Кстати, вот если задуматься про вирусы - насколько они сложнее обычных само-собирающихся физико-химических структур (мицелл, липидных двуслойников, коллоидных кристаллов
( Read more... )
Но то, что вирус делает сам - собирается в довольно сложную структуру, пролезает куда положено - разве пары мелких скриптов достаточно?
Потом, как это представить с точки зрения эволюции? На каждый вирус, который забирается в клетку и само-воспроизводится, должен быть зиллион миллионов таких, которые забираются и ничего до конца не доделывают (не совсем полностью само-собираются, не могут вылезти наружу). И этот один из миллиардов отбирается эволюцией. Но мы же не видим остальных, их нет.
Да, достаточно. Бывают вирусы, в которых всего два белка - один образует оболочку, второй является ксероксом для вирусной РНК. Белки оболочки сами собой образуют сферу, внутри которой участки связывания РНК. Зайти и выйти из клетки не так сложно, если правильно подобрать пароли - клетка всё сама делает, ей нужны только сигналы. С точки зрения эволюции вирусы - это половые органы клеточных организмов, которые обрели независимость.
"Белки оболочки сами собой образуют сферу, внутри которой участки связывания РНК. Зайти и выйти из клетки не так сложно, если правильно подобрать пароли - клетка всё сама делает, ей нужны только сигналы.Ну как сами собой образует сферу? Там должны быть довольно хитрые силы притяжения отталкивания, и довольно много всего должно оказаться в нужное время в нужном месте. Я могу представить, как молекулы масла в воде образуют пузырек или как мицеллы складываются в сферу из амфифильных жировых молекул. У них один конец отталкивается от воды, другой притягивается, получается сфера из произвольного числа молекул. А здесь нужно, чтобы ровно 60 молекул сошлись вместе и собрались в мячик. И чтобы РНК оказалась именно внутри, а не неизвестно где. А потом чтобы вылезти наружу. И вроде бы почти нет ошибок сборки
( ... )
Ну а как понятная? Есть какое-то математическое доказательства "догмы Анфинсена" - существование и единственность нативной структуры? Разве единственность глобулярной структуры интуитивна вообще? Какое свойство белков или гидрофобных сил к ней приводит?
Насколько я понял, они говорят, что между вторичной и третичной структурой есть "двух-с-половинная", связанная с укладками.
Но что с вопросом, который я задал: почему нативная структура [почти] единственная? Есть ли какое-то свойство гидрофобных сил или какое-то свойство белков, это обеспечивающее? Вроде бы, если я правильно понял, (я еще почитаю внимательнее, в принципе у них довольно много про отличие белков от обычных полимеров) они говорят, что белки, не дающие устойчивых структур, отсеиваются эволюцией. Не знаю, относится ли это к "догме Анфинсена" в целом. И не уверен, что это убедительно.
Потому что само существование такой структуры - большая редкость, а чтобы было две - совсем большая редкость. Про это в книжке где-то было, я помню. Есть свойство полипептидных последовательностей, образующих белки - это отобранные эволюцией крохотные участки возможного многообразия всех других аналогичных полимеров.
Не помню, я предупреждала, что книжка слегка устарела? Известно очень много белков и их кусочков без стабильной структуры.
Вообще самосборка, похоже - про стирание информации энтропийными силами (хотя на первый взгляд кажется наоборот, будто создание структуры повышает упорядоченность).
Reply
Потом, как это представить с точки зрения эволюции? На каждый вирус, который забирается в клетку и само-воспроизводится, должен быть зиллион миллионов таких, которые забираются и ничего до конца не доделывают (не совсем полностью само-собираются, не могут вылезти наружу). И этот один из миллиардов отбирается эволюцией. Но мы же не видим остальных, их нет.
Reply
С точки зрения эволюции вирусы - это половые органы клеточных организмов, которые обрели независимость.
Reply
Reply
Мы наблюдаем мутантные вирусы регулярно, и ничего сильно загадочного в их эволюции не было найдено.
Вообще, наиболее загадочный этап эволюции жизни - образование эукариот. Остальное более-менее объяснимо.
Reply
Reply
К ней с тех пор ещё всякое добавилось, но это можно считать основой.
Reply
Reply
Reply
http://www.mol.bio.msu.ru/res/DOC61/2012_Book_fizika_belka.pdf
Насколько я понял, они говорят, что между вторичной и третичной структурой есть "двух-с-половинная", связанная с укладками.
Но что с вопросом, который я задал: почему нативная структура [почти] единственная? Есть ли какое-то свойство гидрофобных сил или какое-то свойство белков, это обеспечивающее? Вроде бы, если я правильно понял, (я еще почитаю внимательнее, в принципе у них довольно много про отличие белков от обычных полимеров) они говорят, что белки, не дающие устойчивых структур, отсеиваются эволюцией. Не знаю, относится ли это к "догме Анфинсена" в целом. И не уверен, что это убедительно.
Reply
Есть свойство полипептидных последовательностей, образующих белки - это отобранные эволюцией крохотные участки возможного многообразия всех других аналогичных полимеров.
Не помню, я предупреждала, что книжка слегка устарела? Известно очень много белков и их кусочков без стабильной структуры.
Reply
Reply
Reply
Reply
Вообще самосборка, похоже - про стирание информации энтропийными силами (хотя на первый взгляд кажется наоборот, будто создание структуры повышает упорядоченность).
Reply
Leave a comment