Выделяются знаками препинания (запятыми, многоточием, восклицательным знаком).
1. Если слова ДА и НЕТ выражают утверждение или отрицание в сочетании с предложением.
Например: Я не устал, нет! Да, задумался я тогда.
Нет! Ни за что не соглашусь!
Да-да... Я слушаю.
2. Если слова ДА и НЕТ повторяются.
Например: Да, да, я сегодня не в духе!
Не выделяются знаками препинания.
1. Если слово ДА является частицей.
Например: Да не волнуйся ты так! Да уж, удивил ты меня.
2. Если слово НЕТ является членом предложения.
Например: Нет у меня этой лекции. Хотел бы я угостить тебя вкусненьким, да нет ничего.
3. Частицы, стоящие со словами ДА и НЕТ.
Например: Ну да. мы вчера не были на лекции.
P.s. Обратите внимание на сочетания:
нет и ещё раз нет...
нет и всё...
нет-нет да и...