обзор - не прошло и года!
Наконец-то вышел специальный выпуск Coordination Chemistry Reviews по мотивам конференции COST: European Cooperation in Science and Technology Current Challenges in Supramolecular Artificial Photosynthesis. В этом выпуске вышел обзор, который мы с С. писали прошлым летом, и который с боем закончили в 4 утра перед тем, как на месяц улететь в Южную Америку в начале октября. Это наш первый в жизни обзор, первая в жизни статья, графический реферат которой попал на обложку и первая статья, из-за которой я научилась программировать графики на питоне. Это также первая статья, где ссылки вставлены с помощь Менделея, а не Endnote (если писали статьи в Word) или Bibtex (если использовали Latex), как до этого, но Менделей вел себя вполне прилично, и научиться им пользоваться не составило больших усилий. В отличие от графиков в Питоне. Вот уж кому я скормила огромное количество мозга. И не только графикам, но и с виду не слишком сложной задаче развернуть два разных грида в 3D-пространстве так, чтобы проекции лигандов на плоскость сферических координат совпала. Вот это был поистине мой кошмар прошлого лета! А то, что я бороздила просторы интернета, нарыла огромное количество статей по теме, просмотрела их и фактически в одиночку писала введение к обзору - это на самом деле было еще терпимо. Зато с тех пор Оливер считает меня специалистом широкого профиля по любым вопросам, связанным с фотокаталитическим получением воды и даже как-то перекидывал мне на рецензию экспериментальную статью про фотоаноды для электросамоорганизующихся слоев.
Sergey I. Bokarev , Olga S. Bokareva, Oliver Kühn, A theoretical perspective on charge transfer in photocatalysis. The example of Ir-based systems. Coordination Chemistry Reviews, Volumes 304-305, 1 December 2015, Pages 133-145, doi:10.1016/j.ccr.2014.12.016
Вот графический абстракт, он же рисунок 1, он же элемент обложки номера. Для статьи я специально разрабатывала новый цветовой код, чтобы уже опубликованные нами результаты заиграли по-новому. В рис. 1 мне наконец-то выдался шанс использовать одно из дизайнерских солнышек, которые я еще давно нашла в интернете. Это один из двух рисунков обзора из всех восьми, который нарисован не в Питоне, а в Кореле.
Полный текст статьи, если вам и правда и интересно почитать, могу выслать по просьбе. А под катом рисунки, на которые было потрачено столько усилий. Я считаю, что оно того, безусловно, стоило!
Обложка журнала, где находится наш графический абстракт, к сожалению, не доступна в большем разрешении. Поэтому пришлось сохранить на память то, что было.
Когда мы только начинали писать обзор, то не слишком хорошо представляли, о чем это все в итоге будет. Нужно было выделить какие-то самые важные пункты, расставить акценты. В итоге наш обзор посвящен исследованию фотокаталитического разложения воды с помощью range-separated LC- BLYP. На рис.2. показаны принципы этой вычислительной схемы. Помимо цветовой схемы графиков я также создала свой стиль отображения молекул и орбиталей.
На волне обзора я очень быстро доделала за Гильберта статью по оптимизации range-separation параметра, выданную мне С. на аутсорсинг. Та статья вышла за очень короткое время, как и две другие статьи, в авторах которых присутствует Гильберт, и все рисунки в той статье тоже сделаны с помощью питона. Сама статья при этом написана в Texe. Статья попала мне в руки в кошмарном состоянии. Там были какие-то результаты, и я в итоге, написав автоматические скрипты для генерации и обработки, понасчитала в 3 раза больше. Еще в статье были страшные картинки, все пришлось перерисовывать, а некоторые даже переобрабатывать. Еще были наброски введения, которые ничем особенно не помогли. И не было никакого внятного дискашена. В омега-статье получилось что-то около 100 ссылок. Оливер надо мной хихикает, что после обзора я теперь не умею писать статьи с маленьким количеством ссылок.
