Lingua Latina non penis canina или как я писал диссер.
Вдохновленный кратким очерком sash_2003 я решил описать мои попытки написать "идеальный диссер"ТМ
Часть 1. LaTeX.
Как рожденный в СССР, я не мог просто взять капиталистический Microsoft Word и методично вбивать в него текст с картинками. В таком подходе все выглядело подозрительно безоблачно. Поэтому нужно было искусственно повысить уровень сложности, чтобы было "интереснее". В памяти всплыл дипломный проект в БГУ, который я писал в Open Office. На самом деле изначально я хотел писать диплом в LaTeX, точнее в редакторе LyX, но не осилил, т.к. в те дремучие времена химическое братство только начинало создавать средства рисования структурных формул. В середине мая 2013-го дела с этим обстояли уже намного лучше. Примерно в это же время я начал писать экспериментальную часть.
Описывать эксперимент было несложно: структурные формулы отдельных веществ были сгенерированы скриптом и хранились в виде пдф-файлов, которые pdfLaTeX легко вставлял как векторные картинки. Значительную часть экспериментальной работы я уже раньше описывал для статьи - оставалось только перевести все из .doc(x) в .tex-формат. Более поздние эксперименты я уже записывал в E-Notebook от ChemOffice, поэтому процедура свелась к копированию и форматированию текста. В общем, недели за две я имел чуть менее 100 страниц методик синтеза со спектральными данными.
Огромную помощь при форматировании мне оказал мануал, написанный земляком Сергеем Хиревичем. Но все равно, поскольку мой диссер был более синтетическим, много вещей пришлось осваивать через http://tex.stackexchange.com/ .
Часть 2. Прокрастинация: вынужденная и "творческая".
К моменту промежуточного финиша с экспериментальной частью я сконтачился с Далибором Самесом - профессором из университета Коламбии (он был руководителем скандально известной Бенгу Сезен, история о которой наделала шуму в химической блогосфере года полтора-два назад). Он предложил мне написать пару заявок на постдокторские стипендии. После недели поисков я предложил ему две программы, на которые я мог реально претендовать. Написание двух заявок заняло два месяца (с перерывом не недельный отпуск). Если первая заявка была на 80% слизана с одного из его неудачных грантов, то вторую я писал с нуля, попутно осваивая основы нейробиологии.
В начале сентября писанина надежно поселилась у меня в печенках, и я предложил начальнице синтезировать еще пару веществ. Она не стала меня отговаривать, наивно полагая, что я смогу гнаться за двумя зайцами одновременно.
Чуть позже, в октябре, мне пришлось готовить постер для ежегодной конференции DPhG (немецкого фармацевтического общества) и помогать более молодой аспирантке готовить ее постер, т.к. он был основан на моих веществах.
Часть 3. Обработка данных.
С самого начала я решил, что буду собственноручно обрабатывать биологические данные. Для этого я еще раньше прошел несколько курсов статистики и анализа данных на coursera.org. В качестве системы для обработки данных и рисования няшных графиков я остановился на комбинации R и ggplot2. Методом RTFM, проб и ошибок я добился вполне неплохих результатов.
Часть 4. Иллюстрации.
Большое внимание при написании диссера я обращал на эстетический аспект. Поэтому по максимуму старался сделать иллюстрации в векторном формате. В этом мне помогал Inkscape, который отлично интегрируется с pdfLaTeX, и позволяет расставить всякие LaTeX-теги (например, номера веществ) в нужных местах изображения. Потом некоторые картинки пригодились в моей финальной презентации на защите.
Часть 5. Коррекция и печать.
После того, как я набил руку с графикой и обработкой данных, писание диссера пошло как по маслу - я спокойно выдавал в среднем по части в неделю и скидывал моей руководительнице в Dropbox. Мне очень повезло, что она владеет компьютером заметно лучше многих профессоров. Поскольку она не химик, то химическую часть я отдал на проверку профессору Хайнриху, но он отказался править pdf и попросил ему все распечатать. Судя по тому, какие ляпы я сейчас нахожу в своей экспериментальной части, он не особо читал мою писанину. Но и за то, что исправил, большое ему спасибо.
Как я уже писал, в конце октября я перешел в фазу ожидания правок и внесения изменений. 90% ошибок были грамматические и лексические: артикли, несогласованность числа/времени, стилевые несоответствия и т.п. Но оставшаяся часть требовала намного большего внимания: некоторые обсуждения пришлось почти по новой переписать.
Особенной изюминкой защиты в Германии является то, что кроме английского Summary нужно обязательно писать немецкий Zusammenfassung. С помощью Google Translate, dict.cc, одного коллеги и того же профессора Хайнриха, я за пару дней сумел-таки все более-менее грамотно перевести. Как оказалось, эта часть диссера была самой читаемой - в экземпляре, возвращенном с ревью, страница с Zusammenfassung заметно топорщилась на фоне остальных, лежавших ровным блоком.
26 ноября я занес 7 экземпляров распечатанной диссертации в Prüfungsamt (экзаменационный отдел университета). С этого момента защита перешла в чисто бюрократический режим.
