятствующие ожирению, нейропротективные и кардиопротективные. Здесь представлены ссылки на исследования, результаты которых подтверждают каждый из перечисленных эффектов.
Ниже списка эффектов, оказываемых на организм, приведено короткое резюме антибактериального, антигрибкового и антивирусного действия препарата, представленное в формате да/нет. Из него исследователь узнает об отсутствии у ресвератрола всех этих свойств.
Прокручивание страницы вниз открывает список механизмов действия ресвератрола, обеспечивающих долголетие. Он включает воспроизведение эффектов низкокалорийной диеты и устойчивость к стрессу, а также механизмы подавления процессов старения, к которым в случае ресвератрола относятся антиоксидантные свойства. И наконец, утверждение внизу страницы сообщает о том, существует ли взаимосвязь между ресвератролом и биомаркерами старения (не существует). А в нижнем левом углу страницы исследователь может найти ассоциированные с этим механизмы и уровни ЛД50, указывающие на степень токсичности.
Если исследователь все еще хочет узнать больше об экспериментах по увеличению продолжительности жизни с помощью ресвератрола, он может воспользоваться для этого ярлыком «эксперименты по ПЖ». При переходе на соответствующую страницу слева открывается название и абстракт одной из семи статей, перечисленных в таблице, появляющейся вслед за домашней страницей результатов поиска. Этот абстракт относится к эксперименту с пекарскими дрожжами (Saccharomyces cerevisiae) [61]. К этой и остальным шести статьям можно перейти с помощью ярлыков вверху страницы.
Для перехода к экспериментам на C.elegans исследователь нажимает на один из двух ярлыков для C.elegans, после чего возникает название и абстракт одного из трех исследований. Под абстрактом исследователь может увидеть, что в нем использовалась линия червей N2. Справа перечислены условия проведения эксперимента, а именно среда для выращивания нематод на основе агара с добавлением кишечной палочки (E.coli) линии OP5, а также то, что медиана увеличения продолжительности жизни в данном исследовании составила 17,8% [62]. Здесь также указано, что максимальный эффект ресвератрола в данном исследовании был получен при концентрации препарата 1 миллимоль. Дальнейшее прокручивание вниз открывает дополнительную ссылку на исследование, при проведении которого был получен противоположный эффект.
Доступность
База данных Geroprotectors доступна по адресу http://www.geroprotectors.org, а на содержащиеся в ней данные распространяется лицензия Creative Commons, разрешающая их использование при проведении других анализов. С помощью инструмента для экспорта можно скачать либо всю базу данных, либо более узкий набор информации. Обратная связь с помощью электронной почты приветствуется, также как и ввод новых данных, для которого существует специальная форма, обеспечивающая введение всей необходимой информации.
Обсуждение
Geroprotectors.org представляет собой уникальную базу данных со свободным доступом online. Другие посвященные старению базы данных, как правило, предоставляют базовую информацию о генах долголетия/смертности, геномах долгоживущих видов (голый землекоп, гренландский кит и др.), а также о теориях старения и содержат относительно мало данных по антивозрастным вмешательствам. Geroprotectors.org предоставляет информацию об увеличивающих продолжительность жизни эффектах более чем 200 герпротективных соединений, а также резюме других ключевых данных по этим соединениям с помощью быстро работающего, интуитивно понятного и прозрачного интерфейса. Содержащиеся в ней данные получены из более чем 250 рецензированных исследований, а также химических баз данных и баз данных лекарственных препаратов. Все данные представлены в виде резюме и повсеместно снабжены перекрестными ссылками, обеспечивающими быстрый и удобный доступ к оригинальным публикациям.
Помимо усилий, направленных на обеспечение точности, были предприняты дополнительные усилия по включению в базу данных исследований, результаты которых опровергают геропротективные эффекты соединений. Это сделано для обеспечения объективности и разностороннего представления каждого соединения. Так как на протяжении ближайших десятилетий старение будет продолжать приближаться к верхней строчке списка социальных и экономических проблем, потребность в подобных Geroprotectors ресурсах, предоставляющих мультидисциплинарному сообществу биогеронтологов и клиницистов возможность объединить усилия и поделиться своими знаниями, будет только возрастать. В качестве ответа на эту потребность Geroprotectors предоставляет исследователям, заинтересованным в поисках методов борьбы со старением, ценнейший источник информации.
Alexey Moskalev et al., AGING, 2015: Geroprotectors.org: a new, structured and curated database of current therapeutic interventions in aging and age-related disease
http://www.vechnayamolodost.ru/pages/prodleniemolodosti/gersapobada3a.html
http://www.vechnayamolodost.ru/pages/prodleniemolodosti/gersapobada07.html
http://www.vechnayamolodost.ru/pages/prodleniemolodosti/gersapobadade.html