Рисунок из обозора частично повторяет результаты омега-статьи, а также последней статьи по серебряным кластерам.
Bokareva, O. S., Grell, G., Bokarev, S. I., & Kühn, O. (2015). Tuning Range-Separated Density Functional Theory for Photocatalytic Water Splitting Systems. Journal of Chemical Theory and Computation, 11(4), 1700-1709. doi:10.1021/acs.jctc.5b00068
Общая схема фотофизических процессов в IrPS при возбуждении была нарисована еще давно для докладов, и вот теперь изменена и доработана для обзора (рис. 4)
Результаты рисунка 5 частично были представлены в самой первой многострадальной статье по методологии исследования IrPS. Часть результатов с разными значениями омега была получена позже Гильбертом. Предмет моей особенной гордости - это диаграмма с процентным количеством HF-exchange в разных функционалах. Фигурная скобка внизу нарисована с помощью функции sigmoidal!
Bokarev, S. I., Bokareva, O. S., & Kühn, O. (2012). Electronic excitation spectrum of the photosensitizer [Ir(ppy)2(bpy)]+. The Journal of Chemical Physics, 136(21), 214305. doi:10.1063/1.4723808
А эти результаты были представлены в не менее многострадальной статье по восстановленному IrPS (левая часть рисунка 6) и опять же в первой статье (правая часть рисунка). Задача вставить как инсеты рисунки оказалась тоже не тривиальной.
Bokarev, S. I., Hollmann, D., Pazidis, A., Neubauer, A., Radnik, J., Kühn, O., Brückner, A. (2014). Spin density distribution after electron transfer from triethylamine to an [Ir(ppy)2(bpy)]+ photosensitizer during photocatalytic water reduction. Physical Chemistry Chemical Physics, 16(10), 4789-96. doi:10.1039/c3cp54922d
Сводный рисунок по моей части с серебряными кластерами. Помимом обзора, по этой теме у меня на данный момент вышло еще 3 статьи. Известие о том, что последняя часть принята к публикации, я получила утром на второй день турнира во Франкфурте в мае. И это сделало мой день! Я очень мечтала поскорее избавиться от долгов по этому проекту, поскольку сама идея была не слишком лучезарна. Особенный приступ депрессии у меня начался, когда я в 2014 году в мае на конференции в Ростоке услышала в сборном докладе Людвига совершенно честное высказывание, почему мы вообще решили пробовать изучать кластеры серебра в связи с фотокатализом. Потому что "clusters were nicely prepared in the group of Prof. Meiwes-Broer". Все так и есть. Но меня трясло от злости, что я потратила столько времени на такой, хм, не слишком впечатлящий проект только потому, что кто-то делал кластеры, и их решили включить в проект "чисто посмотреть, а ну как передохнут будет польза".
А вот последний рисунок. Слева - результаты полученные Гильбертом для системы IrPS - TEA. Слева - мои для IrPS - Fe-cat(3). Результаты Гильберта нужно было развернуть в пространстве так, чтобы проекции лигандов совпадали. Я билась с электронным мозгом насмерть! И очень горжусь тем, что в итоге победила!
Правая картинка скоро выйдет в нашей долгоиграющей статье с группой Людвига.
Для сравнения картинка Гильберта, опубликованная в
Neubauer, A., Grell, G., Friedrich, A., Bokarev, S. I., Schwarzbach, P., Gärtner, F., Lochbrunner, S. (2014). Electron- and Energy-Transfer Processes in a Photocatalytic System Based on an Ir(III)-Photosensitizer and an Iron Catalyst. The Journal of Physical Chemistry Letters, 5(8), 1355-1360. doi:10.1021/jz5004318
выглядела так:
Улучшение налицо!