Часть 6. Хождение по мукам.
Чтобы начать процедуру защиты в Эрлангене, аспиранту нужно предоставить около 20 бумажек разной степени сложности. Большинство из них сдаются в самом начале аспирантуры (на их основании, собственно, и выдается допуск к обучению). Дополнительно мне нужно было принести свежее свидетельство из министерства юстиции, что я не преступник и предложить трех экзаменаторов с двумя рецензентами.
Далее мое "предложение" рассылается всем-всем-всем в универе и если за неделю никто не заметит в моем выборе ничего подозрительного, экзаменаторы и рецензенты утверждаются окончательно.
Затем утвержденные рецензенты должны написать отзывы о моей диссертации. Когда же их отзывы приходят в Prüfungsamt, начинается, пожалуй, самая странная стадия - Umlauf. Буквальный перевод слова с немецкого - обход, обращение, циркуляция - слабо отражает вложенный в процесс высокий смысл. Начинается умлауф с того, что мне вручают две папки. В каждой из них - экземпляр моей диссертации с двумя рецензиями. Поскольку я не имею права видеть рецензии на свою работу, папки закрыты на замок, ключи от которого есть только у секретарш на разных химических кафедрах. Первая папка предназначена для 15, а вторая - для 16 профессоров-химиков всех специальностей.
По идее, каждый профессор из этих 31 должен прочитать мой диссер, обе рецензии и, в случае согласия с оценкой, поставить свою подпись. На практике, естественно, никто ничего не читает и процедура сводится к собиранию хотя бы 25 подписей. Поскольку все профессора - люди занятые, и к тому же многие из них - рассеянные, занимает эта процедура в нормальном режиме от трех до пяти недель. В ускоренном режиме можно сократить до двух. У меня было ровно две недели. Поэтому я два с половиной дня в неделю работал почтальоном, перенося папки между кафедрами, разбросанными в разных частях города. Остальные два с половиной дня были лабораторные, которые я должен был вести у второго курса. Как я ни старался, последние дни умлауфа прошли на нервах. К счастью я успел сдать обе папки в крайний срок - за неделю до защиты, которая была назначена тоже впритык - 20 декабря.
За время написания диссертации я сделал несколько открытий и выводов:
Часть 1. LaTeX.
Как рожденный в СССР, я не мог просто взять капиталистический Microsoft Word и методично вбивать в него текст с картинками. В таком подходе все выглядело подозрительно безоблачно. Поэтому нужно было искусственно повысить уровень сложности, чтобы было "интереснее". В памяти всплыл дипломный проект в БГУ, который я писал в Open Office. На самом деле изначально я хотел писать диплом в LaTeX, точнее в редакторе LyX, но не осилил, т.к. в те дремучие времена химическое братство только начинало создавать средства рисования структурных формул. В середине мая 2013-го дела с этим обстояли уже намного лучше. Примерно в это же время я начал писать экспериментальную часть.
Описывать эксперимент было несложно: структурные формулы отдельных веществ были сгенерированы скриптом и хранились в виде пдф-файлов, которые pdfLaTeX легко вставлял как векторные картинки. Значительную часть экспериментальной работы я уже раньше описывал для статьи - оставалось только перевести все из .doc(x) в .tex-формат. Более поздние эксперименты я уже записывал в E-Notebook от ChemOffice, поэтому процедура свелась к копированию и форматированию текста. В общем, недели за две я имел чуть менее 100 страниц методик синтеза со спектральными данными.
Огромную помощь при форматировании мне оказал мануал, написанный земляком Сергеем Хиревичем. Но все равно, поскольку мой диссер был более синтетическим, много вещей пришлось осваивать через http://tex.stackexchange.com/ .
Часть 2. Прокрастинация: вынужденная и "творческая".
К моменту промежуточного финиша с экспериментальной частью я сконтачился с Далибором Самесом - профессором из университета Коламбии (он был руководителем скандально известной Бенгу Сезен, история о которой наделала шуму в химической блогосфере года полтора-два назад). Он предложил мне написать пару заявок на постдокторские стипендии. После недели поисков я предложил ему две программы, на которые я мог реально претендовать. Написание двух заявок заняло два месяца (с перерывом не недельный отпуск). Если первая заявка была на 80% слизана с одного из его неудачных грантов, то вторую я писал с нуля, попутно осваивая основы нейробиологии.
В начале сентября писанина надежно поселилась у меня в печенках, и я предложил начальнице синтезировать еще пару веществ. Она не стала меня отговаривать, наивно полагая, что я смогу гнаться за двумя зайцами одновременно.
Чуть позже, в октябре, мне пришлось готовить постер для ежегодной конференции DPhG (немецкого фармацевтического общества) и помогать более молодой аспирантке готовить ее постер, т.к. он был основан на моих веществах.
Часть 3. Обработка данных.
