2 рецензии и авторисование орбиталей
Рецензентство научных статей - это добровольное и неоплачиваемое дело. Однако, если ты сам пишешь статьи, то их тоже приходится кому-то рецензировать и не получать за это денег. И именно поэтому приличным является хотя бы иногда соглашаться читать чужие статьи. Твое имя при этом остается для авторов статьи неизвестным. Разумеется, приглашения отрецензировать можно и отклонять, и если статья совсем не по твоей теме, или если ты понимаешь, что никак не сможешь уложиться в предложенный дедлайн.
Эта неделя на работе была у меня самой насыщенной рецензиями: я успела написать рецензии на целых две статьи. Одну из них мне прислали на рецензию еще давно, но я дотянула до самого дедлайна. Статья примерно по моей тематике, написана тунисско-французской командой и получила от меня рекомендацию major revision и я заранее согласилась читать еще раз улучшенный вариант, в котором я ожидаю и более серьезного научного подхода, и улучшенного языка. Вторая статья ко мне не имела вообще никакого отношения: она была чисто экспериментальная по улучшению разных свойств фотоактивной молекулы за счет обмотки ее полисахаридной матрицей. Зато статья статья оказалась совсем недлинной и даже, несмотря на китайский коллектив авторов, вполне читаемой. Я закончила рецензию очень быстро, предложив авторам ряд небольших изменений для улучшения восприятия, а также покать все-таки свою статью знатоку английского языка.
По примеру С. я завела себе аккаунт на Publons. Это специальный сайт, измеряющий активность ученого как рецензента. Чтобы добавить туда все статьи, где ты выступал рецензентом, достаточно просто переслать письмо-благодарность из журнала "Thank you for reviewing the manuscript..." и через несколько дней статья появляется в списке. Внешним посетителям, конечно, не видны какие именно статьи были тобой прочитаны, а только лишь журнал и год. Сайт автоматически измеряет индекс "научной справледливости":
сколько ты опубликовал / сколько ты отрецензировал.
У нас с С. этот индекс указывает на явную недоработку с нашей стороны. Но частично это объясняется тем, что:
1) часть статей мы рецензировали от имени Оливера, у которого не было времени и он скидывал нам
2) часть благодарственных емэйлов просто не удалось раскопать за давностью лет.
И еще из последних научных новостей: я достигла программерского успеха и придумала, как сделать так, чтобы в заданной папке с очень похожими расчетами у меня автоматически генерировались картинки с заданными орбиталями (например, с HOMO), чтобы можно было их быстро визуально сравнивать.
Раньше я думала по пути:
посчитать гауссианом с сохранением chk-файла -> с помощью специальной утилиты конвертировать "чеки" в fchk-файлы -> с помощью утилиты cubegen сохранить отдельные орбитальные грид-файлы для заданных орбиталей.
Подход неплохой и с его помощью неплохо работает моя программа для автоматического построения density differences для заданных возбужденных состояний, но в данном случае, иметь "кубы" недостаточно, ведь чтобы быстро оценить схожесть орбиталей, нужны картинки, а не текстовые файлы. И у меня нет никакого желания открывать каждый файл и задавать там нужные параметры просмотра.
И в размышлениях о том, как оптимизировать этот процесс, я вышла за Jmol - программу-просмотрщик квантово-химических расчетов. Программа написана на Яве, не требует установки и даже не требует знаний Явы, зато обладает функциональном, позволяющим угощать программу файлами с консольными командами так что можно автоматически открывать, настраивать опции отображения и сохранять файл с изображением. Я подозреваю, что VMD тоже что-то такое умеет, но там для консоли используется престранный язык, а с Jmol мне удалось договориться за вменяемое время.
И теперь у меня есть набор скриптов, который плодит мне вот такие картинки! Ах, как я рада!
Эта неделя на работе была у меня самой насыщенной рецензиями: я успела написать рецензии на целых две статьи. Одну из них мне прислали на рецензию еще давно, но я дотянула до самого дедлайна. Статья примерно по моей тематике, написана тунисско-французской командой и получила от меня рекомендацию major revision и я заранее согласилась читать еще раз улучшенный вариант, в котором я ожидаю и более серьезного научного подхода, и улучшенного языка. Вторая статья ко мне не имела вообще никакого отношения: она была чисто экспериментальная по улучшению разных свойств фотоактивной молекулы за счет обмотки ее полисахаридной матрицей. Зато статья статья оказалась совсем недлинной и даже, несмотря на китайский коллектив авторов, вполне читаемой. Я закончила рецензию очень быстро, предложив авторам ряд небольших изменений для улучшения восприятия, а также покать все-таки свою статью знатоку английского языка.
По примеру С. я завела себе аккаунт на Publons. Это специальный сайт, измеряющий активность ученого как рецензента. Чтобы добавить туда все статьи, где ты выступал рецензентом, достаточно просто переслать письмо-благодарность из журнала "Thank you for reviewing the manuscript..." и через несколько дней статья появляется в списке. Внешним посетителям, конечно, не видны какие именно статьи были тобой прочитаны, а только лишь журнал и год. Сайт автоматически измеряет индекс "научной справледливости":
сколько ты опубликовал / сколько ты отрецензировал.
У нас с С. этот индекс указывает на явную недоработку с нашей стороны. Но частично это объясняется тем, что:
1) часть статей мы рецензировали от имени Оливера, у которого не было времени и он скидывал нам
2) часть благодарственных емэйлов просто не удалось раскопать за давностью лет.
И еще из последних научных новостей: я достигла программерского успеха и придумала, как сделать так, чтобы в заданной папке с очень похожими расчетами у меня автоматически генерировались картинки с заданными орбиталями (например, с HOMO), чтобы можно было их быстро визуально сравнивать.
Раньше я думала по пути:
посчитать гауссианом с сохранением chk-файла -> с помощью специальной утилиты конвертировать "чеки" в fchk-файлы -> с помощью утилиты cubegen сохранить отдельные орбитальные грид-файлы для заданных орбиталей.
Подход неплохой и с его помощью неплохо работает моя программа для автоматического построения density differences для заданных возбужденных состояний, но в данном случае, иметь "кубы" недостаточно, ведь чтобы быстро оценить схожесть орбиталей, нужны картинки, а не текстовые файлы. И у меня нет никакого желания открывать каждый файл и задавать там нужные параметры просмотра.
И в размышлениях о том, как оптимизировать этот процесс, я вышла за Jmol - программу-просмотрщик квантово-химических расчетов. Программа написана на Яве, не требует установки и даже не требует знаний Явы, зато обладает функциональном, позволяющим угощать программу файлами с консольными командами так что можно автоматически открывать, настраивать опции отображения и сохранять файл с изображением. Я подозреваю, что VMD тоже что-то такое умеет, но там для консоли используется престранный язык, а с Jmol мне удалось договориться за вменяемое время.
И теперь у меня есть набор скриптов, который плодит мне вот такие картинки! Ах, как я рада!