Этот обзор является итоговым по проектам Light2Hydrogen и Nano4Hydrogen, в которых мы с С. работали. Проекты нельзя назвать удачными, хотя бы потому, что первые пару лет вообще никто не знал, что конкретно надо делать. Поэтому мы делали что-то, но в итоге получилось не так уж плохо, если судить по суммарному количеству статей. Как и сами проекты большинство статей, как заметит внимательный читатель, были многострадальными. Некоторые из них начинались как "быстрые публикации" и разрастались до двухлетних эпопей. Кроме упомянутых в записи планируется еще три статьи.
Sergey I. Bokarev , Olga S. Bokareva, Oliver Kühn, A theoretical perspective on charge transfer in photocatalysis. The example of Ir-based systems. Coordination Chemistry Reviews, Volumes 304-305, 1 December 2015, Pages 133-145, doi:10.1016/j.ccr.2014.12.016
Вот графический абстракт, он же рисунок 1, он же элемент обложки номера. Для статьи я специально разрабатывала новый цветовой код, чтобы уже опубликованные нами результаты заиграли по-новому. В рис. 1 мне наконец-то выдался шанс использовать одно из дизайнерских солнышек, которые я еще давно нашла в интернете. Это один из двух рисунков обзора из всех восьми, который нарисован не в Питоне, а в Кореле.
Полный текст статьи, если вам и правда и интересно почитать, могу выслать по просьбе. А под катом рисунки, на которые было потрачено столько усилий. Я считаю, что оно того, безусловно, стоило!
Обложка журнала, где находится наш графический абстракт, к сожалению, не доступна в большем разрешении. Поэтому пришлось сохранить на память то, что было.
Когда мы только начинали писать обзор, то не слишком хорошо представляли, о чем это все в итоге будет. Нужно было выделить какие-то самые важные пункты, расставить акценты. В итоге наш обзор посвящен исследованию фотокаталитического разложения воды с помощью range-separated LC- BLYP. На рис.2. показаны принципы этой вычислительной схемы. Помимо цветовой схемы графиков я также создала свой стиль отображения молекул и орбиталей.
На волне обзора я очень быстро доделала за Гильберта статью по оптимизации range-separation параметра, выданную мне С. на аутсорсинг. Та статья вышла за очень короткое время, как и две другие статьи, в авторах которых присутствует Гильберт, и все рисунки в той статье тоже сделаны с помощью питона. Сама статья при этом написана в Texe. Статья попала мне в руки в кошмарном состоянии. Там были какие-то результаты, и я в итоге, написав автоматические скрипты для генерации и обработки, понасчитала в 3 раза больше. Еще в статье были страшные картинки, все пришлось перерисовывать, а некоторые даже переобрабатывать. Еще были наброски введения, которые ничем особенно не помогли. И не было никакого внятного дискашена. В омега-статье получилось что-то около 100 ссылок. Оливер надо мной хихикает, что после обзора я теперь не умею писать статьи с маленьким количеством ссылок.
Рисунок из обозора частично повторяет результаты омега-статьи, а также последней статьи по серебряным кластерам.
Bokareva, O. S., Grell, G., Bokarev, S. I., & Kühn, O. (2015). Tuning Range-Separated Density Functional Theory for Photocatalytic Water Splitting Systems. Journal of Chemical Theory and Computation, 11(4), 1700-1709. doi:10.1021/acs.jctc.5b00068
Общая схема фотофизических процессов в IrPS при возбуждении была нарисована еще давно для докладов, и вот теперь изменена и доработана для обзора (рис. 4)
Результаты рисунка 5 частично были представлены в самой первой многострадальной статье по методологии исследования IrPS. Часть результатов с разными значениями омега была получена позже Гильбертом. Предмет моей особенной гордости - это диаграмма с процентным количеством HF-exchange в разных функционалах. Фигурная скобка внизу нарисована с помощью функции sigmoidal!
Bokarev, S. I., Bokareva, O. S., & Kühn, O. (2012). Electronic excitation spectrum of the photosensitizer [Ir(ppy)2(bpy)]+. The Journal of Chemical Physics, 136(21), 214305. doi:10.1063/1.4723808
А эти результаты были представлены в не менее многострадальной статье по восстановленному IrPS (левая часть рисунка 6) и опять же в первой статье (правая часть рисунка). Задача вставить как инсеты рисунки оказалась тоже не тривиальной.