С самого начала я решил, что буду собственноручно обрабатывать биологические данные. Для этого я еще раньше прошел несколько курсов статистики и анализа данных на coursera.org. В качестве системы для обработки данных и рисования няшных графиков я остановился на комбинации R и ggplot2. Методом RTFM, проб и ошибок я добился вполне неплохих результатов.
Часть 4. Иллюстрации.
Большое внимание при написании диссера я обращал на эстетический аспект. Поэтому по максимуму старался сделать иллюстрации в векторном формате. В этом мне помогал Inkscape, который отлично интегрируется с pdfLaTeX, и позволяет расставить всякие LaTeX-теги (например, номера веществ) в нужных местах изображения. Потом некоторые картинки пригодились в моей финальной презентации на защите.
Часть 5. Коррекция и печать.
После того, как я набил руку с графикой и обработкой данных, писание диссера пошло как по маслу - я спокойно выдавал в среднем по части в неделю и скидывал моей руководительнице в Dropbox. Мне очень повезло, что она владеет компьютером заметно лучше многих профессоров. Поскольку она не химик, то химическую часть я отдал на проверку профессору Хайнриху, но он отказался править pdf и попросил ему все распечатать. Судя по тому, какие ляпы я сейчас нахожу в своей экспериментальной части, он не особо читал мою писанину. Но и за то, что исправил, большое ему спасибо.
Как я уже писал, в конце октября я перешел в фазу ожидания правок и внесения изменений. 90% ошибок были грамматические и лексические: артикли, несогласованность числа/времени, стилевые несоответствия и т.п. Но оставшаяся часть требовала намного большего внимания: некоторые обсуждения пришлось почти по новой переписать.
Особенной изюминкой защиты в Германии является то, что кроме английского Summary нужно обязательно писать немецкий Zusammenfassung. С помощью Google Translate, dict.cc, одного коллеги и того же профессора Хайнриха, я за пару дней сумел-таки все более-менее грамотно перевести. Как оказалось, эта часть диссера была самой читаемой - в экземпляре, возвращенном с ревью, страница с Zusammenfassung заметно топорщилась на фоне остальных, лежавших ровным блоком.
26 ноября я занес 7 экземпляров распечатанной диссертации в Prüfungsamt (экзаменационный отдел университета). С этого момента защита перешла в чисто бюрократический режим.
Часть 6. Хождение по мукам.
Чтобы начать процедуру защиты в Эрлангене, аспиранту нужно предоставить около 20 бумажек разной степени сложности. Большинство из них сдаются в самом начале аспирантуры (на их основании, собственно, и выдается допуск к обучению). Дополнительно мне нужно было принести свежее свидетельство из министерства юстиции, что я не преступник и предложить трех экзаменаторов с двумя рецензентами.
Далее мое "предложение" рассылается всем-всем-всем в универе и если за неделю никто не заметит в моем выборе ничего подозрительного, экзаменаторы и рецензенты утверждаются окончательно.
Затем утвержденные рецензенты должны написать отзывы о моей диссертации. Когда же их отзывы приходят в Prüfungsamt, начинается, пожалуй, самая странная стадия - Umlauf. Буквальный перевод слова с немецкого - обход, обращение, циркуляция - слабо отражает вложенный в процесс высокий смысл. Начинается умлауф с того, что мне вручают две папки. В каждой из них - экземпляр моей диссертации с двумя рецензиями. Поскольку я не имею права видеть рецензии на свою работу, папки закрыты на замок, ключи от которого есть только у секретарш на разных химических кафедрах. Первая папка предназначена для 15, а вторая - для 16 профессоров-химиков всех специальностей.
По идее, каждый профессор из этих 31 должен прочитать мой диссер, обе рецензии и, в случае согласия с оценкой, поставить свою подпись. На практике, естественно, никто ничего не читает и процедура сводится к собиранию хотя бы 25 подписей. Поскольку все профессора - люди занятые, и к тому же многие из них - рассеянные, занимает эта процедура в нормальном режиме от трех до пяти недель. В ускоренном режиме можно сократить до двух. У меня было ровно две недели. Поэтому я два с половиной дня в неделю работал почтальоном, перенося папки между кафедрами, разбросанными в разных частях города. Остальные два с половиной дня были лабораторные, которые я должен был вести у второго курса. Как я ни старался, последние дни умлауфа прошли на нервах. К счастью я успел сдать обе папки в крайний срок - за неделю до защиты, которая была назначена тоже впритык - 20 декабря.
За время написания диссертации я сделал несколько открытий и выводов:
- LaTeX никогда не станет user friendly
- возможность отката к предыдущим версиям документа - очень крутая вещь
- в pdf документ можно запихать, оказывается так много всего: 3D объекты, интерактивные видео- и аудиофайлы
- такой навороченный pdf можно нормально открыть только в windows
- векторная графика рулит, но она не совместима ни с одним офисным приложением
- дважды исправленный текст нужно перечитывать спустя не менее недели-двух со времени последнего редактирования. Практически на каждой странице я сейчас нахожу дурацкие ляпы и ошибки.
- идеальная диссертация невозможна в силу комбинации как минимум трех факторов: сжатости сроков, большого объема текста и неопытности автора