пегамоид установлен!
В программе OpenMolcas, которой я пользуюсь для многоконфигурационных расчетов, генерируется много файлов с орбиталями. Эти орбитали жизненно необходимо просматривать глазами, чтобы понять, а вообще хорошие ли эти они, такие ли хочется для заданных целей, не нужно ли их "обменять" и прочие насущные вопросы, без которых жизнь квантового химика немыслима. И всё бы было ничего, но если базисный набор для расчетов слишком большой и включает f-функции, то сохранить орбитали в стандартном molden формате уже нельзя. Можно сохранить в формате h5, но этот формат не просматривают никакие нормальные визуализаторы. У Molcas есть своя утилита на питоне pegamoid, которая с h5-файлами работать умеет. Я уже пару раз пыталась ей воспользоваться, но безуспешно, хотя вроде бы всё очевидно: скачал файл, написанный на питоне, и запустил. Но нет, вылезают какие-то многочисленные маловнятные ошибки, а также предупреждения о будущих изменениях в каких-то процедурах. Починить это мне не удалось ни самой, ни с помощью друга чата. Тогда я вчера пошла другим путем:
- через скачанный файл get-pip.py установила для питона "пип": python get-pip.py
- прописала путь к питону и "пипу":export PATH="/cygdrive/c/Users/.../anaconda3:/cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts:$PATH"
- установила пегамоид через "пип": pip install Pegamoid
- дальше из-за разницы путей на винде и линуксе было много проблем и путаницы, но в принципе если пойти в папку, где стоит пегамоид (cd /cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts/), его можно запустить питоном (python pegamoid.py), а оттуда уже открывать нужный файл
- или можно добавить функцию в .bashrc (и не забыть source .bashrc)
function pega() {
cd /cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts/ && python pegamoid.py "$@"
} Тогда можно вызывать программу командой pega и выбирать файл для просмотра.
- и еще возникают проблемы с размером временной папки пегамоида, когда нужно просматривать большие орбитали. Программа просто вылетает на этапе расчета орбиталей на сетке. Проблема решается, если вручную выбрать больше места в "Set scratch" окошке внутри программы. Например, для комплекса Зохре я увеличила максимальный размер с 1 до 3 Гигов. Может быть есть и другой способ, но пока как-то так.
- через скачанный файл get-pip.py установила для питона "пип": python get-pip.py
- прописала путь к питону и "пипу":export PATH="/cygdrive/c/Users/.../anaconda3:/cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts:$PATH"
- установила пегамоид через "пип": pip install Pegamoid
- дальше из-за разницы путей на винде и линуксе было много проблем и путаницы, но в принципе если пойти в папку, где стоит пегамоид (cd /cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts/), его можно запустить питоном (python pegamoid.py), а оттуда уже открывать нужный файл
- или можно добавить функцию в .bashrc (и не забыть source .bashrc)
function pega() {
cd /cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts/ && python pegamoid.py "$@"
} Тогда можно вызывать программу командой pega и выбирать файл для просмотра.
- и еще возникают проблемы с размером временной папки пегамоида, когда нужно просматривать большие орбитали. Программа просто вылетает на этапе расчета орбиталей на сетке. Проблема решается, если вручную выбрать больше места в "Set scratch" окошке внутри программы. Например, для комплекса Зохре я увеличила максимальный размер с 1 до 3 Гигов. Может быть есть и другой способ, но пока как-то так.