Bokarev, S. I., Hollmann, D., Pazidis, A., Neubauer, A., Radnik, J., Kühn, O., Brückner, A. (2014). Spin density distribution after electron transfer from triethylamine to an [Ir(ppy)2(bpy)]+ photosensitizer during photocatalytic water reduction. Physical Chemistry Chemical Physics, 16(10), 4789-96. doi:10.1039/c3cp54922d
Сводный рисунок по моей части с серебряными кластерами. Помимом обзора, по этой теме у меня на данный момент вышло еще 3 статьи. Известие о том, что последняя часть принята к публикации, я получила утром на второй день турнира во Франкфурте в мае. И это сделало мой день! Я очень мечтала поскорее избавиться от долгов по этому проекту, поскольку сама идея была не слишком лучезарна. Особенный приступ депрессии у меня начался, когда я в 2014 году в мае на конференции в Ростоке услышала в сборном докладе Людвига совершенно честное высказывание, почему мы вообще решили пробовать изучать кластеры серебра в связи с фотокатализом. Потому что "clusters were nicely prepared in the group of Prof. Meiwes-Broer". Все так и есть. Но меня трясло от злости, что я потратила столько времени на такой, хм, не слишком впечатлящий проект только потому, что кто-то делал кластеры, и их решили включить в проект "чисто посмотреть, а ну как передохнут будет польза".
- Bokareva, O. S., & Kühn, O. (2015). Quantum chemical study of the electronic properties of an Iridium-based photosensitizer bound to medium-sized silver clusters. Chemical Physics, 457, 1-6. doi:10.1016/j.chemphys.2015.05.004
- Bokareva, O. S., Bokarev, S. I., & Kühn, O. (2012). Electronic excitation spectra of the [Ir(ppy)2(bpy)]+ photosensitizer bound to small silver clusters Ag(n) (n = 1-6). Physical Chemistry Chemical Physics, 14(14), 4977-84. doi:10.1039/c2cp00011c
- Bokareva, O. S., & Kühn, O. (2014). DFT-D investigation of the interaction between Ir (III) based photosensitizers and small silver clusters Agn (n=2-20,92). Chemical Physics, 435, 40-48. doi:10.1016/j.chemphys.2014.03.002
А вот последний рисунок. Слева - результаты полученные Гильбертом для системы IrPS - TEA. Слева - мои для IrPS - Fe-cat(3). Результаты Гильберта нужно было развернуть в пространстве так, чтобы проекции лигандов совпадали. Я билась с электронным мозгом насмерть! И очень горжусь тем, что в итоге победила!
Правая картинка скоро выйдет в нашей долгоиграющей статье с группой Людвига.
Для сравнения картинка Гильберта, опубликованная в
Neubauer, A., Grell, G., Friedrich, A., Bokarev, S. I., Schwarzbach, P., Gärtner, F., Lochbrunner, S. (2014). Electron- and Energy-Transfer Processes in a Photocatalytic System Based on an Ir(III)-Photosensitizer and an Iron Catalyst. The Journal of Physical Chemistry Letters, 5(8), 1355-1360. doi:10.1021/jz5004318
выглядела так:
Улучшение налицо!
Этот обзор является итоговым по проектам Light2Hydrogen и Nano4Hydrogen, в которых мы с С. работали. Проекты нельзя назвать удачными, хотя бы потому, что первые пару лет вообще никто не знал, что конкретно надо делать. Поэтому мы делали что-то, но в итоге получилось не так уж плохо, если судить по суммарному количеству статей. Как и сами проекты большинство статей, как заметит внимательный читатель, были многострадальными. Некоторые из них начинались как "быстрые публикации" и разрастались до двухлетних эпопей. Кроме упомянутых в записи планируется еще три статьи.