Эта церковь считается самой древней в Крыму. Возведена была в 1357 году, о чем свидетельствует табличка генуэзского мастера-строителя, найденная под штукатуркой храма. Тогда же она была освящена в честь святых Двенадцати Апостолов. В то время полноправными хозяевами Балаклавы были выходцы из Генуи. Имеется также версия, что построена святыня была на фундаменте старого византийского храма 6-го века, так что возможно это самый старый православный храм на территории всего СНГ. Тысячи туристов и отдыхающих ежегодно посещают это святое место и памятник истории. Сочетание "Крым Балаклава" стало не только синонимом прекрасного места для отдыха на юге, но и символом православной веры.
В 1794 году на месте старой церкви было построено каменное здание храма, которое было серьезно повреждено в Крымскую войну и восстановлено усилиями прихожан в 1875 году.
Во времена советской власти Храм Двенадцати Апостолов закрыли, затем использовали в качестве Дома Пионеров и, наконец, разместили клуб Осоавиахима. Только в 1990 году храм вернули Православной церкви, после чего в нем были проведены реставрационные работы. 13 июля этого же года восстановленный храм был торжественно освящен вновь во имя святых Двенадцати Апостолов.
Подобного рода зданий в Крыму больше нигде нет, оно является уникальным историческим памятником и примером архитектуры 18-го века. Построена церковь из бутового известняка и представляет собой четырехстопное крестово-купольное здание. Центральный вход в церковь выполнен из белого камня в форме портика с фронтоном и 4-мя колоннами. Хотя храм имеет не очень большие размеры, интерьер его выглядит весьма величественно и светло за счет белых стен без фресок. Свод его внутри поддерживают колонны.
В наше время церковь является подворьем Инкерманского Свято-Климентовского монастыря. В храме хранятся две святыни - частицы мощей преподобного Сергия Радонежского и святого блаженного Василия.