25 мая 1998 года назначен первым заместителем руководителя Администрации президента Российской Федерации, ответственным за работу с регионами. К моменту назначения считался одной из самых влиятельных фигур в Кремле.
С 25 июля 1998 года - директор Федеральной службы безопасности Российской Федерации Своими заместителями Путин назначил генералов Николая Патрушева, Виктора Черкесова и Сергея Иванова, с которыми был знаком по работе в КГБ и в Санкт-Петербурге. Осенью 1998 года Путин провел реорганизацию в ФСБ. За время нахождения Путина на посту главы ФСБ он упразднил управления ФСБ по экономической контрразведке и по контрразведывательному обеспечению стратегических объектов, создал вместо них шесть новых управлений ФСБ. Добился бесперебойного финансирования ФСБ, а также повышения зарплаты сотрудников ФСБ (в этом отношении они были приравнены к сотрудникам СВР и ФАПСИ).
С 26 марта 1999 года Путин был назначен секретарем Совета безопасности Российской Федерации, сохранив за собой пост главы ФСБ.
К началу мая 1999 года президент Ельцин принял решение о передаче своей власти Владимиру Путину. 5 августа на встрече с Путиным Ельцин сообщил о том, что хочет назначить его премьер-министром страны.
29 января 1996 году Центризбирком зарегистрировал инициативную группу избирателей, которая выдвинула Галину Старовойтову кандидатом на пост Президента Российской Федерации, но 26 апреля 1996 года Центризбирком отказал Старовойтовой в регистрации.
(На фото: слева Галина Старовойтова, справа Марина Салье, умерла 21.03.2012)
Вечером 20 ноября 1998 года была убита в подъезде собственного дома в Санкт-Петербурге.
По версии следствия, в аэропорту депутата поджидал и Сергей Мусин, который дал знать о её прибытии бывшему прапорщику Главного разведывательного управления (ГРУ) Юрию Колчину, который также находился неподалеку от аэропорта. Колчин приказал Виталию Акишину и Олегу Федосову дождаться и убить Старовойтову в её подъезде на набережной канала Грибоедова, 91. Следствие считает, что именно они расстреляли депутата около её квартиры на втором этаже из пистолета-пулемёта «Agram 2000» и самодельного пистолета на базе пистолета «Беретта Гордоне». Предполагается, что в депутата стрелял Олег Федосов, надевший перед убийством женский парик и платье.
30 июня 2005 года городской суд Санкт-Петербурга приговорил участников убийства - Юрия Колчина (организатора) и Виталия Акиншина (исполнителя) - к 20 и 23,5 годам заключения в колонии строгого режима по одной из наиболее тяжких статей УК - «Посягательство на жизнь государственного деятеля». Заказчики убийства не установлены.
Знавшая по Петербургу столь "некоррумпированного" кандидата в премьер-министры, Галина Васильевна наверняка провалила бы его утверждение на пост премьера в ГосДуме.
После финансового кризиса 17 августа 1998 года, когда рухнула пирамида ГКО, Скуратов начал расследование деятельности 780 крупных государственных чиновников, которые подозревались в игре на рынке ГКО с использованием служебного положения. В числе официально названных подозреваемых были Анатолий Чубайс, другие «молодые реформаторы» (вице-премьер Серов, бывший министр иностранных дел Козырев, зам. министра финансов Вавилов и др.) а также дочери Ельцина.
В октябре 1998 года по указанию Скуратова было возбуждено уголовное дело по подозрению в злоупотреблении должностных лиц управления делами президента России при заключении контрактов на реконструкцию Московского Кремля (ставшее известным как «дело Mabetex»)
В появлении пленки Скуратов обвинял Путина, который тогда возглавлял ФСБ - службу, появившуюся в России после КГБ: "Они в панике думали, что бы такого сделать, чтобы я ушел со своего поста, и выбрали этот способ."
По материалам ru.wikipedia.org