1972-1977 гг. - студент Красноярского политехнического института
1977-1978 гг. - мастер треста «Промхимстрой», г. Красноярск
1978-1979 гг. - мастер, начальник участка треста «Тувинстрой», г. Кызыл (столица Тувинской АССР)
1979-1984 гг. - старший прораб, главный инженер, начальник строительного треста «Ачинскалюминийстрой», г. Ачинск
1984-1985 гг. - заместитель управляющего трестом «Саяналюминстрой», г. Саяногорск
1985-1986 гг. - управляющий трестом «Саянтяжстрой», г. Абакан
1986-1988 гг. - управляющий трестом «Абаканвагонстрой», г. Абакан
1988-1989 гг. - второй секретарь Абаканского ГК КПСС, г. Абакан
1989-1990 гг. - инспектор Красноярского крайкома КПСС, г. Красноярск
1990-1991 гг. - заместитель председателя Государственного комитета РСФСР по архитектуре и строительству, г. Москва
1991 г. - председатель Российского корпуса спасателей, г. Москва
1991 г. - председатель Государственного комитета РСФСР по чрезвычайным ситуациям, г. Москва
1991-1994 гг. - председатель Государственного комитета Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий
1992 г. - назначен заместителем главы временной администрации на территории Северной Осетии и Ингушетии во время осетино-ингушского конфликта
В ночь с 3-го на 4-е октября 1993 по просьбе Егора Гайдара выделил для него 1000 автоматов с боезапасом из подведомственной ему системы гражданской обороны
1993-2003 гг. - председатель Национальной комиссии Российской Федерации по проведению международного десятилетия ООН по уменьшению опасности стихийных бедствий
1994-2012 гг. - министр Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий (Одновременно, с 10 января 2000 г. по 7 мая 2000 г. - заместитель председателя Правительства Российской Федерации.)
1996 год - куратор избирательной кампании президента Российской Федерации в субъектах Российской Федерации
С 1996 г. - член Совета Безопасности Российской Федерации
В 2000 году возглавил партию «Единство», которая позже вместе с партиями «Отечество» (Юрий Лужков) и «Вся Россия» (Минтимер Шаймиев) была преобразована в партию «Единая Россия».
С 15 октября 2003 года - член Морской коллегии при Правительстве Российской Федерации
С ноября 2009 года - президент Русского географического общества.
До 30 июня 2011 года был председателем совета директоров федерального сетевого оператора в сфере навигационной деятельности «НИС ГЛОНАСС».
4 апреля 2012 года предложен Единой Россией на пост губернатора Московской области.
5 апреля 2012 года кандидатура Шойгу на пост губернатора Московской области единогласно поддержана Московской областной думой. Вступил в должность 11 мая 2012 года, после того, как истёк срок полномочий прежнего губернатора Бориса Громова.
6 ноября 2012 года назначен министром обороны Российской Федерации