Wenn du den Beenden-Button aus Menü oder Panel benutzt, wird lediglich erst mal gnome-session-save --kill --gui ausgeführt. Der speichert die Sitzung, bevor man dann eine der Optionen auswählt, bei denen so weit ich weiß reboot, halt, poweroff etc. ausgeführt werden (kann mich über die konkret ausgeführten Befehle aber auch irren).
http://www.ubuntu-forum.de/artikel/35942/was-führen-die-buttons-aus-dem-shutdown-menü-aus.html