PyMOL
Много ковырялся в последнее время с PyMOL. С их поглощением Шредингером из-за проблем с лицензией приходится через всякие не предназначенные для этого места устанавливать последнюю версию программы из исходников (что в линуксе еще работает, а вот в винде - только через cygwin, который компилировать код отказался, и даже гугл его не уговорил).
Но, если долго мучаться...
Вот, в общем, плод примерно недели чисто компьютерного времени (homology modelling + receptor optimization + ligand optimization + flexible docking) и около месяца - моего :)
Еще пару недель погеморроюсь - и буду делать нормальные мувики, а не только банальное верчение.
Еще бы стоящий способ вставки видео в презентации найти.